赵静
- 作品数：4 被引量：28H指数：2
- 供职机构：上海生物信息技术研究中心更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划国家科技攻关计划更多>>
- 相关领域：生物学自动化与计算机技术更多>>
- 一种快速可变剪接模式搜索算法的研究
- 2006年
- 提出了一种快速可变剪接模式搜索算法--ASDT.该算法通过计算cDNA与基因序列的联配结构来寻找基因的可变剪接模式.ASDT计算中引入已知剪接信息,并采用增强后缀数组、块联配延伸和K最大参考路径等技术和方法来提高计算速度.与国外的BLAT软件的比较结果显示,在达到相同计算精度的前提下,ASDT的搜索速度是BLAT的2到16倍.根据ASDT算法开发的工具可以在以下网址获得： http：//www.scbit.org/ASDT/.
- 张欣赵静王庆康曹志伟
- 关键词：可变剪接EST
- 代谢网络的蝴蝶结结构特征及其功能意义被引量：5
- 2007年
- 研究全基因组代谢网络的结构拓扑对于了解结构与功能间的联系是必不可少的.而可视化有助于获取网络组织结构的直观信息.从网络拓扑的角度考察了75个物种的全基因组代谢网络.提出了一个展开蝴蝶结模型,实现了对代谢网络的蝴蝶结结构的清晰的可视化.展开蝴蝶结所揭示的代谢网络的结构特征,有助于我们设计高效的且更能反应代谢网络自身特点的网络算法.同时,这个粗粒化的网络模型还可实现对网络中脆弱连接的可视化,因此对于疾病研究和药靶发现都有潜在意义.通过对蝴蝶结中心部分的双向连接及主核的研究表明,代谢网络的蝴蝶结结构有其内在的、有意义的拓扑特征,而这些特征是随机网络所不具备的.
- 赵静陶林俞鸿骆建华曹志伟李亦学
- 关键词：生物信息学代谢网络随机网络
- 中药药效物质机理的生物信息分析平台及其分析方法
- 本发明提供了一种中药药效物质机理的生物信息分析平台及其分析方法，包括中药活性成分及含量数据库模块，INVDOCK软件包模块和网络数据库模块，网络数据库模块包括人类蛋白相互作用数据库、代谢数据库、和信号转导数据库、治疗性药...
- 李亦学曹志伟陈宇综陶林吴迪赵静
- 文献传递
- 应用复杂网络理论研究代谢网络的进展被引量：23
- 2006年
- 后基因组生物信息学研究的一个重要任务是系统地研究活细胞内所有分子和它们之间的相互作用,从而了解这些分子及它们之间的相互作用对整个生物体功能的影响．而网络则是对各种相互作用关系的恰当的抽象描述．近年来,复杂网络理论在揭示各种复杂的技术网络和社会网络的形成和演化机制方面取得了一些重要成果,其方法和结果已对生物学研究产生影响．本文评述了基于基因组的大规模代谢网络重建和分析的进展,论述了利用复杂网络理论分析代谢网络结构的主要方法和结果．
- 赵静俞鸿骆建华曹志伟李亦学
- 关键词：生物信息学系统生物学代谢网络网络结构
