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陈裕坤: 作品数：117 被引量：299H指数：9; 供职机构：福建农林大学园艺学院园艺植物生物工程研究所更多>>; 发文基金：国家自然科学基金福建省科技重大专项福建省自然科学基金更多>>; 相关领域：农业科学生物学文化科学医药卫生更多>>

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苋菜amaARF6基因克隆及其外源激素处理下在幼苗中响应分析被引量：7: 2018年; 以‘大红’苋菜(Amaranthus tricolor L.‘Dahong’)为材料,根据实验室构建的苋菜转录组数据库(SRA:SSR924089~SSR924092),采用RT-PCR结合RACE技术克隆获得1条生长素响应因子ARF6基因c DNA全长序列,命名为amaARF6(登录号为MG581459)。苋菜amaARF6基因c DNA全长3 758 bp,含一个2 697 bp开放阅读框,编码898个氨基酸。生物信息学分析表明,amaARF6包括生长素响应因子结构域和生长素功能位点,有ARF基因家族特有序列特征;系统进化树分析发现,amaARF6蛋白与同为石竹目甜菜Bv ARF6蛋白进化距离最近,相似度高达100%。荧光定量PCR分析表明,苋菜幼苗在不同浓度2,4-D、IAA、IBA等生长素及不同浓度GA3和PP333处理下,amaARF6基因均受调控,且在2,4-D、IAA、IBA等生长素处理后表达上调,经GA3和PP333处理后表达下调。研究还发现,苋菜中甜菜红素累积受GA3和2,4-D抑制,PP333促进甜菜红素合成,amaARF6基因表达量在GA3和PP333处理下呈相反变化趋势。研究结果表明,amaARF6基因可能具备ARF家族正调控因子表达特征和功能,可能参与调控苋菜幼苗生长和甜菜红素合成。研究结果为揭示amaARF6基因在苋菜幼苗生长中作用奠定基础,为苋菜育种提供线索。; 潘君飞彭丽云赵春丽王晓张梓浩陈裕坤赖钟雄刘生财; 关键词：苋菜生物信息学分析外源激素

一种龙眼快速遗传转化方法的建立被引量：3: 2020年; 针对龙眼遗传转化传统方法存在转化效率低、周期长、转化的胚状体再生困难以及转化植株生长异常等问题,以龙眼土播实生幼苗为受体材料,采用去顶芽(保留真叶)和去顶法(切除带叶的上部)进行创伤,利用根癌农杆菌介导法侵染伤口,通过抗性筛选获得正常生长发育的再生植株,经PCR扩增、目标片段测序及qRT-PCR检测鉴定阳性转化植株.结果显示,去顶芽法获得的抗性芽GUS基因阳性检测率33.84%、特异片段(35S-mft-intron)的阳性率为20.83%,去顶法获得的抗性芽GUS基因阳性检测率32.5%;经测序验证,PCR扩增产物的序列与载体特异片段的相似度为100%,外源基因已经整合到龙眼基因组中;qRT-PCR表明外源基因在转基因龙眼植株中表达量较高,在未转化龙眼植株中不表达,说明外源基因在龙眼植株内进行转录,建立了一种龙眼快速转基因方法.该方法可快速获得大量转基因植株,具有操作简便、成本低、周期短、转化效率较高、成活率高、可周年生产等优点,对龙眼的基因功能研究和种质创新具有重要的意义.; 陈裕坤程春振张梓浩赖钟雄; 关键词：龙眼实生幼苗根癌农杆菌介导

一种藤三七离体再生体系建立的方法: 本发明提供了一种藤三七离体再生体系建立的方法，包括：1）无菌体系建立，距离顶端10cm以下的藤三七茎段用HgCl2消毒8min效果最好；2）初代培养，以MS为基本培养基在白光条件下有利于藤三七茎段伸长生长；3）继代增殖培...; 刘生财赖钟雄邵根水许国辉程春振林玉玲陈裕坤张梓浩; 文献传递

龙眼Mn-SOD基因的表达及其启动子功能分析被引量：3: 2018年; 以龙眼胚性愈伤组织为材料,研究龙眼Mn-SOD基因在应答非生物因子和外源激素处理下的转录情况,并利用烟草瞬时转化法分析其启动子的表达活性。结果表明:龙眼胚性愈伤组织中Mn-SOD基因的表达受到红光和蓝光的抑制;而在白光处理下,Mn-SOD呈现先上升再下降的趋势,在绿光中,则是先下调再上升。在盐胁迫处理下,Mn-SOD基因的表达受到抑制,在蔗糖和不同天数处理中则不受影响。在一定浓度范围内,外源激素IAA、GA3、Me JA、SA和ETH均能诱导或抑制龙眼胚性愈伤组织中Mn-SOD基因的表达,提示其参与外源激素的应答。构建4个不同启动子缺失片段驱动报告基因GUS的植物表达载体并转化烟草。结果表明,龙眼Mn-SOD基因4个不同启动子缺失片段启动GUS基因的能力均低于Ca MV35S启动子,但均可启动GUS基因的表达。瞬时表达和定量表达结果显示,3’缺失的MSD-pro4(-669^-267 bp)启动GUS基因的能力最强,其次为5’缺失的MSD-pro1(-669^-1 bp),最弱的为MSD-pro2(-432^-1bp)和MSD-pro3(-267^-1 bp),提示Mn-SOD启动子-669^-432 bp区段内含有重要的正向顺式调控元件;而-432^-1 bp区段含有负调控元件。; 陈晓慧曾丽兰徐小萍王亚婷张梓浩陈裕坤林玉玲赖钟雄; 关键词：龙眼 MN-SOD 启动子

