张勇
- 作品数：2 被引量：19H指数：2
- 供职机构：四川农业大学农学院植物遗传和育种省级重点实验室更多>>
- 发文基金：中国博士后科学基金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学更多>>
- 黑麦基因组DNA甲基化修饰位点的MSAP分析被引量：16
- 2009年
- 为了获得黑麦基因组DNA甲基化修饰水平、模式及位点等表观遗传信息,采用EcoRⅠ和HpaⅡ/MspⅠ双酶切建立适合于黑麦基因组的"甲基化敏感扩增多态性"(Methylation sensitive amplification polymor-phism,MSAP)分析体系,在全基因组水平检测黑麦DNA甲基化修饰位点。以12对MSAP引物进行选择性扩增,共检测到甲基化修饰位点226个,"CCGG/GGCC"位点甲基化修饰比例为51.72%。对部分黑麦基因组甲基化修饰位点进行回收,最终分离了22条存在甲基化修饰的基因组DNA序列。BLAST比对分析结果表明,黑麦基因组中包括转座子序列、散在重复序列以及单拷贝蛋白质编码序列在内的多种类型DNA序列中均存在DNA甲基化修饰现象。同时发现,在甲基化检出序列中都存在明显的"CpG"二核苷酸成簇富集现象,这些区域分布与MSAP分析结果相一致。在此基础上,对应用MSAP技术分离黑麦基因组DNA甲基化修饰位点的有效性以及黑麦基因组序列中DNA甲基化修饰潜在位点分布特征和生物意义进行了讨论。
- 张勇张勇邓科君张韬彭金华周建平
- 关键词：黑麦表观遗传DNA甲基化MSAP
- 水稻基因组MSAP指纹图谱构建及DNA甲基化修饰位点分离与鉴定被引量：3
- 2009年
- 采用EcoR Ⅰ和HpaⅡ/Msp Ⅰ双酶切建立了适合于水稻基因组的甲基化敏感扩增多态性(MSAP)分析体系,在全基因组水平检测了水稻DNA甲基化修饰位点。以12对MSAP引物进行选择性扩增,共检测到甲基化修饰位点120个,'CCGG/GGCC'位点甲基化修饰比例为20.17%。对部分水稻基因组甲基化修饰位点进行回收,最终分离了55条存在甲基化位点变异的DNA序列,通过BLAST比对分析将其联配到水稻基因组序列上。分析表明,这些甲基化修饰位点主要集中于基因启动子区(47%)和第一外显子区(22%),在其侧翼序列中存在类似'CpG island'典型序列特征的'CpG'二核苷酸成簇富集区。在此基础上,对应用MSAP技术分离水稻基因组DNA甲基化修饰位点的有效性以及水稻基因组序列中'CpG island'类似序列分布特征和生物意义进行了讨论。
- 张勇张勇邓科君张韬杨足君彭金华周建平
- 关键词：水稻DNA甲基化CPG岛
