徐小萍
- 作品数：51 被引量：109H指数：6
- 供职机构：福建农林大学园艺学院园艺植物生物工程研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金福建省科技重大专项福建省自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- miR171家族保守性分析及其在香蕉叶片不同温度处理下的表达分析被引量：1
- 2018年
- [目的]研究三明野生蕉和天宝栽培蕉在不同温度处理后mi R171家族成员在叶片中的表达情况,初步探索香蕉mi R171家族成员的抗寒机制。[方法]采用生物信息学分析和实时荧光定量PCR(q PCR)的方法,对香蕉中mi R171家族成员进行研究。[结果]序列比对结果表明,mi R171前体与成熟体序列间有2个保守性较高的重叠区,推测mi R171成熟体可能来自这2个区域。实时荧光定量PCR结果表明,三明野生蕉的mi R171b的相对表达量在0℃时达到最高,而天宝栽培蕉mi R171b则在4℃处理时表达量达到最高;mi R171c和mi R171c*在野生蕉和天宝蕉中具有相似的表达模式,其表达量都在4℃达到最高。[结论]mi R171家族成员可能具有多重调节功能,其家族成员mi R171b,mi R172c和mi R171c*可能在香蕉冷胁迫中发挥重要作用。
- 周丽丽屈蒙蒙蔡晓桐徐小萍张舒婷赖钟雄林玉玲
- 关键词：香蕉温度处理实时荧光定量PCR
- 龙眼漆酶家族成员全基因组结构与功能分析被引量：18
- 2018年
- 为了解龙眼漆酶（DlLAC）家族的生物学功能,采用生物信息学分析方法进行龙眼基因组LAC基因成员鉴定,蛋白结构域及特性、启动子顺式作用元件、分子进化树分析、体胚发生过程和组织器官特异表达的FPKM分析以及可能互作的mi RNA预测.结果显示：DlLAC家族基因包含42个基因成员,分为7大类;基因家族成员内含子数量1-8个不等,以5个为主,其中DlLAC15-1中存在600 bp短串联重复序列;DlLAC蛋白结构域共存在5种类型,均属于铜蓝蛋白,以3个铜蓝氧化酶结构域为主;DlLAC蛋白均为分泌型蛋白,亚细胞定位预测在胞外,包含2个以上糖基化位点,具有多个保守的motif;5端调控序列预测分析,DlLAC可能具有多个转录起始位点;DlLACp启动子序列均包含大量非生物胁迫应激响应元件、胚乳特异表达元件及MYB结合位点,推测MYB可能通过DlLAC进而调控龙眼胚胎发育.DlLAC9-1p、DlLAC12p、DlLAC17-2p含黄酮类化合物合成调控的MYB结合位点,可能参与龙眼生长发育过程中种子成熟和果皮成色的色素合成途径;DlLAC家族成员可能参与不同体胚发育过程和不同组织器官形态建成.42个龙眼漆酶成员共有28个受miRNA调控,13个成员受miR397调控,可能与木质素合成相关,8个成员受miR1535调控.非miR397调控的成员可能发挥其他重要的生物学功能.本研究表明,DlLAC家族成员在龙眼生长发育过程中除了参与木质素合成以外,还可能参与胚胎发育、胚乳发育、色素合成、组织器官特异表达等重要生物学功能,表现其功能上的多样性.
