林玉玲 作品数:299 被引量:813 H指数:12 供职机构: 福建农林大学园艺学院园艺植物生物工程研究所 更多>> 发文基金: 国家自然科学基金 福建省科技重大专项 福建省自然科学基金 更多>> 相关领域: 农业科学 生物学 文化科学 医药卫生 更多>>
龙眼Mn-SOD基因的表达及其启动子功能分析 被引量:3 2018年 以龙眼胚性愈伤组织为材料,研究龙眼Mn-SOD基因在应答非生物因子和外源激素处理下的转录情况,并利用烟草瞬时转化法分析其启动子的表达活性。结果表明:龙眼胚性愈伤组织中Mn-SOD基因的表达受到红光和蓝光的抑制;而在白光处理下,Mn-SOD呈现先上升再下降的趋势,在绿光中,则是先下调再上升。在盐胁迫处理下,Mn-SOD基因的表达受到抑制,在蔗糖和不同天数处理中则不受影响。在一定浓度范围内,外源激素IAA、GA3、Me JA、SA和ETH均能诱导或抑制龙眼胚性愈伤组织中Mn-SOD基因的表达,提示其参与外源激素的应答。构建4个不同启动子缺失片段驱动报告基因GUS的植物表达载体并转化烟草。结果表明,龙眼Mn-SOD基因4个不同启动子缺失片段启动GUS基因的能力均低于Ca MV35S启动子,但均可启动GUS基因的表达。瞬时表达和定量表达结果显示,3’缺失的MSD-pro4(-669^-267 bp)启动GUS基因的能力最强,其次为5’缺失的MSD-pro1(-669^-1 bp),最弱的为MSD-pro2(-432^-1bp)和MSD-pro3(-267^-1 bp),提示Mn-SOD启动子-669^-432 bp区段内含有重要的正向顺式调控元件;而-432^-1 bp区段含有负调控元件。 陈晓慧 曾丽兰 徐小萍 王亚婷 张梓浩 陈裕坤 林玉玲 赖钟雄关键词:龙眼 MN-SOD 启动子 龙眼SAP-PPD-KIX-TPL信号途径基因家族的全基因组鉴定与表达模式 被引量:1 2022年 STERILE APETALA(SAP)可调控PPD-KIX-TPL转录抑制复合体的稳定性,从而调节器官大小.基于龙眼基因组数据库,对龙眼SAP-PPD-KIX-TPL信号途径的基因家族进行全基因组鉴定,分析龙眼SAP、PEAPOD(PPD)和TOPLESS(TPL)家族成员的基本理化性质、基因结构及蛋白结构域、启动子顺式作用元件、蛋白互作网络、构建系统进化树;分析龙眼体胚发生过程及不同组织部位中的基因表达水平,并采用qRT-PCR检测体胚发生早期及不同激素处理下的表达模式.结果表明,DlSAP包含1个成员,具有WD40结构域,只有1个内含子.DlPPD包含7个成员,具有tify和CCT_2结构域,含有2-7个内含子,最保守基序为motif1.DlTPL包含6个成员,具有LisH、CTLH和WD40结构域,含有23-29个内含子,除motif7外,motif1-10中的剩余基序均保守.龙眼kinase-inducible domain interacting(KIX)家族包含8个成员,保守结构域为KIX.顺式作用元件预测表明,DlSAP、DlPPD和DlTPL启动子均包含大量光响应、激素应答和非生物胁迫响应元件.蛋白互作网络预测显示,SAP和PPD之间的互作关系较强,与TPL相关联的蛋白较多.qRT-PCR结果表明,DlSAP、DlTIFY4B和DlTPR2-1在球形胚阶段表达量最高;DlSAP、DlTIFY10B-1和DlTPR2-1在不同激素处理中均出现多种表达模式.总之,龙眼SAP-PPD-KIX-TPL信号途径的基因可能参与响应多种激素和非生物胁迫应答,也可能参与胚胎发育,具有多种生物学功能.(图9表2参33) 韩婕 陈晓慧 申序 李晓斐 林玉玲 吴鹏飞 赖钟雄关键词:龙眼 单细胞转录组测序技术及其在植物中的应用 被引量:1 2022年 近年来发展起来的基于高通量测序技术的高分辨率单细胞转录组测序技术,能够在单细胞水平解析植物组织的异质性,鉴定组织中的不同细胞类型,构建不同细胞类型的连续分化轨迹及其转录调控网络,并能够寻找组织中的稀有细胞类型,深入解析组织发育的分子机制。为探究单细胞转录组测序技术在植物中的应用,本文中对单细胞转录组测序技术的发展及其在植物中的应用进行了综述。