扈国栋
- 作品数：9 被引量：21H指数：3
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- 相关领域：理学医药卫生生物学更多>>
- 分子动力学模拟和自由能计算研究孕酮和孕酮受体蛋白的结合模式(英文)被引量：7
- 2010年
- 孕酮在确立和维持妊娠中起到了关键的作用.为了研究孕酮和孕酮受体蛋白的结合模式,进行了3.5纳秒的分子动力学模拟,用MM-PBSA\GBSA方法计算了结合自由能.自由能分解和丙氨酸扫描两种方法说明,残基Leu718,Met756,Met759,Phe778和Tyr890对于结合抑制剂作用明显,这些残基的主要作用能是范德瓦尔斯作用能.这一研究结果可以指导孕酮受体蛋白抑制剂的优化.
- 扈国栋张少龙刘新国张庆刚
- 关键词：孕酮受体分子动力学
- 分子动力学研究V82A和L90M变异对HIV PR-IDV复合物的影响被引量：2
- 2010年
- 为了说明V82A和L90M变异对蛋白酶(PR)和茚地那韦(IDV)复合物的影响,进行了5.5ns的MD模拟.用MM-PBSA方法计算了体系的结合自由能,计算和实验结果一致.分解自由能为不同能量项说明,这两个变异引起熵的贡献变化大于焓的贡献变化.分解自由能到每个残基说明Wild,V82A和L90M具有相似的结合模式,结合能的贡献主要来源于A28/A28',I50/I50'和I84/I84'这六个残基组,详细分析了Wild和IDV的结合模式,对比分析了V82A和L90M变异引起结合模式的细小变化.V82A变异引起结合模式的变化是由于变异后位阻减小导致的.L90M变异引起D25和L90间的作用增强并引起结合模式的细小变化.研究结果有助于更好地理解变异对抑制剂和HIV-1PR结合模式的影响,并可以用来帮助设计更高效的PR抑制剂.
- 扈国栋陈建中时术华伊长虹张少龙张庆刚
- 关键词：分子动力学模拟
- 分子动力学模拟研究质子化态在HIV-1 Protease-Indinavir复合物中的作用被引量：3
- 2009年
- I型人体免疫缺陷病毒(HIV-1)蛋白酶中Asp25/Asp25'的质子化对于理论研究HIV-1蛋白酶和抑制剂的作用机制以及氨基酸变异对抗药性的影响有重要意义.分别对Protease-Indinavir(PR-IDV)复合物的六种可能的质子化态进行了5ns的分子动力学模拟,分析了不同状态对动力学特征和结构的影响,用molecular mechanics/Possion-Boltzman surfacearea(MM-PBSA)方法计算了PR和IDV在各种状态下的结合自由能.计算结果说明A链Asp25的OD2的质子化是最为可能的状态.对PR-IDV复合物中起到媒介作用的水分子与PR-IDV复合物形成的氢键进行了分析,分析结果说明不同的质子化态对水分子在PR-IDV复合物中所起的媒介作用没有影响,这一结果与我们先前对PR-BEA369复合物的研究不同.我们的研究结果为更高效的PR抑制剂的设计以及PR氨基酸变异对药物抗药性的研究提供了理论上的指导.
- 时术华扈国栋陈建中张少龙张庆刚
- 关键词：分子动力学MM-PBSA
- 副本交换分子动力学模拟方法计算Trp-cage熔解温度
- 2009年
- 副本交换分子动力学模拟方法用来计算Trp-cage小蛋白的熔解温度.此模拟采用的是AMBER03的分子力场,但是它的电荷用最近发展的极化的蛋白质专一性电荷来代替.隐式溶剂模型用来模拟溶剂影响,温度变化范围从247.7 K到645.6 K.计算的熔解温度是312 K,这一结果和实验值吻合的很好(315 K).
- 段莉莉扈国栋张庆刚
- 关键词：TRP-CAGE
- O（^3P）＋HCl→OH＋Cl反应的矢量性质研究
- 2010年
- 采用准经典（quasi—classical trajectory）方法；对反应O（^3P）＋HCl→OH＋Cl在^3A″和^3A′两个电子态势能面上的矢量相关性质进行了研究．结果表明，产物OH的转动角动量极化分布强烈的依赖势能面的过滤态性质．
- 朱通扈国栋张庆刚
- 关键词：矢量相关准经典轨线方法势能面
- 几个生物体系的分子动力学模拟和自由能计算研究
- 本论文应用分子动力学模拟和自由能分析的方法分别研究了FKBP12蛋白和一组抑制剂，MDM2蛋白和一组抑制剂，scFv和两个抑制剂，HIV-1病毒的蛋白酶和IDV以及GRL-98065两个抑制剂的结合模式，并分析了几个残基...
- 扈国栋
- 关键词：生物体系分子动力学模拟自由能神经保护
- Cl+CH_4反应的含时量子动力学研究
- 2009年
- 基于新的势能面,运用半刚性振动转子靶(SVRT)模型和含时波包法对Cl+CH_4→HCl+CH_3反应体系进行了计算,给出了反应过程中体系的振动、转动及空间立体效应对该反应的反应几率和反应阈能的影响,并计算了基态的总散射截面和热速率常数.
- 孙善书刘新国徐博许文武扈国栋张庆刚
- 关键词：SVRT模型
- FKBP12与其抑制剂作用的结合自由能计算被引量：2
- 2008年
- FKBP12(FK506-binding proteins-12)是一种具有神经保护和促神经再生作用的蛋白.文中采用分子动力学模拟取样,运用MM-PBSA方法计算了FKBP12-TST复合物的绝对结合自由能.通过能量分解的方法考察了FKBP12分子主要残基与配体TST之间的相互作用.
- 扈国栋张少龙张庆刚刘新国刘宝山孙善书
- 关键词：分子动力学MM-PBSA抑制剂
- FKBP12蛋白与其抑制剂结合的分子动力学模拟和结合自由能计算被引量：10
- 2009年
- FKBP12(FK506-bindingprotein-12)是一种具有神经保护和促神经再生作用的蛋白.采用分子动力学模拟取样,运用MM-GBSA方法计算了FKBP12和3个抑制剂(GPI-1046,308和107)的绝对结合自由能,GPI-1046的结合能最小,308小于107的结合能.通过能量分解的方法考察了FKBP12蛋白的主要残基与抑制剂之间的相互作用和识别,计算结果表明:3个抑制剂具有相似的结合模式,Ile56和Tyr82主要表现为氢键作用,Tyr26,Phe46,Val55,Ile56,Trp59,Tyr82,Tyr87和Phe99形成疏水作用区.计算结果和实验结果吻合.
- 扈国栋张少龙张庆刚
- 关键词：分子动力学抑制剂
