张庆刚
- 作品数：105 被引量：137H指数：7
- 供职机构：山东师范大学物理与电子科学学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金山东省自然科学基金教育部科学技术研究重点项目更多>>
- 相关领域：理学生物学机械工程医药卫生更多>>
- 原子—分子散射的GES理论与GAN理论
- 1993年
- 本文通过对原子—分子散射的全Green算子的恰当数学处理,推导出了GES和GAN理论的跃迁矩阵元表达式,并对其物理意义加以说明,最后列出了用GES理论对He—H_2体系计算结果。
- 张庆刚林圣路张怿慈任廷琦
- 关键词：分子原子散射
- 两种雌激素受体与抑制剂作用的机制
- 2011年
- 对雌激素受体ERα和ERβ与抑制剂244结合的体系进行了12 ns的分子动力学模拟,用MM-PBSA方法计算了体系的结合自由能,抑制剂与ERα的结合自由能是-30.11 kJ/mol,与ERβ的是-33.32 kJ/mo。lERα中Met421侧链原子与抑制剂间的静电排斥作用使活性口袋周围的残基构象发生变化,导致活性区域中结合空穴变大,从而使ERα与抑制剂的亲和性降低。自由能分解计算进一步说明了各个残基对自由能的贡献。
- 李龙飞孙德福张少龙张庆刚
- 抑制剂对溴结构域蛋白4的两个溴结构域选择机制的多副本分子动力学模拟和自由能分析
- 2023年
- 溴结构域蛋白4在细胞周期调节中至关重要,已成为治疗各种癌症的潜在靶标、溴结构域蛋白4包含两个溴结构域,即BD1和BD2.研究表明,选择性地抑制BD1或BD2可能提供更有效的治疗方案.因此,了解抑制剂对BD1和BD2结合的选择性机制对于开发BD1和BD2的高选择性抑制剂至关重要.本文利用多副本分子动力学模拟研究了抑制剂SG3-179、GSK778和GSK620对BD1和BD2的结合选择性.结果显示,BD1比BD2具有更强的结构灵活性,而且BD1和BD2表现出不同的内部动力学.对自由能景观的分析表明,BD1和BD2的构象分布存在明显的差异.结合自由能预测表明,熵变、静电相互作用和范德华相互作用是SG3-179、GSK778和GSK620对BD1和BD2选择性结合的关键因素.单个残基能量贡献的计算表明,(BD1,BD2)中的残基(W81,W374)、(P82,P375)、(Q85,K378)、(V87,V380)、(L92,L385)、(N93,G386)、(L94,L387)、(C136,C429)、(N140,N433)、(K141,P434)、(D144,H437)和(I146,V439)在SG3-179、GSK778和GSK620与BD1和BD2的结合中产生明显的能量差异,它们可以作为开发针对BD1或BD2的高选择性抑制剂的有效靶点.相关信息可为提高抑制剂对BD1和BD2的选择性提供重要的理论指导.
- 李梦刘新国张少龙孙嘉豪张庆刚陈建中
- N_2－O碰撞体系转动激发的IOS方法研究
- 1994年
- 氧和氮是大气的主要成份，研究它们的活动规律具有十分重要的意义本文利用ＩＯＳ方法计算了０．０５ｅｖ－０．２５ｅｖ的能量范围内，基态Ｎ＿２被氧原子碰撞而导致的转动激发，许给出了其微分和积分散射截面．
- 张庆刚冯存峰张怿慈林圣路
- 关键词：氮分子氧原子碰撞散射截面
- F+H<,2>反应散射的含时量子动力学研究
- 在该文中，研究人员应用量子含时波包法，在T5A势能面上，对全三维F+H<,2>(J=0)体系的总反应几率进行了比较精确的计算。计算结果与以往的用不含时方法所得的结果符合得很好，这进一步证明了含量波包法适用的有效性和广泛性...
- 张海燕张经峰张庆刚张怿慈
- 关键词：含时波包法势能面
- 文献传递
- HIV-1蛋白酶与抑制剂结合中桥接水分子作用的QM/MM研究被引量：4
- 2010年
- 对HIV-1蛋白酶与抑制剂2AH和4AH结合的两个复合物体系进行了水溶液环境下量子力学分子力学混合方法(hybrid QM/MM)的1ns分子动力学模拟,用MM-GBSA方法得到桥接水分子W301与HIV-1蛋白酶和抑制剂结合体的结合自由能分别为-24.93 kJ/mol和-20.29 kJ/mol,表明W301在抑制剂和HIV-1蛋白酶结合的过程中起到了不能被忽略的作用。
- 张玉新张少龙张庆刚
- 关键词：HYBRIDAM1方法MM-GBSA
- 分子动力学研究2-乙酸苯并噻吩在HIV-1蛋白酶与抑制剂结合中的作用被引量：2
- 2013年
- 为了研究别构小分子2-乙酸苯并噻吩(2FX)在HIV-1蛋白酶与抑制剂结合中的作用,利用分子动力学方法分别对未结合和结合2FX的HIV-1蛋白酶抑制剂体系进行了100 ns的模拟,模拟计算中对每种体系均采用两种新的分子力场ff99SBildn和ff12SB.研究了2FX对体系构象的影响和两体系在不同力场下的动力学行为,分析了两体系的均方根偏差和残基的B因子,比较了计算结构和晶体结构,最后采用MM-PB/GBSA两种方法计算了两体系的结合自由能.研究表明,两种力场计算的结果虽有差异,但都说明2FX的结合导致蛋白酶构象的变化,使得体系更加稳定,尤其是flap的柔性减弱,使得蛋白酶和抑制剂的结合更牢固;另外,还发现ff12SB力场动力学过程更稳定.研究结果有助于为设计新的别构抑制剂提供理论依据.
- 孟现美王加磊张少龙张庆刚
- 关键词：抑制剂分子动力学模拟
- 多原子分子在金属表面解离吸附的量子动力学研究
- 2002年
- 利用SVRT模型计算CD4在Ni(1 0 0 )表面的解离几率随动能的变化关系 ,给出对应初始状态 (v=1 ,2 ,3 ,j=1 )和(v=2 ,j=1 ,3 ,5 )时的计算结果 ,画出了解离关系曲线 .
- 刘新国白丽华张庆刚
- 关键词：含时波包
- 溅射Ga_2O_3反应自组装和脉冲激光沉积(PLD)法制备GaN薄膜被引量：1
- 2007年
- 用溅射Ga2O3反应自组装和脉冲激光沉积(PLD)法分别在硅和蓝宝石衬底上制备CaN薄膜,用X射线衍射图谱(XRD)和原子力显微镜(AFM)对GaN薄膜的结构和形貌进行分析,结果表明,采用两种方法在两种衬底上均可制备出结晶较好的CaN薄膜,但硅衬底上制备的GaN薄膜的晶粒明显大于在蓝宝石衬底上制备的GaN薄膜的晶粒,进一步表明硅基溅射Ga2O3反应自组装GaN薄膜晶化程度较高.
- 伊长虹孙振翠刘玫张庆刚满宝元薛成山
- Isotopic effect on stereodynamics of the reactions of H+HeH+/H+HeD+/H+HeT+
- 典型的离子-分子反应,He + H2+ →HeH+ + H 及其同位素反应在天体物理、等离子体物理和高能物理中有着极其重要的应用.近几十年来,该反应一直是理论与实验研究的热点问题.但是其关于其逆反应HeH+ + H →H...
- 梁景娟刘新国许文武孔浩张庆刚