龙眼SPFH家族全基因组鉴定、进化分析与功能预测: 2022年; SPFH(stomatin,prohibitin,flotillin and hflk/C)是一种膜微区蛋白,该家族的蛋白均含有一个高度保守的SPFH结构域.在植物中,SPFH家族蛋白可以细分为Slp(stomatin-like protein)、PHB(prohibitin)、Flot(flotillin)、Elp(erlin-like protein)以及HIR(hypersensitive induced reaction)5类.目前关于SPFH在植物中的全基因组鉴定鲜见报道,在拟南芥、水稻等植物中也只是对SPFH的个别亚家族进行研究.为了解膜微区蛋白SPFH在龙眼中的分子特性,基于龙眼基因组数据库,对龙眼SPFH(DlSPFH)进行家族成员鉴定、进化分析,并结合龙眼转录组数据库对DlSPFHs在早期体胚发生过程中的表达模式进行分析.结果显示,DlSPFH家族共有14个成员,包含DlSlp(1个)、DlElp(1个)、DlFlots(2个)、DlPHBs(2个)以及DlHIRs(8个)5个亚家族;家族成员的氨基酸数目、分子量、等电点分别介于193-2 570aa、21.49×10;-282.11×10;、5.38-9.42之间;定位于8条染色体上. DlSPFHs家族间存在2对串联重复基因以及3对片段重复基因.此外,DlSPFHs还与拟南芥、甜橙、水稻SPFH家族成员分别存在17、14、2对共线性成员.基因结构与保守基序分析结果显示,DlSPFH各成员间基因结构存在较大的差异;基序以motif 1最为保守.蛋白互作结果显示,DlSPFHs不仅家族成员之间存在互作关系,还能够与多种蛋白发生互作.DlSPFHs在启动子区域存在较多激素响应元件,并且可能受到11种miRNA的精确调控.在龙眼体胚发生早期阶段DlHIR1、DlHIR2、DlHIR3、DlPHB1、DlHIR8相较其他成员在体胚发生早期各个阶段呈现出较高的表达量FPKM值.本研究表明龙眼DlSPFHs的基因重复事件主要以片段重复为主,并且可能参与龙眼的抗病、激素响应以及体胚发生过程,展现功能多样性.(图7表3参39); 张春渝张梓浩陈裕坤林玉玲陈振光王晶王晶; 关键词：龙眼

龙眼SnRKs家族全基因组鉴定、进化特性及其在龙眼体胚发生早期的表达模式: 2022年; 植物蔗糖非发酵-1相关蛋白激酶(sucrose non-fermenting-1-related protein kinase,SnRK)在细胞代谢及响应渗透胁迫过程中起着关键作用.基于第三代基因组对龙眼SnRKs(DlSnRKs)家族进行全基因组鉴定及命名,对成员理化性质、亚细胞定位、系统发育进化树、蛋白互作、染色体定位、保守基序与基因结构、全基因组共线性及启动子顺式作用元件进行预测分析,并结合转录组数据分析DlSnRKs在龙眼体胚发育3个阶段[胚性愈伤组织(EC)、不完全胚性紧实结构(ICpEC)、球形胚(GE)]的表达模式.结果显示,DlSnRKs家族共28个成员.系统发育进化树分析发现DlSnRKs家族成员分布于3个亚组中.染色体定位分析发现28个成员定位在10条染色体中.蛋白互作预测分析发现DlSnRKs家族存在复杂的蛋白互作关系.蛋白保守基序分析发现各亚组成员motif分布相似性与保守性并存.对DlSnRKs家族成员的基因结构进行分析,发现其内含子数目在0-14之间.启动子顺式作用元件分析发现各成员启动子区包含光、激素、生长发育及胁迫等响应元件.全基因组共线性分析发现有8个DlSnRKs成员在拟南芥和水稻中均发现共线基因.对DlSnRKs在EC-ICpEC-GE阶段的表达模式进行分析,发现有11个成员呈持续上调表达,3个成员呈持续下调表达,并且DlSnRK1.2在EC-ICpEC阶段以及DlSnRK2.5和DlSnRK3.9在ICpEC-GE阶段出现显著差异表达.本研究表明通过预测分析发现DlSnRKs家族在进化过程中较保守,其家族成员可能参与调控龙眼体胚发育过程,结果可为SnRK家族基因的深入研究和功能表征奠定基础.(图7表2参52); 刘蒲东张舒婷申序苏炳茜张梓浩陈裕坤林玉玲陈振光赖钟雄; 关键词：龙眼

