林宝山
- 作品数：22 被引量：72H指数：6
- 供职机构：西南民族大学生命科学与技术学院更多>>
- 发文基金：国家公益性行业科研专项公益性行业(农业)科研专项国家科技支撑计划更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 牦牛TLR2和TLR4基因mRNA在不同组织中的表达分布研究被引量：14
- 2014年
- 为检测牦牛TLR2和TLR4基因m RNA在不同组织中的表达分布,本研究根据Gen Bank中牛TLR2和TLR4序列设计特异性引物,以β-actin为参照基因,建立了检测牦牛天然免疫受体TLRs家族TLR2和TLR4基因的荧光定量PCR方法,并对TLR2和TLR4基因在牦牛各组织中的表达分布进行了研究。结果表明,TLR2和TLR4基因在牦牛所有组织中均有表达,其中TLR2基因在小肠表达量最高,在卵巢表达量最低,在肾、肺、肝、心、脾、乳腺、大肠、肌肉等组织依次有较高的表达;TLR4基因在乳腺表达量最高,在肌肉表达量最低,在脾、肝、小肠、肾、卵巢、肺、心、大肠等组织依次有较高水平的表达。该研究结果提示TLR2和TLR4基因可能在牦牛抗病免疫分子机制中发挥重要的作用,对研究高原动物免疫机制和应对牦牛及其他高原动物重大疫病具有重要意义。
- 林宝山兰道亮黄偲陈亚冰黄勇李键
- 关键词：牦牛荧光定量PCR
- 牦牛HSPA1A和HSPA2基因组织分布的检测被引量：1
- 2013年
- 旨在建立一种检测牦牛HSP70家族应激型HSPA1A和HSPA2基因的实时荧光定量PCR方法。采用普通PCR,结合实时荧光定量PCR方法,检测正常情况下应激型HSPA1A和HSPA2基因在牦牛各组织中的表达分布。结果显示,HSPA1A基因在公牦牛与母牦牛中的表达基本一致,所有组织中均少量表达,肺中最低,肌肉相对表达较高;HSPA2基因在公牦牛与母牦牛中的表达也基本一致,所有组织均少量表达,肺中最低,脑、睾丸和卵巢相对表达较高。该研究结果提示正常情况下HSPA2基因可能在牦牛生殖繁育上发挥一定作用,为进一步研究HSPA1A基因和HSPA2基因在牦牛对环境的适应性方面提供基础资料和研究方法。
- 王树茂兰道亮陈亚冰林宝山李键
- 关键词：牦牛实时荧光定量PCR
- 基于微量RNA高通量测序技术的牦牛MⅡ期卵母细胞转录组研究被引量：2
- 2014年
- 旨在现有高通量测序的基础上,建立一种针对牦牛卵母细胞等微量样本的RNA高通量测序方法,为进一步研究牦牛卵母细胞的转录组学提供基础。以微量MII期牦牛卵母细胞RNA(10ng)作为研究样本,应用SMART cDNA PCR扩增技术对样本进行富集并构建测序文库,再应用改进的RNA高通量测序技术对其进行高通量测序分析。经Illumina-Solexa深度测序后,得到了一个包含47 619 254条测序序列,4Gb大小数据量的微量MII期牦牛卵母细胞测序文库。质量控制(Quality control,QC)及基本结果分析表明测序文库质量良好。基因组比对分析显示,共有15 626个牦牛基因被映射。此外,还获得了7 348个新的转录本。GO分类注释结果显示,共有13 795个比对上的基因参与了生物过程、细胞组分及分子功能3大主要类别。进一步富集分析显示,分别有333 134及113个GO类别在上述3大类中得到富集。KEGG通路分析结果显示,共有13 496个比对上的基因参与了258条通路,其中101条通路得到有效富集。本研究以牦牛卵母细胞为样本成功建立了一种起始RNA量可低至10ng的微量转录组测序方法。该研究结果为进一步研究牦牛基因组提供了基础,同时也为研究牦牛MII期卵母细胞的分子机理提供了新的视角。
- 兰道亮熊显荣林宝山陈亚冰胡敏苏小珊李键
- 关键词：牦牛卵母细胞转录组高通量测序
- 牦牛神经珠蛋白基因的克隆及序列分析被引量：2
- 2014年
- 参照GenBank中牛神经珠蛋白(Ngb)基因序列,设计引物并从牦牛脑组织中克隆出牦牛Ngb基因。基因序列分析表明,牦牛Ngb基因编码区全长456bp,开放阅读框为456bp,编码氨基酸151个,分子质量16ku,理论等电点为4.859。蛋白预测结果表明,Ngb编码蛋白整体表现为亲水性。同源性分析表明,13条序列中牦牛与牛、藏羚羊、绵羊等物种具有较高的同源性,在系统发育树中距离最近,说明Ngb基因序列具有较高的保守性。牦牛Ngb基因序列的成功克隆为进一步对牦牛低氧适应的分子生物学机制的研究提供依据。
- 林宝山兰道亮王树茂陈亚冰黄偲李键
- 关键词：牦牛克隆
- 麦洼牦牛Toll样受体1基因的克隆及生物信息学分析被引量：1
- 2014年
