陈亚冰
- 作品数：31 被引量：101H指数：6
- 供职机构：西南民族大学生命科学与技术学院更多>>
- 发文基金：中央高校基本科研业务费专项资金国家公益性行业科研专项国家科技支撑计划更多>>
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- 一种基于SYBR Green I荧光定量的牦牛应激型HSPA1A基因组织表达谱建立
- 本发明公开了一种基于SYBRGreenI荧光定量方法的牦牛应激型HSPA1A基因组织表达谱建立。该表达谱建立包括了如下步骤：（1）牦牛各组织RNA的提取及cDNA合成；（2）引物设计；（3）标准曲线的建立；（4）荧光定量...
- 兰道亮李键陈亚冰王树茂
- 文献传递
- 牦牛Toll样受体5基因的克隆及序列分析被引量：4
- 2014年
- 根据GenBank中已公布牛Toll样受体5(toll-like receptors 5,TLR5)基因序列,设计全长引物,并对所得序列进行生物信息学分析和预测。基因序列分析结果表明,克隆得到牦牛TLR5基因全长2582bp,开放阅读框2577bp,编码氨基酸858个,N端含有21个氨基酸组成的信号肽,分子质量为97.981ku,理论等电点为4.85;蛋白预测结果表明,TLR5编码蛋白整体表现为亲水性;同源性分析结果表明,牦牛与野牦牛、黄牛、绵羊、山羊等物种具有较高的同源性,在系统发育树中距离最近,说明TLR5基因序列具有较高的保守性。牦牛TLR5基因序列的成功克隆为今后深入研究牦牛及高原动物抗病及免疫机制提供非常重要的理论基础。
- 陈亚冰兰道亮林宝山黄偲黄勇李键
- 关键词：牦牛克隆
- 麦洼牦牛TLR1基因组织表达分析被引量：6
- 2015年
- 【目的】建立一种牦牛TLR1基因表达量的荧光定量PCR检测方法,并分析TLR1基因在牦牛不同组织中的表达差异。【方法】参考牦牛TLR1基因序列,在其保守区设计特异性引物,并以牦牛β-actin基因为内参基因建立荧光定量方法;基于该荧光定量方法分析TLR1基因在牦牛心、肝、脾、肺、肾、大肠、小肠、胃、乳腺、肌肉、卵巢11种组织中的表达水平。【结果】TLR1基因和β-actin基因扩增产物电泳结果呈现单一条带,其产物熔解曲线均为特异的单峰,表明引物具有较高的特异性。组织表达结果显示,TLR1基因在所检测的牦牛11个组织样本中均有表达,其中在肾、肝、脾、肺、卵巢、小肠中表达量较高,在胃、乳腺、心、大肠、肌肉组织中表达量较低。【结论】TLR1基因在牦牛各组织中转录水平差异较大,这可能与各组织对病原体的识别和抵抗能力有关。
- 陈亚冰兰道亮黄勇林宝山黄偲李键
- 关键词：麦洼牦牛荧光定量PCR组织表达谱
- 16S rRNA高通量测序技术筛选牦牛瘤胃细菌基因组DNA提取方法及菌群结构被引量：22
- 2017年
- 【目的】确定理想的牦牛瘤胃细菌基因组DNA提取方法及初步分析牦牛瘤胃细菌的群体结构。【方法】采用物理法(珠磨法、反复冻融法)、化学法(CTAB、SDS)及酶解法(溶菌酶、蛋白酶K)三者与瘤胃细菌特点相结合的方法,组合生成9种不同方法,即方法 1(CTAB+SDS+Lysozyme+无特殊物理处理法)、方法 2(CTAB+SDS+Lysozyme+反复冻融法)、方法 3(CTAB+SDS+Lysozyme+珠磨法)、方法 4(CTAB+Lysozyme+无特殊物理处理法)、方法 5(CTAB+Lysozyme+反复冻融法)、方法 