- 徐小萍陈晓慧吕科良陈旭陈裕坤林玉玲赖钟雄
- 关键词：龙眼功能分析
- 6-BA与NAA的浓度配比对迷迭香愈伤组织生长的影响被引量：1
- 2015年
- 以迷迭香愈伤组织为材料,采用2因素3水平完全随机试验,在含有1.0 mg/L2,4-D的MS固体培养基中加入不同浓度配比的6-BA和NAA,探讨不同浓度6-BA和NAA组合对迷迭香愈伤组织生长的影响。结果表明,最适于迷迭香愈伤组织增殖的激素配比为0 mg/L 6-BA+0.5 mg/L NAA,培养20 d后,增殖系数为10.98。
- 徐小萍谢燕萍慕尧钟春水陈裕坤林玉玲赖钟雄
- 关键词：迷迭香愈伤组织BANAA增殖
- 龙眼体胚发生早期4CL基因家族鉴定与功能分析被引量：2
- 2021年
- 为了解龙眼4-香豆酸:辅酶A连接酶(Dl4CL)基因家族的分子特性及生物学功能。采用生物信息学分析方法进行龙眼4CL基因家族的成员鉴定,蛋白结构域及特性、分子进化树、体胚发生过程和组织器官中的表达规律分析以及可能互作的miRNA预测。结果显示,Dl4CL基因家族包含43个成员,分为6个亚家族;不同亚家族成员的基本理化性质包括等电点、相对分子量、氨基酸个数及信号肽有所差别;Dl4CL蛋白均属于非分泌型蛋白,具有多个保守的motif;各成员基因结构特性与进化树中家族成员亲缘关系的远近有关;Dl4CL启动子序列包含大量光响应元件、厌氧诱导响应元件及MYB结合位点,推测Dl4CL家族成员可能参与龙眼生长发育过程中黄酮类物种的生物合成以及色素的积累;Dl4CL可能参与不同胚胎发育过程和不同组织器官的形态建成;43个Dl4CL成员共有10个受miRNA调控,并且不同成员受不同的miRNA靶向调控,推测Dl4CL可能通过与miRNA互作参与体胚发生、响应环境胁迫等过程。研究表明,Dl4CL在龙眼体胚发生早期除了参与木质素的合成之外,还可能参与色素合成、组织器官特异表达等多种生物代谢途径,表现其生物学功能的复杂性。
- 洪平静徐小萍王静宇陈晓慧申序林玉玲赖钟雄
- 关键词：龙眼基因鉴定功能分析
- 龙眼体胚发生过程中DlAGO4基因的克隆及表达分析被引量：4
- 2020年
- 该研究基于龙眼基因组数据库,采用RT-PCR技术,以‘红核子’品种龙眼松散型胚性愈伤组织cDNA为模板,进行龙眼胚性愈伤组织DlAGO4基因的克隆和生物信息学分析,并采用实时荧光定量技术分析其在龙眼体细胞胚胎发生不同阶段、不同组织部位、激素和非生物胁迫处理以及5-氮胞苷(5-azac)处理的表达模式。结果表明:(1)DlAGO4基因cDNA全长为3425 bp,包含开放阅读框长度为2781 bp,编码926个氨基酸。(2)生物信息学分析表明,DlAGO4蛋白为碱性亲水非分泌蛋白,含有AGO经典的保守结构域PAZ和Piwi,与克莱门柚CcAGO4的同源性最近,含有85个磷酸化位点和2个糖基化位点;亚细胞定位预测其最可能定位于细胞核;MicroRNA预测显示,DlAGO4基因受到4个miRNA靶向调控。(3)qRT-PCR结果表明,DlAGO4在龙眼球形胚阶段和种子中相对表达量最高;激动素、水杨酸、NaCl、甘露醇、PEG-4000和ABA处理均能促进DlAGO4基因的表达,而2,4-D和MeJA处理抑制其表达;不同浓度的5-azac处理1 d和3 d抑制DlAGO4的表达,但从处理第6天开始该基因呈上调表达,并于处理第12天相对表达量最高。研究认为,DlAGO4基因可能参与龙眼球形胚和种子的转录调控,且可能参与KT、SA的激素信号转导途径和NaCl、甘露醇、PEG-4000、ABA的逆境胁迫响应途径以及DNA甲基化调控机制。
- 陈荣珠申序林美珍陈晓慧徐小萍赖钟雄
- 关键词：非生物胁迫5-氮胞苷实时荧光定量PCR
- 龙眼染色质重塑因子Snf2基因家族的进化动力学研究及在体胚发生早期的表达被引量：1
- 2022年