首先,介绍了单细胞转录组测序技术的发展进程;其次,分析其在鉴定植物组织不同细胞类型、筛选不同细胞类型特异表达标记基因及解析植物组织发育过程的连续分化轨迹及其转录调控网络的应用中所取得的进展;最后,总结单细胞转录组测序技术在植物应用中存在的挑战及未来的研究方向。以期为单细胞转录组测序技术在更多植物物种上得以应用提供参考。 张舒婷 张雪莹 朱晨 李卓蕴 傅卓然 张梓浩 赖钟雄 林玉玲关键词:植物组织 细胞异质性 标记基因 龙眼MADS-box基因家族的全基因组鉴定及表达模式 被引量:1 2022年 为了解龙眼MADS-box(DlMADS-box)家族的分子进化特性及其对光质、激素的响应,以及该家族成员在龙眼不同组织部位及体胚发生早期的表达模式,对DlMADS-box家族成员进行全基因组鉴定,采用生物信息学方法对其理化性质、进化树、基因结构、保守基序、启动子顺式作用元件、蛋白互作网络进行分析及预测,并分析其在龙眼体胚发生早期、不同组织部位、光照及激素处理下的FPKM值.共鉴定出91个DlMADS-box成员,分为type-Ⅰ型(62个)和type-Ⅱ型(29个).大部分DlMADS-box为不稳定亲水性蛋白;type-Ⅰ型大部分成员含1个或不含内含子,type-Ⅱ型大部分成员含7个内含子;DlMADS-box所有成员均含有MADS-box结构域(motif1),大部分type-Ⅱ型蛋白含有K-box结构域(motif10).DlMADS-box启动子区含有光、植物激素和生长发育等顺式作用元件,且发现DlMADS-box蛋白可与该家族成员或其他家族成员之间发生互作.利用转录组数据对DlMADS-boxs成员的表达模式分析显示,大部分DlMADS-box在非胚性愈伤组织阶段中高水平表达;与黑暗条件相比,白光和蓝光处理显著诱导DlMADS-box基因的表达;在KT和2,4-D&KT处理下DlMADS-box基因表达水平明显高于在MS和2,4-D处理下的表达水平;DlMADS-box几乎参与龙眼所有组织器官的生长发育.上述结果表明DlMADS-box家族进化具有保守性及物种特异性,可能通过响应光、激素信号调控龙眼体胚发生及器官发育.(图8表1参45) 李晓斐 申序 张舒婷 蒋梦琦 张梓浩 林玉玲 赖钟雄关键词:龙眼 体胚发生 朱顶红转录组De novo数据及功能注释分析 被引量:5 2021年 本研究利用Illumina高通量测序技术对PP333处理的朱顶红进行了RNA-seq测序,共获得26.91 Gb的数据,对其进行过滤去冗余后得到Unigene 106 684个,总长度为92 002 803 bp,平均长度为862 bp,N50为1 494 bp,GC含量为42.47%,Q20均达98%以上,表明测序质量较好。根据七大功能数据库比对结果,分别有53 853 (NR:50.48%)、29 732 (NT:27.87%)、35 889 (SwissProt:33.64%)、42 221 (KOG:39.58%)、40 258(KEGG:37.74%)、12 186 (GO:11.42%)以及42 559 (InterPro:39.89%)个Unigene获得功能注释。根据Nr注释结果,可匹配到物种为油棕、海枣、小果野芭蕉、莲等。在KOG注释中通用功能和预测占比最高。按GO功能分类,可分为生物过程、细胞组成、分子功能三类,52个分支,大量Unigene与代谢过程、细胞过程及单生物过程相关。按照KEGG功能分类,分为6类,21个功能组,大量Unigene与代谢相关,占比60.39%。本研究结果为朱顶红的矮化机理研究及其基因挖掘提供依据。 黄宝华 蔡家珍 张梓浩 林玉玲 赖钟雄关键词:转录组 功能注释 龙眼SPFH家族全基因组鉴定、进化分析与功能预测 2022年 SPFH(stomatin,prohibitin,flotillin and hflk/C)是一种膜微区蛋白,该家族的蛋白均含有一个高度保守的SPFH结构域.在植物中,SPFH家族蛋白可以细分为Slp(stomatin-like protein)、PHB(prohibitin)、Flot(flotillin)、Elp(erlin-like protein)以及HIR(hypersensitive induced reaction)5类.