6(CTAB+Lysozyme+珠磨法)、方法 7(SDS+Lysozyme+无特殊物理处理法)、方法 8(SDS+Lysozyme+反复冻融法)、方法 9(SDS+Lysozyme+珠磨法),同时以QIA amp DNA Stool Mini Kit(方法 10)为对照,以这10种方法来提取瘤胃微生物基因组DNA,并通过DNA浓度、纯度、DNA电泳图等基本性质及16S r RNA高通量测序结果对其进行分析比较,同时通过测序结果初步分析牦牛瘤胃细菌群体结构。【结果】不同DNA提取方法效率比对结果显示,同样的化学及生物酶裂解条件下,结合珠磨法及反复冻融法能够显著地增强细胞裂解效率,提高DNA产量。其中方法 3及方法 6提取的DNA具有较高的浓度及纯度,方法 7—10缺乏CTAB阳离子去污剂,提取的DNA量显著低于其他方法(P<0.05),除方法 2和8所提取的样品经多次试验,PCR产物目的条带太弱或未检测到外,其余8种方法提取的样品PCR产物目的条带大小正确,浓度合适,符合高通量测序的要求。16S r RNA高通量测序共生成了191 349条原始数据,质控后得到有效序列171 231条。稀释性曲线分析表明,数据量合理并达到饱和,能够完整反映样品的菌群种类。OTU聚类数据统计、分类学和多样性指数分析显示方法 6和10包含的细菌较丰富。不同提取方法对革兰氏阳性菌提取效果比对结果表明方法 6裂解革兰氏阳性菌细胞壁的能力比其他方法相对较高。综上,方法 6(CTAB-Lysozyme-珠磨)�
- 杨琦玥黄勇陈亚冰刘洛川李键兰道亮
- 关键词：牦牛瘤胃微生物菌群结构
- 牦牛TLR2和TLR4基因mRNA在不同组织中的表达分布研究被引量：14
- 2014年
- 为检测牦牛TLR2和TLR4基因m RNA在不同组织中的表达分布,本研究根据Gen Bank中牛TLR2和TLR4序列设计特异性引物,以β-actin为参照基因,建立了检测牦牛天然免疫受体TLRs家族TLR2和TLR4基因的荧光定量PCR方法,并对TLR2和TLR4基因在牦牛各组织中的表达分布进行了研究。结果表明,TLR2和TLR4基因在牦牛所有组织中均有表达,其中TLR2基因在小肠表达量最高,在卵巢表达量最低,在肾、肺、肝、心、脾、乳腺、大肠、肌肉等组织依次有较高的表达;TLR4基因在乳腺表达量最高,在肌肉表达量最低,在脾、肝、小肠、肾、卵巢、肺、心、大肠等组织依次有较高水平的表达。该研究结果提示TLR2和TLR4基因可能在牦牛抗病免疫分子机制中发挥重要的作用,对研究高原动物免疫机制和应对牦牛及其他高原动物重大疫病具有重要意义。
- 林宝山兰道亮黄偲陈亚冰黄勇李键
- 关键词：牦牛荧光定量PCR
- 牦牛HSPA1A和HSPA2基因组织分布的检测被引量：1
- 2013年
- 旨在建立一种检测牦牛HSP70家族应激型HSPA1A和HSPA2基因的实时荧光定量PCR方法。采用普通PCR,结合实时荧光定量PCR方法,检测正常情况下应激型HSPA1A和HSPA2基因在牦牛各组织中的表达分布。结果显示,HSPA1A基因在公牦牛与母牦牛中的表达基本一致,所有组织中均少量表达,肺中最低,肌肉相对表达较高;HSPA2基因在公牦牛与母牦牛中的表达也基本一致,所有组织均少量表达,肺中最低,脑、睾丸和卵巢相对表达较高。该研究结果提示正常情况下HSPA2基因可能在牦牛生殖繁育上发挥一定作用,为进一步研究HSPA1A基因和HSPA2基因在牦牛对环境的适应性方面提供基础资料和研究方法。
