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曹志伟: 作品数：42 被引量：136H指数：6; 供职机构：同济大学更多>>; 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划教育部“新世纪优秀人才支持计划”更多>>; 相关领域：医药卫生生物学文化科学农业科学更多>>

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基于配体、受体和复合物指纹的虚拟筛选方法比较被引量：3: 2011年; 近年来,作为基于配体和基于受体两种方法的补充,以复合物指纹为基础的药物筛选方法相关研究正受到广泛的重视.那么这种新兴的方法相对于传统方法在筛选结果准确率上是否具有优势?同时,由于复合物指纹可以通过复合物结构测定和将相应蛋白和配体进行分子对接两种方式获得,那么基于这两种方式获得的复合物指纹所得的筛选结果准确率是否有显著性差异呢?通过对一系列HIV-1蛋白酶复合物晶体结构同时进行基于配体的相似性搜索、分子对接传统的能量打分、基于复合物晶体结构的复合物指纹的相似性搜索和基于分子对接所得复合物结构的复合物指纹的相似性搜索的筛选比较,结果表明:(1)如果三种方法都是直接基于实验结构,那么复合物指纹和分子对接两种方法都因为是兼顾了受体和配体两个方面,准确率都要高于仅仅基于配体的方法;(2)实际运用中,通过实验测定所有复合物结构并不可行,因此需要进行分子对接才能大量的获得复合物结构并进一步生成相应的复合物指纹,令人兴奋的是,基于此种方式获得的复合物指纹与直接基于实验复合物结构获得的复合物指纹在筛选结果上并无显著性差异,从而可以作为实验复合物指纹筛选方法的有效补充.; 黄琦康宏张端峰盛振刘琦朱瑞新曹志伟; 关键词：药物筛选

基于实验数据集对常用蛋白抗原空间表位预测工具的测评被引量：2: 2010年; 抗体分子对蛋白抗原的结合主要通过表位区域进行,而表位区域的氨基酸残基通常形成不连续的、构象的或者空间的表位区域,而不是抗原表面上的线性连续片段.已有许多算法可以用来预测构象表位,并且基于各自的测试集,各种工具对空间表位的预测都声称取得了杰出的效果.本文收集了由实验方法确定的空间表位数据并建立了一套独立的测试集.基于这套测试集,采用灵敏度、真阳性预测率、成功挑选率和接受者操作特性曲线下面积(AUC)等参数对常用蛋白抗原空间表位预测工具进行了评估,工具包括SEPPA,CEP,DiscoTope,ElliPro,PEPOP和BEpro等.测试集评估结果表明,6种蛋白抗原空间表位预测工具预测性能仍有待提高.其中,SEPPA预测性能相对较好,然而计算得到的灵敏度、真阳性预测率、成功挑选率和平均AUC值也并不理想.评估结果还表明,预测工具采用的空间表位训练和测试数据集以及预测算法对预测结果的准确性有较大影响.以上分析结果为改进B细胞蛋白抗原空间表位预测方法和为免疫原性多肽和新型疫苗分子的设计提供新的启示.; 徐小莲孙静刘琦王晓婧徐天磊朱瑞新吴迪曹志伟; 关键词：表位预测

一种根据抗体物种分类预测蛋白质抗原空间表位的方法: 本发明涉及一种根据抗体物种分类预测蛋白质抗原空间表位的方法，包括：(1)数据收集：按照抗体物种来源信息(如，鼠源，人源等)分类收集抗原-抗体结构数据，得到分类数据集；收集蛋白相互作用结合位点的描述性特征；(2)模型建立：...; 曹志伟孙静; 文献传递

一种基于生物过程预测药物新疗效的方法及应用: 本发明涉及一种基于生物过程预测药物新疗效的方法，以疾病为导向，基于生物过程谱的药物-疾病关联性来预测药物的潜在的新治疗功能，包括以下步骤：(1)构建疾病生物过程谱以及药物生物过程谱；(2)在生物过程谱层面上计算药物-疾病...; 曹志伟叶浩唐凯临李亦学

基于pathway谱对药物重定位的探讨被引量：6: 2012年; 新药开发一直面临着高投入低产出的困境.药物重定位(drug repositioning)是解决这一问题的有效方法,因而成为现今药物研究的热点之一.目前流行的方法主要是基于药物小分子的相似性或关联性(化学结构、副作用、表达谱和小分子-蛋白作用关系等),预测药物的新功能.由于仅仅依赖药物-药物之间的关系,这些新功能限制在现有药物的功能空间之内.本研究中提出一种以疾病为导向,基于pathway谱的药物-疾病关联性评估方法来预测药物的新功能.考虑到药物在临床应用中除了作用于预先设定的主要治疗靶点以外,还能作用于其他一些额外的靶点,而这往往是产生副作用或是新的治疗功能的原因.该方法充分利用药物的已有靶点信息,认为药物通过作用于多条疾病相关蛋白影响的pathway,达到调节疾病的病理过程的目的.以2010年全球最热销的8个药做测试,美国食品药品监督管理局(Food and Drug Administration,FDA)批准的主治功能排在前10的位置,超过60%的预测功能可以得到文献的直接支持.它可以作为以往方法的有效补充,为药物的重定位以及毒副作用评估提供一种新的视角.; 叶浩杨琳琳曹志伟唐凯临李亦学; 关键词：药理功能

