周凡
- 作品数：14 被引量：69H指数：6
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- 一种林业种苗栽培固定装置
- 本实用新型公开了一种林业种苗栽培固定装置，包括基座，所述基座上开设有定位孔，所述基座通过固定钉固定于地面，所述基座顶部的右端通过销钉活动连接有第一支架，所述第一支架上套接有滑套，所述滑套上螺纹连接有旋钮，所述滑套通过旋钮...
- 王大玮沈兵琪周凡
- 文献传递
- 枣AP2/EREBP转录因子的全基因组鉴定及生物信息学分析被引量：17
- 2018年
- AP2/EREBP类转录因子为植物所特有的一类转录因子,参与了植物的发育和胁迫途径。本研究利用枣的全基因组数据库,通过生物信息学手段鉴定枣的AP2/EREBP家族的全部成员,并分析AP2/EREBP转录因子家族保守域特点与功能及表达情况,为枣的遗传改良抗性育种提供理论依据。利用在线软件EBI、TAIR、Hmmer3.0、SMART、Pfam、MEME、ProtParam、SOPMA、SignalP4.1Sever和String网站,以及ClustalX2、BioEdit、MEGA6.0、MapInspect软件,对枣的AP2/EREBP转录因子家族的类型、结构域、系谱进化、序列元件、蛋白理化性质及二级结构、信号肽分析、基因定位、基因芯片表达和蛋白功能联系预测进行了分析。分析表明,枣全基因组中有127条AP2/EREBP转录因子,根据其结构域划分为4个亚家族：AP2、RAV、DREB及ERF,各家族成员数分别为：17、6、50及54。进行多序列比对和系谱进化分析,发现2个亚家族各分为6个亚族。生物信息学分析表明,AP2/EREBP家族蛋白均为亲水性蛋白、非分泌型蛋白,且该家族蛋白富含酸性氨基酸;基因定位表明,该家族基因在12条染色体上呈不均匀分布,有染色存在串联复制现象;对127个枣AP2/EREBP蛋白之间的功能联系网络进行了系统预测,分析预测了相关基因的功能和多个基因间的联系;基因芯片表达表明,AP2/EREBP转录因子在低温、高温、光照、遮阴、紫外线、UV敏感处理及外源ABA处理条件下均能被诱导表达,且在根、叶、花和果4个器官中均有显著性表达。枣AP2/EREBP基因家族结构高度保守,对外界胁迫有显著性表达,可能在枣的生长发育及其在枣的多种生理反应信号转导中发挥着重要作用,且各家族成员之间在植物生长发育过程和胁迫响应及激素信号转导途径具有交叉作用。
- 纪晴周凡周军王大玮胡孟豪李丹沈兵琪邓浪高晓宇杜宗义
- 关键词：AP2/EREBP转录因子生物信息学分析
- 一种林业用育苗装置
- 本实用新型公开了一种林业用育苗装置，包括箱体和罐体，所述箱体内底部均匀的设置有育苗钵，所述箱体的左右侧壁上均开设有纱窗，所述箱体的正面通过合页铰接有正门，所述粉碎壳体的底端通过倾斜设置的进料管连接到罐体，所述罐体的底部设...
- 王大玮沈兵琪周凡
- 文献传递
- 梨DREB基因家族全基因组鉴定及分析被引量：4
- 2018年
- 本研究为鉴定梨DREB基因,分析其生理特性和结构,并研究DREB蛋白的相互作用以及在不同逆境中的表达差异,通过生物信息学方法,对梨DREB转录因子进行了鉴定与分析。如利用本地BLAST、Pfam等搜索、鉴定DREB蛋白;采用Protparam、Signal P、SPOMA、MEME数据库、DNAMAN、MEGA6.0等对蛋白进行结构特性和进化关系分析;基于String数据库对DREB蛋白进行功能互作分析;并运用拟南芥Illumia RNA-Seq数据进行同源表达分析。从梨全基因组中鉴定了60个DREB基因,通过与拟南芥DREB基因聚类分析,共分为6个亚组（A1-A6）。编码的氨基酸残基数在99-496个之间,平均含有250个氨基酸残基,整体呈弱酸性。系统分析了Pbr DREBs蛋白的保守基序和基因结构,发现这些Pbr DREBs蛋白都含有一个典型的AP2/ERF结构域,这个结构域含有55个左右的氨基酸残基,大部分以YRG保守元件开始,到RAYD保守元件终止。对Pbr DREBs蛋白之间的功能联系网络进行了系统的研究,发现DREB转录因子在梨的生长发育过程及其多种逆境反应的信号转导中发挥着重要作用,且在逆境调控中各亚组成员之间也可能存在交叉作用,其中,A1亚组即CBF转录因子在蛋白质相互调控中起重要作用。并利用同源拟南芥RNASeq数据对Pbr DREBs蛋白进行了低温、干旱等非生物胁迫下的同源分析,表明DREB蛋白在多种胁迫中都起到了重要作用。初步鉴定出的梨60个DREB基因在功能、结构、特性等方面与拟南芥及其它已报道的物种DREB基因相似,并在低温、干旱等逆境中起到重要作用。
- 周凡李丹周军王大玮王大玮邓浪邓浪纪晴
- 关键词：DREB基因生物信息学分析
- 猕猴桃WRKY转录因子家族全基因组鉴定与分析被引量：6
- 2018年