- 王树茂兰道亮陈亚冰林宝山李键
- 关键词：牦牛实时荧光定量PCR
- 基于微量RNA高通量测序技术的牦牛MⅡ期卵母细胞转录组研究被引量：2
- 2014年
- 旨在现有高通量测序的基础上,建立一种针对牦牛卵母细胞等微量样本的RNA高通量测序方法,为进一步研究牦牛卵母细胞的转录组学提供基础。以微量MII期牦牛卵母细胞RNA(10ng)作为研究样本,应用SMART cDNA PCR扩增技术对样本进行富集并构建测序文库,再应用改进的RNA高通量测序技术对其进行高通量测序分析。经Illumina-Solexa深度测序后,得到了一个包含47 619 254条测序序列,4Gb大小数据量的微量MII期牦牛卵母细胞测序文库。质量控制(Quality control,QC)及基本结果分析表明测序文库质量良好。基因组比对分析显示,共有15 626个牦牛基因被映射。此外,还获得了7 348个新的转录本。GO分类注释结果显示,共有13 795个比对上的基因参与了生物过程、细胞组分及分子功能3大主要类别。进一步富集分析显示,分别有333 134及113个GO类别在上述3大类中得到富集。KEGG通路分析结果显示,共有13 496个比对上的基因参与了258条通路,其中101条通路得到有效富集。本研究以牦牛卵母细胞为样本成功建立了一种起始RNA量可低至10ng的微量转录组测序方法。该研究结果为进一步研究牦牛基因组提供了基础,同时也为研究牦牛MII期卵母细胞的分子机理提供了新的视角。
- 兰道亮熊显荣林宝山陈亚冰胡敏苏小珊李键
- 关键词：牦牛卵母细胞转录组高通量测序
- 牦牛Toll样受体8和9基因克隆及组织表达分析被引量：2
- 2015年
- 为了解牦牛Toll样受体8(TLR8)和9(TLR9)蛋白的结构特征及其基因的组织表达规律,丰富牦牛TLRs基因研究的理论数据,应用RT-PCR方法克隆牦牛TLR8、TLR9基因,并进行生物信息学分析,采用实时荧光定量PCR技术构建组织表达谱。结果显示,两个基因cDNA全长分别为3 102bp和3 090bp。牦牛TLR8和TLR9基因与野牦牛、黄牛和绵羊之间的同源性都很高,均在95%以上。牦牛TLR8和TLR9蛋白都具有胞外LRRs功能域、胞内区TIR结构域、低复杂度区;另外,TLR8还具有1个C端富集亮氨酸重复序列(LRRCT)和跨膜结构域。两个基因在10个组织中均有不同程度的表达,在肾脏中表达量最高,而在大肠中表达量最低。本研究成功克隆了牦牛TLR8和TLR9基因的完整编码区,并揭示了它们在各组织器官的表达规律,为进一步研究TLRs在牦牛体内的免疫机制奠定了基础。
- 黄勇兰道亮陈亚冰林宝山黄偲李键
- 关键词：牦牛TOLL样受体9克隆
- 基于荧光定量的牦牛应激型HSPA2基因表达谱建立
- 基于荧光定量的牦牛应激型HSPA2基因表达谱建立本发明公开了一种牦牛应激型HSPA2基因组织表达分布的SYBRGreenI荧光定量PCR检测方法。该方法包括如下步骤：（1）牦牛各组织RNA的提取及cDNA合成；（2）引物...
- 兰道亮李键王树茂陈亚冰
- 文献传递
- 快速检测猪嵴病毒的荧光定量PCR试剂盒及应用
- 本发明公开了一种用于检测猪嵴病毒的SYBRGreen<Image file="2013105215448100004DEST_PATH_IMAGE002.GIF" he="5" imgContent="undefined...
- 兰道亮陈亚冰李键熊显荣符梅王长松华修国
- 文献传递