- 以龙眼(Dimocarpus longan Lour.)‘红核子’品种早期体细胞胚胎发生的胚性愈伤组织(embryogenic callus,EC)、不完全胚性紧实结构(incomplete embryogenic compact structures,ICpEC)和球形胚(globular embryos,GE)为材料,通过生物信息学方法鉴定和分析其染色质重塑因子DlSnf2家族成员及分子进化特性,并通过转录组和实时荧光定量PCR (real-time quantitative PCR,qRT-PCR)分析其表达模式。龙眼DlSnf2家族包含35个成员,家族扩张受到全基因组或片段复制驱动。选择含有SNF2 N和HELICc结构域的31个成员,根据进化特征分为6大类19个亚族。蛋白互作、microRNA和启动子预测显示,部分成员能够发生互作,大部分基因受到microRNA的潜在调控,且存在与激素、胁迫、光、生长和发育相关顺式作用元件。转录组和qRT-PCR分析显示:大多数基因在ICpEC阶段中高表达,DlCHR18、DlCHR24、DlCHR25、DlCHR29和DlCHR31a从EC到GE的过程中表达逐渐下调,而DlCHR4、DlCHR15和DlCHR42表达逐渐上调。分析显示DlSnf2家族基因响应2,4-D、ABA、乙烯利、茉莉酸甲酯、4℃和40℃。DlCHR10和DlCHR11的表达被乙烯利上调,而DlCHR28b和DlCHR36被下调,DlCHR11被ABA和高温(40℃)下调,DlCHR10被茉莉酸甲酯下调,DlCHR36被低温(4℃)下调,DlCHR24和DlCHR35被高温(40℃)下调。Snf2基因家族在植物进化过程中可能具有功能的相对保守性及一定物种特异性。在植物生长调节剂和温度处理下,龙眼DlSnf2家族成员可能参与调控体胚发生和抵御高、低温胁迫,且推测DNA甲基化、microRNA和组蛋白修饰等其他表观调控机制参与了这一过程。
- 申序陈晓慧张婧陈荣珠徐小萍李晓斐蒋梦琦刘蒲东倪珊珊林玉玲赖钟雄
- 关键词：龙眼进化体胚发生
- 龙眼胚性愈伤组织DlCK2-α基因克隆、亚细胞定位及其表达特性分析
- 2019年
- 【目的】克隆龙眼DlCK2-α基因,并对其表达特性进行分析。【方法】该试验通过RACE技术对DlCK2-α进行克隆,并在此基础上进行生物信息学分析和亚细胞定位以及蛋白质结构和功能的预测。对调控DlCK2-α的miRNA及顺式作用元件进行预测,并进行亚细胞定位观察。采用QRT-PCR技术对其在龙眼体胚不同阶段胚性培养物和不同光质的表达特性进行研究。【结果】DlCK2-α基因含有开放阅读框1002 bp,共编码333个氨基酸(GenBank登录号:MG181952);DlCK2-α属亲水性蛋白,不含有信号肽和跨膜结构域,但是含有一个典型的STKc_CK2_alpha保守结构域,预测含有32个磷酸化位点;miRNA预测结果显示,共有miR2615a等10条miRNA可能调控DlCK2-α;顺式作用元件预测显示多个光响应与应激响应元件可能调控DlCK2-α;GFP荧光定位观察显示其定位于细胞质。QRT-PCR结果显示,DlCK2-α在黑暗条件下的表达量高于光处理下的表达量。在体胚不同发育阶段,DlCK2-α在不完全胚性紧实结构中的表达量最低,球形胚中表达量最高,整体呈先降后升趋势。【结论】DlCK2-α基因在龙眼光信号转导和体胚发育调控中发挥重要作用。
- 李珊珊徐小萍陈旭陈晓慧李汉生林玉玲赖钟雄
- 关键词：龙眼酪蛋白激酶亚细胞定位QRT-PCR
- 龙眼Mn-SOD基因的表达及其启动子功能分析被引量：3
- 2018年
