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竹节参根状茎总RNA提取方法的研究与优化被引量：3: 2015年; 针对竹节参根状茎质地坚硬、植物纤维多,富含多糖、酚类、蛋白质及其他多种次生代谢产物的特点,研究竹节参根状茎总RNA提取方法。分别运用Trizol法、Total RNA Kit植物提取试剂法、CTAB法进行总RNA的提取。借鉴人参根组织RNA的提取经验,根据竹节参的自身特点,有针对性的对CTAB法和Trizol法进行了优化,样品裂解后中加入PVPP(聚乙烯聚吡咯烷酮)和B-巯基乙醇去除酚类,并加入乙酸钠营造出高浓度钠离子环境去除多糖,之后再加入70%高氯酸钠溶液去除蛋白质,并对提取的总RNA进行电泳和OD值检测与分析。优化后的3种方法进行对比发现,对于竹节参总RNA的提取效果有较大差异,其中优化的Trizol法提取的RNA电泳28S、18S条带清晰,比值约为2:1,经紫外光谱分析OD260/OD280比值为1.93,OD260/OD230比值为2.07,获得了纯度高、完整性好的总RNA。进一步以优化的Trizol法提取所得RNA为模版进行反转录,并做RT-PCR,结果表明,RT-PCR的带型特异稳定,优化方法提取的总RNA质量稳定可靠,适用于基因表达等后续分子生物学研究。优化的Trizol法是一种适合于竹节参根状茎总RNA抽提的简单快速有效的方法。; 吴亚运张绍鹏赵小龙宋佳陈平; 关键词：竹节参 RNA提取 RT-PCR 根状茎多酚

珠子参β-香树素合成酶基因的克隆和生物信息学分析被引量：10: 2017年; β-香树素合成酶(beta-amyrin synthaseβAS)是定向分流齐墩果烷型皂苷和达玛烷型皂苷的限速酶,对药用植物三萜皂苷的生物合成具有重要的调控作用。基于珠子参转录组数据中βAS转录本序列设计引物,利用RT-PCR方法从珠子参根状茎中克隆得到βAS基因全长c DNA序列,命名为pjβAS。经测序鉴定该基因长度为2 655 bp,包含一个2 286 bp的完整开放阅读框,编码761个氨基酸,在Gen Bank数据库的登录号为KX254566。生物信息学分析显示,其编码蛋白分子量为87.90 k D,理论等电点(p I)5.84,不含跨膜区,为非分泌蛋白,含有38处磷酸化位点,主要于叶绿体和内质网中发挥生理作用;二级结构预测发现其α-螺旋占39.82%、延伸链16.56%、β-转角10.38%、无规则卷曲33.24%,具有DCTAE、QW(QXXXXXW)和MWCRCY3个氧化鲨烯环化酶(OCS)基因家族特征保守基序;pjβAS蛋白与竹节参(AKN23431.1)序列的一致性为100%,系统进化分析中与竹节参(AKN23431.1)、西洋参(AGG09939.1)、柴胡(ABY90140.2)划为同一分支。通过实时荧光定量PCR分析pjβAS在珠子参不同组织中的相对表达量,发现pjβAS基因在花、叶、茎、根状茎中均有表达,在叶中表达量最高,根状茎中表达量最低。; 吴亚运赵小龙陈平张绍鹏; 关键词：珠子参三萜皂苷基因克隆

茯苓β-tubulin基因实时荧光定量PCR体系的建立和评估被引量：1: 2016年; 旨在以不同生长时期茯苓为材料,β-tubulin基因为内参基因,建立实时荧光定量PCR体系。根据Gen Bank上同为真菌的黄曲霉菌β-tubulin基因保守区域设计内参引物,以茯苓菌丝体、初期菌核和成熟期菌核c DNA为模版,检测内参引物的特异性和稳定性;并对PCR反应体系中的引物浓度和模板浓度进行优化;最后利用茯苓转录组数据中6个显著差异表达基因对优化后的反应体系进行表达分析与验证。结果显示,综合扩增曲线和溶解曲线分析,在茯苓不同生长发育时期,β-tubulin基因表达水平基本恒定;对比内参引物在不同浓度条件下的扩增效率,得到模板和引物的最优浓度分别为80 ng/μL和1μmol/L。在优化后的反应体系中,6个差异表达基因的表达变化趋势与转录组测序结果基本一致,得到的线性相关系数r值均大于0.9,呈显著性正相关。成功地建立了以β-tubulin基因为内参基因的茯苓实时荧光定量PCR体系。; 吴亚运赵小龙胡炳雄陈平张绍鹏; 关键词：茯苓 Β-TUBULIN 实时荧光定量PCR I 转录组

珍稀药用植物珠子参的转录组测序及分析被引量：26: 2015年; 药用植物珠子参的根茎在中国西南区域已有上千年的药用历史,三萜皂苷为珠子参最主要的活性成分。为了探索珠子参根茎中皂苷物质生物合成的分子基础,该文采用Illumina Hi Seq 2000高通量测序获得珠子参根茎的转录组数据;使用Trinity和TGICL软件实现Unigene的de novo拼接;基于BLAST完成Unigene的蛋白功能注释、KOG功能注释、GO分类和KEGG代谢通路分析。最终获得了短读序15.6 Gb,通过de novo拼接注释得到Unigene 62 240个。研究发现,珠子参根茎部表达的19个Unigene与三萜碳环骨架合成相关;69个Unigene与介导三萜碳环骨架的氧化和羟基化等修饰的CYP450相关,18个Unigene与负责三萜碳环骨架的糖基化的糖基化转移酶相关。该研究发现的三萜皂苷合成相关候选基因对于阐明珠子参三萜皂苷合成方式研究提供了重要的基础。; 张绍鹏金健胡炳雄吴亚运闫祺曾万勇郑用琏张西峰陈平; 关键词：珠子参转录组三萜皂苷

基于转录组的竹节参皂苷合成相关基因的克隆与生物信息学分析: 竹节参Panax japonicus C.A.Mey为五加科多年生草本植物,其主要化学成分为三萜皂苷。竹节参作为人参属中的重要药材,在我国民族医药中应用十分广泛。随着生物科学的快速发展,相比于传统化药观点,站在微观分子角...; 吴亚运; 关键词：竹节参基因克隆三萜皂苷; 文献传递

人参属植物鲨烯环氧酶编码基因的生物信息学分析被引量：2: 2016年; 目的对人参属植物的三萜皂苷生物合成途径中的鲨烯环氧酶及其编码基因进行分子层面的分析研究。方法从Genbank中找到目前已公布的所有人参属植物的鲨烯环氧酶基因序列信息,利用生物信息学方法对这些序列进行开放阅读框、编码氨基酸和进化关系树进行了初步的预测和分析。结果不同物种间的鲨烯环氧酶基因在核苷酸和氨基酸平均相似性以及结构分析表明14种鲨烯环氧酶编码基因在人参属植物中是稳定的。对人参属的14种鲨烯环氧酶进行聚类分析发现可以将其分为3类。结论通过生物信息学方法对人参属植物鲨烯环氧酶及其编码基因进行分析,可以为鲨烯环氧酶基因以及三萜皂苷途径的分子生物学研究提供理论上的依据和指导资料。; 金健吴亚运晏旋黄勋张绍鹏; 关键词：人参属理化性质生物信息学分析

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吴亚运