高晓宇
- 作品数：6 被引量：44H指数：4
- 供职机构：西南林业大学更多>>
- 发文基金：引进国际先进农业科技计划云南省科技厅科研基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 苹果NAC转录因子的克隆与全基因组生物信息学分析被引量：4
- 2017年
- 本研究利用RACE技术,从"昭锦"栽培种苹果中克隆得到一个长度为1275bp的cDNA序列,包含一个完整开放阅读框,编码255个氨基酸。与GenBank中MdNAC22基因同源,命名为MdNAC。生物信息学分析表明:非编码区包含1个BOX4、2个CAAT-BOX、4个TATA-BOX、1个CCAAT-BOX、1个Skn-1motif和1个ARE,不具有miR164靶序列。相对分子质量为28.87kD,为碱性亲水性蛋白,具有NAC蛋白典型的结构域,无核定位信号和跨膜结构,蛋白质二级结构主要以β-折叠和β-转角为主,三级结构与OsNAC1蛋白类似,但其结构需要进一步优化。系统发育树分析与植物分类学结论大致相符。MdNAC基因定位于16号染色体上。基因芯片表达谱分析表明MdNAC在高温、高盐、低温、外源ABA下都能被显著诱导。这些为进一步进行其功能分析及转基因研究工作奠定了理论基础。
- 李德龙周军王大玮段安安高晓宇段淋渊
- 关键词：RACENAC染色体定位
- 梨DREB基因家族全基因组鉴定及分析被引量：4
- 2018年
- 本研究为鉴定梨DREB基因,分析其生理特性和结构,并研究DREB蛋白的相互作用以及在不同逆境中的表达差异,通过生物信息学方法,对梨DREB转录因子进行了鉴定与分析。如利用本地BLAST、Pfam等搜索、鉴定DREB蛋白;采用Protparam、Signal P、SPOMA、MEME数据库、DNAMAN、MEGA6.0等对蛋白进行结构特性和进化关系分析;基于String数据库对DREB蛋白进行功能互作分析;并运用拟南芥Illumia RNA-Seq数据进行同源表达分析。从梨全基因组中鉴定了60个DREB基因,通过与拟南芥DREB基因聚类分析,共分为6个亚组（A1-A6）。编码的氨基酸残基数在99-496个之间,平均含有250个氨基酸残基,整体呈弱酸性。系统分析了Pbr DREBs蛋白的保守基序和基因结构,发现这些Pbr DREBs蛋白都含有一个典型的AP2/ERF结构域,这个结构域含有55个左右的氨基酸残基,大部分以YRG保守元件开始,到RAYD保守元件终止。对Pbr DREBs蛋白之间的功能联系网络进行了系统的研究,发现DREB转录因子在梨的生长发育过程及其多种逆境反应的信号转导中发挥着重要作用,且在逆境调控中各亚组成员之间也可能存在交叉作用,其中,A1亚组即CBF转录因子在蛋白质相互调控中起重要作用。并利用同源拟南芥RNASeq数据对Pbr DREBs蛋白进行了低温、干旱等非生物胁迫下的同源分析,表明DREB蛋白在多种胁迫中都起到了重要作用。初步鉴定出的梨60个DREB基因在功能、结构、特性等方面与拟南芥及其它已报道的物种DREB基因相似,并在低温、干旱等逆境中起到重要作用。
- 周凡李丹周军王大玮王大玮邓浪邓浪纪晴
- 关键词：DREB基因生物信息学分析
- 木质化枣吊摘心对冬枣产量及品质的影响被引量：2
- 2016年
- 以中等树势8年生冬枣为试验对象,研究了木质化枣吊摘心对冬枣产量、果实品质的影响。结果表明:木质化枣吊摘心后的冬枣坐果数比不摘心高44.59%,明显提高了产量;摘心后果实纵、横径均有所降低,平均单果重比不摘心的降低了3.7%,但总产量明显提高,果实着色较好,果肉维生素C、总糖、可溶性固形物含量分别提高了7.14%、8.37%和4.29%;而木质化枣吊摘心后的冬枣果实硬度、还原糖含量、总酸含量均降低。因此,可以认为木质化枣吊摘心明显提高了冬枣果实的品质和产量。
- 石倩倩纪晴王大玮王大玮周军段安安高晓宇和润喜
- 关键词：冬枣摘心
- 枣AP2/EREBP转录因子的全基因组鉴定及生物信息学分析被引量：17
- 2018年