龙眼pri-miR319a编码短肽活性的研究被引量：6: 2021年; 为研究龙眼miRNA编码短肽(miRNA encode regulatory peptide,miPEP)的潜在活性,以miR319为对象,从7个龙眼品种中克隆得到pri-miR319a序列并预测其潜在编码miPEP,并通过遗传转化和人工合成miPEP的方法验证miPEP319a的活性。结果显示,7个龙眼品种中pri-miR319a序列存在10个核苷酸的差异,并具有3个潜在ORF可以编码miPEP,其中1个核苷酸突变位点导致miPEP319a氨基酸序列的改变。进一步通过原位转化法获得转化miPEP的过表达载体及相应突变表达载体的龙眼幼芽,并结合人工合成miPEP319处理龙眼胚性愈伤组织,进一步验证龙眼miPEP的生物学活性。结果显示,pri-miR319a编码的3个潜在miPEP仅miPEP319a-2具有生物学活性并促进下游mi R319a的表达。最后采用烟草叶片的瞬时转化法验证龙眼miPEP319a在烟草当中的活性及对miR319a的影响。结果表明龙眼miPEP319a具有物种特异性,在烟草叶片中miR319a的表达模式无差异。该研究结果提示龙眼pri-miR319序列在不同品种中具有多态性,且其编码的3个潜在miPEP仅mi PEP319a-2具有生物学活性,并具有物种特异性,同时也暗示龙眼miPEP319a-2可以参与到龙眼的生长发育过程中。; 苏立遥王培育蒋梦琦黄倏祺薛晓东刘梦雨肖学宸赖春旺张梓浩陈裕坤赖钟雄林玉玲; 关键词：龙眼基因克隆

一种快速抑制龙眼胚性愈伤组织中目标基因表达的方法: 本发明提供了一种快速抑制龙眼胚性愈伤组织细胞中目标基因表达的方法。本发明根据目标mRNA全长序列设计合成数个靶点寡核苷酸siRNA序列，利用悬浮细胞培养体系，通过细胞转染剂Lipofectamine 2000 reage...; 林玉玲赖瑞联赖钟雄程春振刘生财陈裕坤张梓浩; 文献传递

龙眼miR408与DlLAC12克隆及其在球形胚发生和非生物胁迫下的表达分析: 2022年; 为探讨miR408及靶基因DlLAC12在龙眼球形体细胞胚诱导及不同非生物胁迫下的表达模式,采用miR-RACE PCR和Tail-PCR克隆获得pri-miR408 cDNA和转录起始位点、dlo-miR408 gDNA、靶基因DlLAC12 cDNA及启动子pro-MIR408序列。研究结果显示:dlo-pri-miR408 cDNA、gDNA全长均为706 bp,5′端转录起始位点为胞嘧啶(C)。DlLAC12 cDNA全长为1725 bp,pro-MIR408全长为1532 bp。pro-MIR408序列上存在ABA、GA_(3)、JA等激素信号传导顺式作用元件和响应光、低温胁迫等相关元件。qRT-PCR结果显示,dlo-miR408-3p随外源添加的蔗糖浓度、Cu^(2+)浓度及培养温度的变化呈现动态表达;而dlo-miR408-5p1对蔗糖不敏感,在铜离子失衡和低温时下调表达。dlo-miR408-3p与DlLAC12负调控模式能响应高浓度ABA(≥500μmol•L^(-1))处理,而不同浓度GA_(3)处理下二者表达模式一致。dlo-miR408-3p与DlLAC12在球形胚诱导不同天数呈现负调控,说明在球形胚诱导过程发挥作用。试验表明,dlo-miR408与靶基因DlLAC12可参与龙眼体胚发生与非生物胁迫响应。; 徐小萍曹清影蔡柔荻官庆栩张梓浩陈裕坤徐涵林玉玲林玉玲; 关键词：龙眼体胚发生非生物胁迫

一种龙眼快速转基因方法: 本发明提供了龙眼快速转基因方法，属于转基因植物制备领域。它包括龙眼实生幼苗的准备，转化载体根癌农杆菌侵染菌液的准备，实生幼苗去顶芽或去顶（切除带叶的上部）材料的制备、侵染和共培养，抗性芽的筛选与培养，再生抗性芽的分子生物...; 陈裕坤程春振赖钟雄林玉玲刘生财张梓浩; 文献传递

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