基于靶基因比较microRNAs与HBV蛋白的作用模式被引量：1: 2012年; 乙型肝炎病毒(hepatitis Bvirus,HBV)感染是当前严重威胁人类健康的病毒性疾病之一.近年来许多研究证实microRNA(miRNA)可以介导宿主与病毒之间的相互作用,阐明miRNA在HBV感染中的作用有助于新型治疗策略的提出.然而,miRNA的多靶点特性限制了其功能研究.为了研究miRNA对HBV的调节机制,本文在靶基因水平上比较了HBV相关miRNA和HBV蛋白的功能谱、采用半定量手段进行分析并从网络层面挖掘其潜在作用模式.结果表明,在靶基因上,miRNA功能较为集中,HBV蛋白的作用效应可能更为广泛;在网络拓扑结构上,miRNA主要通过直接作用于HBV蛋白的靶基因及其邻居节点达到其调节作用;在生理效应上,miRNA在凋亡、细胞周期以及体液免疫的调节上呈现出拮抗HBV蛋白效应的趋势.本研究不仅为miRNA的功能研究提供了一种良好的方法,而且miRNA在HBV感染中的作用模式有助于今后基于miRNA的乙肝治疗方案的提出.; 杨琳琳叶浩唐凯临曹志伟; 关键词：乙肝 MICRORNA 靶基因 GO 网络

猪链球菌全基因组序列比较分析被引量：8: 2006年; 1995年,在四川局部地区爆发的人感染猪链球菌疫情导致200多人感染,30多人死亡.为了研究猪链球菌的致病机理,以达到防止细菌传播和人畜感染的目的,对已测序的猪链球菌(Streptococcussuis)的2个菌株(P1/7,89-1591)进行了全面的功能注释和分析.猪链球菌P1/7的基因组全长为2.007Mb,共有1969个可读框(ORF),而部分测序的猪链球菌89-1591序列包含在177个连接群(contig)中,长为1.98Mb,含有1918个ORF.两菌株基因组比较结果表明,其平均编码区(CDS)的长度非常接近.在所有ORF中,同源ORF数为1306个.两菌株中可能的毒性因子大多数具同源性.但也存在例外,如在P1/7中存在于一个基因岛内,编码与毒性相关的荚膜多糖的11个毒性因子(CPS2A-2K)中,4个基因cps2A,2B,2I,2J未在89-159菌株中发现.同时,P1/7中编码细胞外因子(EF)和溶血素(Haemolysin)的基因也未在89-159菌株中发现.另外,两菌株中与DNA复制、修复及重组相关的基因组成上存在着明显的差异,并且在表面蛋白质组成上也同样存在着一定的差异.这些特性表明两菌株为了适应不同的环境压力而演化出特有的功能单位,暗示着2个菌株在毒性机理上存在着一定的差异.以上分析结果为系统地研究猪链球菌以及防治、疫苗的开发、治疗药物的设计提供了广泛的基因组学信息.; 魏武丁国徽王晓婧孙景春屠康郝沛王川曹志伟石铁流李亦学

文本挖掘技术在整合蛋白与疾病关系资源中的应用被引量：4: 2009年; 为了整合文献中大量的人类蛋白质与疾病相互关系的信息,通过文本挖掘和通路分析的方法从PubMed中的摘要提取出对应关系后,利用KEGG中的通路信息构建出人类蛋白质和疾病相互的一个网络效应,并构建了查询数据库,用户可以根据蛋白质名称、疾病名称、通路名称来进行多方面的查询。; 徐昊陶林魏武贾佩琳丁祖泉曹志伟; 关键词：文本挖掘疾病网络效应

HPPI-ID,人类蛋白相互作用的整合数据库: 背景人类基因组计划(HGP)完成之后,分子生物学的研究重心渐渐转移到蛋白组学。随着人类蛋白组计划(HPP)的开展,不断有的新的蛋白被发现,而解析蛋白质之间的相互作用对于阐明细胞乃至整个生命活动的分子机制具有举足轻重的意义...; 俞鸿徐昊陈名贾佳李亦学曹志伟; 文献传递

抗体蛋白的分子改造辅助预测方法: 本发明涉及一种抗体蛋白的分子改造辅助预测方法，包括以下步骤：(1)扫描抗体与抗原相互作用界面的氨基酸残基；(2)对抗体与抗原相互作用界面上的氨基酸残基进行微环境判断；(3)确定候选改造位点，进行虚拟突变获得抗原与突变抗体...; 曹志伟吴迪李亦学; 文献传递

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