目前关于SPFH在植物中的全基因组鉴定鲜见报道,在拟南芥、水稻等植物中也只是对SPFH的个别亚家族进行研究.为了解膜微区蛋白SPFH在龙眼中的分子特性,基于龙眼基因组数据库,对龙眼SPFH(DlSPFH)进行家族成员鉴定、进化分析,并结合龙眼转录组数据库对DlSPFHs在早期体胚发生过程中的表达模式进行分析.结果显示,DlSPFH家族共有14个成员,包含DlSlp(1个)、DlElp(1个)、DlFlots(2个)、DlPHBs(2个)以及DlHIRs(8个)5个亚家族;家族成员的氨基酸数目、分子量、等电点分别介于193-2 570aa、21.49×10;-282.11×10;、5.38-9.42之间;定位于8条染色体上. DlSPFHs家族间存在2对串联重复基因以及3对片段重复基因.此外,DlSPFHs还与拟南芥、甜橙、水稻SPFH家族成员分别存在17、14、2对共线性成员.基因结构与保守基序分析结果显示,DlSPFH各成员间基因结构存在较大的差异;基序以motif 1最为保守.蛋白互作结果显示,DlSPFHs不仅家族成员之间存在互作关系,还能够与多种蛋白发生互作.DlSPFHs在启动子区域存在较多激素响应元件,并且可能受到11种miRNA的精确调控.在龙眼体胚发生早期阶段DlHIR1、DlHIR2、DlHIR3、DlPHB1、DlHIR8相较其他成员在体胚发生早期各个阶段呈现出较高的表达量FPKM值.本研究表明龙眼DlSPFHs的基因重复事件主要以片段重复为主,并且可能参与龙眼的抗病、激素响应以及体胚发生过程,展现功能多样性.(图7表3参39) 张春渝 张梓浩 陈裕坤 林玉玲 陈振光 王晶 王晶关键词:龙眼 龙眼SnRKs家族全基因组鉴定、进化特性及其在龙眼体胚发生早期的表达模式 2022年 植物蔗糖非发酵-1相关蛋白激酶(sucrose non-fermenting-1-related protein kinase,SnRK)在细胞代谢及响应渗透胁迫过程中起着关键作用.基于第三代基因组对龙眼SnRKs(DlSnRKs)家族进行全基因组鉴定及命名,对成员理化性质、亚细胞定位、系统发育进化树、蛋白互作、染色体定位、保守基序与基因结构、全基因组共线性及启动子顺式作用元件进行预测分析,并结合转录组数据分析DlSnRKs在龙眼体胚发育3个阶段[胚性愈伤组织(EC)、不完全胚性紧实结构(ICpEC)、球形胚(GE)]的表达模式.结果显示,DlSnRKs家族共28个成员.系统发育进化树分析发现DlSnRKs家族成员分布于3个亚组中.染色体定位分析发现28个成员定位在10条染色体中.蛋白互作预测分析发现DlSnRKs家族存在复杂的蛋白互作关系.蛋白保守基序分析发现各亚组成员motif分布相似性与保守性并存.对DlSnRKs家族成员的基因结构进行分析,发现其内含子数目在0-14之间.启动子顺式作用元件分析发现各成员启动子区包含光、激素、生长发育及胁迫等响应元件.全基因组共线性分析发现有8个DlSnRKs成员在拟南芥和水稻中均发现共线基因.对DlSnRKs在EC-ICpEC-GE阶段的表达模式进行分析,发现有11个成员呈持续上调表达,3个成员呈持续下调表达,并且DlSnRK1.2在EC-ICpEC阶段以及DlSnRK2.5和DlSnRK3.9在ICpEC-GE阶段出现显著差异表达.本研究表明通过预测分析发现DlSnRKs家族在进化过程中较保守,其家族成员可能参与调控龙眼体胚发育过程,结果可为SnRK家族基因的深入研究和功能表征奠定基础.(图7表2参52) 刘蒲东 张舒婷 申序 苏炳茜 张梓浩 陈裕坤 林玉玲 陈振光 赖钟雄关键词:龙眼 龙眼miR397家族成员分子特性及其在体胚发生早期的表达分析 被引量:3 2019年 【目的】探讨龙眼miR397家族成员的分子特性及其在龙眼体胚发生早期的表达模式。【方法】以‘红核子’龙眼胚性愈伤组织为材料,通过对龙眼miR397前体序列二级结构分析、进化树构建、靶基因预测与裂解位点验证、以及龙眼miR397a在龙眼体胚发育早期和不同激素浓度处理下的表达规律进行分析。【结果】龙眼miR397前体序列5端臂上可生成两个序列高度重合的成熟体序列dlo-miR397a和dlo-miR397,二者仅有5端两个碱基TC之间的差异,前体能形成稳定的茎环结构;进化树分析发现龙眼miR397前体与桃、可可、脐橙等亲缘关系较近,处于同一分支,龙眼miR397与拟南芥、甜橙、葡萄等亲缘关系较近,处于较为保守的同一分支,miR397家族成员较前体序列在进化上更为保守。