- 【目的】克隆并分析高原牦牛Toll样受体1基因(TLR1)的特点。【方法】提取麦洼牦牛脾脏RNA,反转录合成cDNA,以其为模板分段扩增后拼接获得麦洼牦牛TLR1基因编码区序列,采用相关分析软件对基因进行序列分析,并对其编码的蛋白质进行基本理化性质分析及预测。【结果】分段扩增获得了TLR1基因1 484bp的上游序列和823bp的下游序列,拼接后获得2 287bp的cDNA序列。TLR1基因系统进化树及同源性比对结果表明,TLR1基因极其保守,牦牛TLR1基因与黄牛、绵羊等哺乳动物遗传距离很近。预测TLR1基因含有1个2 184bp的开放阅读框,编码727个氨基酸,其编码蛋白的分子质量为83.148 7ku;预测TLR1蛋白在第500~600位氨基酸区域含有1个疏水区域,结合跨膜区预测认为该疏水区域可能是TLR1蛋白的一个跨膜区,TLR1蛋白二级结构主要以α-螺旋及自由卷曲为主。【结论】TLR1基因在高原牦牛与平原哺乳动物之间存在较高的同源性,这可能与TLR1蛋白重要的生理功能相关。
- 陈亚冰兰道亮黄偲林宝山黄勇李键
- 关键词：麦洼牦牛克隆生物信息学分析
- 牦牛TLR6基因的克隆、序列分析及其表达分布研究被引量：6
- 2014年
- 为了解牦牛TLR6基因特点及其在牦牛各组织动态表达分布规律,根据GeneBank中野牦牛TLR6序列设计引物克隆并对所得序列进行生物信息学分析,建立荧光定量PCR方法,对TLR6基因在牦牛组织中的表达分布进行研究。基因序列分析表明,克隆得到牦牛TLR6基因编码区全长2 397 bp,编码氨基酸798个,N端含有26个氨基酸组成的信号肽,分子质量91.5719 ku,理论等电点6.45。蛋白预测结果表明,TLR6编码蛋白整体表现为疏水性。同源性分析表明,10条序列当中牦牛与野牦牛、普通牛、藏羚羊等物种具有较高同源性,在系统发育树中距离最近。该结果说明TLR6基因序列具有较高保守性。荧光定量结果表明,TLR6基因在牦牛所有组织中均有表达,TLR6基因在脾脏表达量最高,在肌肉表达量最低,在卵巢、肺、小肠、肝、肾、心等组织依次有较高表达。该结果可为进一步研究TLRs在牦牛等其他高原动物体内的分布及动态表达规律,以及牦牛抗病免疫及育种奠定基础。
- 林宝山兰道亮黄偲陈亚冰张雁王英李键
- 关键词：牦牛克隆荧光定量PCR
- 麦洼牦牛肺脏比较转录组研究
- 本研究以四川阿坝地区麦洼品种牦牛及当地黄牛肺脏组织为研究对象,应用第二代高通量测序RNA-Seq技术经Illumina HiSeqTM2000平台对牦牛及当地黄牛肺脏进行了转录组深度测序并开展了相关的比较转录组学研究。将...
- 林宝山
- 关键词：牦牛肺脏转录组RNA-SEQ
- 文献传递
- 牦牛Toll样受体8和9基因克隆及组织表达分析被引量：2
- 2015年
- 为了解牦牛Toll样受体8(TLR8)和9(TLR9)蛋白的结构特征及其基因的组织表达规律,丰富牦牛TLRs基因研究的理论数据,应用RT-PCR方法克隆牦牛TLR8、TLR9基因,并进行生物信息学分析,采用实时荧光定量PCR技术构建组织表达谱。结果显示,两个基因cDNA全长分别为3 102bp和3 090bp。牦牛TLR8和TLR9基因与野牦牛、黄牛和绵羊之间的同源性都很高,均在95%以上。牦牛TLR8和TLR9蛋白都具有胞外LRRs功能域、胞内区TIR结构域、低复杂度区;另外,TLR8还具有1个C端富集亮氨酸重复序列(LRRCT)和跨膜结构域。两个基因在10个组织中均有不同程度的表达,在肾脏中表达量最高,而在大肠中表达量最低。本研究成功克隆了牦牛TLR8和TLR9基因的完整编码区,并揭示了它们在各组织器官的表达规律,为进一步研究TLRs在牦牛体内的免疫机制奠定了基础。
- 黄勇兰道亮陈亚冰林宝山黄偲李键
- 关键词：牦牛TOLL样受体9克隆
- 牦牛Toll样受体5基因的克隆及序列分析被引量：4
- 2014年
- 根据GenBank中已公布牛Toll样受体5(toll-like receptors 5,TLR5)基因序列,设计全长引物,并对所得序列进行生物信息学分析和预测。基因序列分析结果表明,克隆得到牦牛TLR5基因全长2582bp,开放阅读框2577bp,编码氨基酸858个,N端含有21个氨基酸组成的信号肽,分子质量为97.981ku,理论等电点为4.85;蛋白预测结果表明,TLR5编码蛋白整体表现为亲水性;同源性分析结果表明,牦牛与野牦牛、黄牛、绵羊、山羊等物种具有较高的同源性,在系统发育树中距离最近,说明TLR5基因序列具有较高的保守性。牦牛TLR5基因序列的成功克隆为今后深入研究牦牛及高原动物抗病及免疫机制提供非常重要的理论基础。
- 陈亚冰兰道亮林宝山黄偲黄勇李键
- 关键词：牦牛克隆
- 麦洼牦牛TLR3基因编码区的克隆及生物信息学分析
- 2014年
- 利用分子克隆技术成功获得麦洼牦牛TLR3编码区基因序列,采用相关分析及预测软件对基因及其编码的蛋白质进行基本理化性质、二级结构及结构域等分析预测。结果表明该基因包含了1个2 715 bp的开放阅读框,编码904个氨基酸;所编码的蛋白质二级结构主要由α螺旋及无规则卷曲为主;TLR3基因进化树及基因同源性比对结果表明TLR3基因及其保守,牦牛TLR3基因与黄牛、绵羊和马等哺乳动物遗传距离很近。
- 陈亚冰兰道亮林宝山黄偲黄勇李键
- 关键词：麦洼牦牛克隆生物信息学分析