- 以龙眼胚性愈伤组织为材料,研究龙眼Mn-SOD基因在应答非生物因子和外源激素处理下的转录情况,并利用烟草瞬时转化法分析其启动子的表达活性。结果表明:龙眼胚性愈伤组织中Mn-SOD基因的表达受到红光和蓝光的抑制;而在白光处理下,Mn-SOD呈现先上升再下降的趋势,在绿光中,则是先下调再上升。在盐胁迫处理下,Mn-SOD基因的表达受到抑制,在蔗糖和不同天数处理中则不受影响。在一定浓度范围内,外源激素IAA、GA3、Me JA、SA和ETH均能诱导或抑制龙眼胚性愈伤组织中Mn-SOD基因的表达,提示其参与外源激素的应答。构建4个不同启动子缺失片段驱动报告基因GUS的植物表达载体并转化烟草。结果表明,龙眼Mn-SOD基因4个不同启动子缺失片段启动GUS基因的能力均低于Ca MV35S启动子,但均可启动GUS基因的表达。瞬时表达和定量表达结果显示,3’缺失的MSD-pro4(-669^-267 bp)启动GUS基因的能力最强,其次为5’缺失的MSD-pro1(-669^-1 bp),最弱的为MSD-pro2(-432^-1bp)和MSD-pro3(-267^-1 bp),提示Mn-SOD启动子-669^-432 bp区段内含有重要的正向顺式调控元件;而-432^-1 bp区段含有负调控元件。
- 陈晓慧曾丽兰徐小萍王亚婷张梓浩陈裕坤林玉玲赖钟雄
- 关键词：龙眼MN-SOD启动子
- 龙眼miR167家族分子特性及其潜在靶标在体胚发生早期的表达模式
- 2021年
- 为了解miR167家族成员的分子特性及其可能互作的靶标在龙眼体胚发生早期的调控机制,采用生物信息学分析方法进行龙眼miR167基因家族序列分析、二级结构预测、分子进化树分析、靶基因预测及其靶标特异表达的FPKM值分析,并采用实时荧光定量PCR技术(quantitave real-time PCR,qPCR)检测miR167家族在体胚发生早期的转录水平.结果显示,龙眼miR167前体序列存在一个长为20 nt的重叠区域,miR167b的中间序列区域和3’端与此区域存在多个碱基差异;龙眼miR167前体成员均能形成茎环结构,且最小折叠自由能介于-79.95--46.90 Kal/mol之间;分子进化树显示龙眼miR167前体成员分别与番木瓜(Carica papaya)、番茄(Solanum lycopersicum)、高粱(Sorghum bicolor)和大豆(Glycine max)亲缘关系最近,miR167a、c、d、f在成熟体进化树中聚于同一支,靶标预测结果显示它们可能调控6个相同的靶基因,即E3泛素连接酶BIG BROTHER(BB)、AIRP2,MYB转录因子和生长素应答因子(ARF6、ARF8、ARF6-3),miR167b则单独分布于另一支中,并可能调控2个特异靶标,即赖氨酸特异性组蛋白去甲基化酶1(LSD1)和细胞周期素(cyclin-C1-2-like);qPCR结果显示dlo-miR167a、c、d的表达均呈上调趋势,dlo-miR167d、f在3个阶段的表达水平较低;FPKM值显示ARF6/8、BB在体胚发生早期的表达模式与dlo-miR167a、c、d趋于一致,与AIRP2呈负相关.本研究表明在体胚发生早期ARF6/8和BB可能不受龙眼miR167的靶向调控,miR167可能通过靶向AIRP2参与早期体胚发生的形态建成,提示龙眼miR167基因功能的协同性和独立性并存.(图9表3参54)
- 王静宇申序陈晓慧徐小萍张舒婷苏立遥林玉玲赖钟雄
- 关键词：龙眼靶基因
- 龙眼DRB家族全基因组鉴定及其表达分析被引量：2
- 2021年
- 为了解龙眼中双链RNA结合蛋白家族(DRB)的潜在功能,采用生物信息学方法鉴定龙眼DRB基因家族成员,并分析其在龙眼体胚发生早期、不同组织部位和外源脱落酸、水杨酸、茉莉酸甲酯处理下的表达模式。结果显示:龙眼DRB家族的8个成员分布在5个亚组中,并且都具有2~3个双链RNA结合结构域,内含子数1~7;龙眼DRB家族含有6种motif;启动子中含有大量光响应元件、激素响应元件和逆境胁迫响应元件;龙眼DRB家族成员在体胚发生的各个阶段、各器官中均有表达,但表达量差异较大;外源脱落酸、水杨酸及茉莉酸甲酯处理显著抑制龙眼DRB家族成员的表达。本研究结果表明,龙眼DRB家族成员高度保守,该家族成员可能参与龙眼体胚及各器官各阶段的生长发育过程,且参与脱落酸、水杨酸及茉莉酸甲酯响应过程。
- 蔡柔荻厉雪陈燕徐小萍陈晓慧赖钟雄林玉玲
- 关键词：龙眼启动子生物信息学