靶基因预测表明龙眼miR397家族主要靶向调控漆酶基因家族和一条姐妹染色单体粘连蛋白(dlo_039206.1)。裂解位点验证发现靶基因姐妹染色单体粘连蛋白的裂解位点,但位于预测区间外。miR397a在体胚发生过程中对于靶基因姐妹染色单体粘连蛋白的调控模式在0~3 d较为一致,均为下调表达,6~12 d为显著上调表达,且二者呈典型的负调控关系。龙眼miR397a在不同浓度2,4-D与GA3激素处理下均出现下调表达趋势,而靶基因姐妹染色单体粘连蛋白则在激素处理下的表达趋势并不明显,可能由于靶向裂解位点在预测区外所致。【结论】龙眼miR397a可能在龙眼体胚发生早期的6~12 d,通过靶向调控姐妹染色单体粘连蛋白影响龙眼体胚发生早期形态建成。龙眼miR397家族在进化上较为保守,其靶基因主要靶向调控龙眼漆酶家族和姐妹染色单体粘连蛋白。龙眼miR397a在不同浓度2,4-D与GA3激素处理下均出现下调表达趋势,表明其在龙眼体胚发生早期可能通过激素信号传导参与龙眼体胚发生早期形态建成。 徐小萍 廖琪 陈旭 陈晓慧 林玉玲 赖钟雄关键词:龙眼 体细胞胚胎发生 靶基因 龙眼miR167家族分子特性及其潜在靶标在体胚发生早期的表达模式 被引量:1 2021年 为了解miR167家族成员的分子特性及其可能互作的靶标在龙眼体胚发生早期的调控机制,采用生物信息学分析方法进行龙眼miR167基因家族序列分析、二级结构预测、分子进化树分析、靶基因预测及其靶标特异表达的FPKM值分析,并采用实时荧光定量PCR技术(quantitave real-time PCR,qPCR)检测miR167家族在体胚发生早期的转录水平.结果显示,龙眼miR167前体序列存在一个长为20 nt的重叠区域,miR167b的中间序列区域和3’端与此区域存在多个碱基差异;龙眼miR167前体成员均能形成茎环结构,且最小折叠自由能介于-79.95--46.90 Kal/mol之间;分子进化树显示龙眼miR167前体成员分别与番木瓜(Carica papaya)、番茄(Solanum lycopersicum)、高粱(Sorghum bicolor)和大豆(Glycine max)亲缘关系最近,miR167a、c、d、f在成熟体进化树中聚于同一支,靶标预测结果显示它们可能调控6个相同的靶基因,即E3泛素连接酶BIG BROTHER(BB)、AIRP2,MYB转录因子和生长素应答因子(ARF6、ARF8、ARF6-3),miR167b则单独分布于另一支中,并可能调控2个特异靶标,即赖氨酸特异性组蛋白去甲基化酶1(LSD1)和细胞周期素(cyclin-C1-2-like);qPCR结果显示dlo-miR167a、c、d的表达均呈上调趋势,dlo-miR167d、f在3个阶段的表达水平较低;FPKM值显示ARF6/8、BB在体胚发生早期的表达模式与dlo-miR167a、c、d趋于一致,与AIRP2呈负相关.本研究表明在体胚发生早期ARF6/8和BB可能不受龙眼miR167的靶向调控,miR167可能通过靶向AIRP2参与早期体胚发生的形态建成,提示龙眼miR167基因功能的协同性和独立性并存.(图9表3参54) 王静宇 申序 陈晓慧 徐小萍 张舒婷 苏立遥 林玉玲 赖钟雄关键词:龙眼 靶基因 4个品种长寿花试管苗的增殖与生根培养 被引量:10 2007年 以4个不同花色长寿花品种的无菌芽苗为材料,比较其试管苗增殖和生根的品种差异。结果表明:在芽苗增殖率、玻璃化程度以及生根率方面,品种之间存在着不同程度的差异。丛生芽诱导的最佳培养基分别是:白花品种,MS+NAA0.25mg/L+BA1.5mg/L;黄花和红带黄品种,MS+NAA0.25mg/L+BA0.5mg/L;红花品种,MS+NAA0.25mg/L+BA1.0mg/L。黄花品种和白花品种的玻璃化程度明显高于红花品种和红带黄花品种。在1/2MS+IBA0.1mg/L培养基中获得了较高的生根率,但不同品种间其生根率和生根数有所不同。 林玉玲 赖钟雄 林菁 林秀莲 黄双龙 陈义挺 柯存祥关键词:长寿花 增殖