- AP2/EREBP类转录因子为植物所特有的一类转录因子,参与了植物的发育和胁迫途径。本研究利用枣的全基因组数据库,通过生物信息学手段鉴定枣的AP2/EREBP家族的全部成员,并分析AP2/EREBP转录因子家族保守域特点与功能及表达情况,为枣的遗传改良抗性育种提供理论依据。利用在线软件EBI、TAIR、Hmmer3.0、SMART、Pfam、MEME、ProtParam、SOPMA、SignalP4.1Sever和String网站,以及ClustalX2、BioEdit、MEGA6.0、MapInspect软件,对枣的AP2/EREBP转录因子家族的类型、结构域、系谱进化、序列元件、蛋白理化性质及二级结构、信号肽分析、基因定位、基因芯片表达和蛋白功能联系预测进行了分析。分析表明,枣全基因组中有127条AP2/EREBP转录因子,根据其结构域划分为4个亚家族：AP2、RAV、DREB及ERF,各家族成员数分别为：17、6、50及54。进行多序列比对和系谱进化分析,发现2个亚家族各分为6个亚族。生物信息学分析表明,AP2/EREBP家族蛋白均为亲水性蛋白、非分泌型蛋白,且该家族蛋白富含酸性氨基酸;基因定位表明,该家族基因在12条染色体上呈不均匀分布,有染色存在串联复制现象;对127个枣AP2/EREBP蛋白之间的功能联系网络进行了系统预测,分析预测了相关基因的功能和多个基因间的联系;基因芯片表达表明,AP2/EREBP转录因子在低温、高温、光照、遮阴、紫外线、UV敏感处理及外源ABA处理条件下均能被诱导表达,且在根、叶、花和果4个器官中均有显著性表达。枣AP2/EREBP基因家族结构高度保守,对外界胁迫有显著性表达,可能在枣的生长发育及其在枣的多种生理反应信号转导中发挥着重要作用,且各家族成员之间在植物生长发育过程和胁迫响应及激素信号转导途径具有交叉作用。
- 纪晴周凡周军王大玮胡孟豪李丹沈兵琪邓浪高晓宇杜宗义
- 关键词：AP2/EREBP转录因子生物信息学分析
- ‘巍山红雪梨’和‘美人酥’叶绿素、花色苷和类黄酮的动态变化分析被引量：7
- 2016年
- 【目的】探究云南红梨果实各部分(果皮、果肉和种子)花色苷、叶绿素和类黄酮的动态变化规律,力求为优质红梨的生产提供理论依据。【方法】以云南境内主栽的‘美人酥’和‘巍山红雪梨’2个品种为试材,取其不同发育期的果实,将其果皮、果肉和种子分离,对花色苷、叶绿素和类黄酮含量进行测定。【结果】‘美人酥’各部位花色苷含量为0.395~0.896 g·L-1;‘巍山红雪梨’各部位花色苷含量为0.047~0.854 g·L-1。‘美人酥’各部位叶绿素含量为0.011~0.132g·L-1;‘巍山红雪梨’各部位叶绿素含量为0.023~0.203 g·L-1。‘美人酥’各部位类黄酮含量为0.689~2.564 g·L-1;‘巍山红雪梨’各部位类黄酮含量为0.182~0.974 g·L-1。红色砂梨各部位类黄酮含量>花色苷含量>叶绿素含量。花色苷在果实成熟过程中各部位含量都呈上升趋势而叶绿素含量呈下降趋势,类黄酮的含量在果皮中先升后降,在果肉中呈降—升—降的趋势。【结论】果实花色苷的变化规律有异于类黄酮和叶绿素,而类黄酮和叶绿素的变化规律相似。
- 高晓宇高晓宇邓浪王大玮王大玮李德龙罗万德周军
- 关键词：云南红梨花色苷叶绿素类黄酮
- 苹果DREB转录因子家族全基因组鉴定与分析被引量：11
- 2017年
- DREB转录因子属于AP2/ERF转录因子家族,能够与DRE/CRT顺式作用元件特异性结合,调控与逆境应答基因的表达,因而在植物应对低温、干旱、高盐等逆境胁迫中发挥重要作用。该研究利用苹果全基因组数据,通过生物信息学手段鉴定苹果DREB转录因子家族成员,并分析DREB转录因子家族保守域特点与功能及表达情况。结果表明:从苹果全基因组中共鉴定出60个DREB转录因子家族成员,与拟南芥和水稻相比基本一致,通过引入拟南芥DREB基因进行系统发生分析,进一步可以将其细分为6个亚组;结构域和保守元件分析表明,DREB基因家族含有一个AP2保守结构域;染色体定位表明,苹果DREB基因分布于11条染色体上,部分基因存在串联复制现象;基因结构分析显示,该亚家族基因不含内含子。利用同源拟南芥RNA-Seq数据分析结果表明,DREB转录因子家族对低温、ABA调节等非生物胁迫具有调控作用,同时在DREB亚家族中每个亚组响应不同的非生物胁迫;通过分析DREB基因在不同组织中的表达情况,结果显示DREB基因在植物根部中的表达量最强,其次是叶。
- 沈兵琪高晓宇王大玮周军邓浪周凡纪晴程慧
- 关键词：苹果DREB转录因子生物信息学