- 本研究旨在鉴定猕猴桃WRKY基因家族成员,为进一步研究Ac WRKY转录因子在猕猴桃生长和发育进程及生物和非生物胁迫中的调控作用提供信息。利用‘红阳’猕猴桃全基因组数据,通过生物信息学在线分析网站与软件利用的方法,对猕猴桃WRKY转录因子家族成员进行鉴定和系统分析。分析表明:从猕猴桃全基因组中共鉴定出89个Ac WRKY基因,分组鉴定和进化分析显示,Ac WRKY蛋白可分为Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ个类型。Ⅰ组共有19个成员,其锌指结构是CX_4CX_(22-23)HXH(C_2H_2类型);Ⅱ组共有61个成员,进一步分为Ⅱa、Ⅱb、Ⅱc、Ⅱd和Ⅱe共5个亚组,分别有4、7、27、11和12个成员,其锌指结构为CX_(4-5)CX_(23)HXH(C_2H_2类型);Ⅲ组有9个成员,其锌指结为CX_7CX_(23-24)HXC(C_2HC类型);Ac WRKY蛋白序列比对及保守基序分析表明,Ac WRKY结构域高度保守,但也存在一定的变异。染色体定位表明Ac WRKY基因不均匀分布于除9号染色体外的28条染色体上,有11个WRKY基因无法定位到染色体上,同时发现部分基因存在串联复制现象。同源拟南芥不同组织的基因表达模式分析表明,33个WRKY基因在植物根、叶、花和果四个器官中均有显著性表达,但相对表达水平存在差异。猕猴桃WRKY基因家族具有丰富的生物学功能,与其它已报道的物种WRKY基因相似,广泛参与植物营养和生殖生长以及环境胁迫等多方面的调控。
- 包昌艳邓浪周军王连春王连春王大玮周凡周凡
- 关键词：猕猴桃WRKY转录因子生物信息学分析
- 桑树bHLH转录因子家族全基因组鉴定与分析被引量：6
- 2019年
- 本研究旨在鉴定桑树bHLH基因,并分析预测其理化性质和保守结构域,以期为研究bHLH转录因子在桑树的生长发育、抗逆胁迫以及信号转导过程中的作用提供参考。本研究使用桑树全基因组数据,通过生物信息学方法对桑树的b HLH转录因子进行了鉴定与系统分析。结果表明,在桑树全基因组中共鉴定出173个b HLH转录因子,经过系统进化分析,将其分为四个进化大组,11个亚组;bHLH转录因子间理化性质差别和跨度较大,59.1%的等电点小于7,呈弱酸性;保守结构域分析表明,bHLH转录因子有两个高度保守的结构域并含有H5-E9-R13保守序列,N端的碱性氨基酸区与DNA结合位点有关,C端的HLH区形成螺旋-环-螺旋结构并且与形成二聚体有关,共含有5种保守元件;保守元件分析表明,bHLH基因家族只含有一个HLH保守结构域结构;蛋白互作分析结果表明,相似的功能或者相近的生理过程可能由不同的蛋白控制。鉴定和分析桑树bHLH转录因子家族,既可以为桑树的抗旱、胁迫等方面的研究提供分子生物学理论基础,又可以为分子改良桑树品种提供理论依据,从而改良桑椹的果实品质,进一步提高桑椹的食用价值和药用价值。
- 惠甜沈兵琪王连春王连春邓浪包昌艳邓浪李辰晖
- 关键词：生物信息学分析
- 一种林业树木栽培架
- 本实用新型公开了一种林业树木栽培架，包括树木主干，所述树木主干外壁自下而上依次包裹有规格相同的第一固定套、第二固定套和第三固定套，所述第一固定套和第二固定套内壁之间通过强力胶成对黏连覆盖有包裹于树木主干外壁底部的珍珠棉，...
- 王大玮沈兵琪周凡
- 文献传递
- 苹果DREB转录因子家族全基因组鉴定与分析被引量：11
- 2017年
- DREB转录因子属于AP2/ERF转录因子家族,能够与DRE/CRT顺式作用元件特异性结合,调控与逆境应答基因的表达,因而在植物应对低温、干旱、高盐等逆境胁迫中发挥重要作用。该研究利用苹果全基因组数据,通过生物信息学手段鉴定苹果DREB转录因子家族成员,并分析DREB转录因子家族保守域特点与功能及表达情况。结果表明:从苹果全基因组中共鉴定出60个DREB转录因子家族成员,与拟南芥和水稻相比基本一致,通过引入拟南芥DREB基因进行系统发生分析,进一步可以将其细分为6个亚组;结构域和保守元件分析表明,DREB基因家族含有一个AP2保守结构域;染色体定位表明,苹果DREB基因分布于11条染色体上,部分基因存在串联复制现象;基因结构分析显示,该亚家族基因不含内含子。利用同源拟南芥RNA-Seq数据分析结果表明,DREB转录因子家族对低温、ABA调节等非生物胁迫具有调控作用,同时在DREB亚家族中每个亚组响应不同的非生物胁迫;通过分析DREB基因在不同组织中的表达情况,结果显示DREB基因在植物根部中的表达量最强,其次是叶。
- 沈兵琪高晓宇王大玮周军邓浪周凡纪晴程慧
- 关键词：苹果DREB转录因子生物信息学
- 一种林业大树样品采集装置
- 本实用新型公开了一种林业大树样品采集装置，包括无人机起落架，所述无人机起落架的数量为两个且两个所述无人机起落架之间焊接有设备安装平台，所述设备安装平台一侧固定有机械臂，所述机械臂末端部安装有剪切装置，所述设备安装平台上分...
- 王大玮沈兵琪周凡
- 文献传递
- 基于转录组测序的云南‘火把梨’花青素相关基因分析
- 2019年
- 本研究以云南‘火把梨’转色前后的梨果皮为试验材料,采用高通量测序技术(Illumina HiSeq TM 2000/MiSeq)对两种梨材料全转录功能基因组测序后组装,再通过GO、Swiss-Prot两大数据库进行花青素相关差异表达基因筛选,以了解可能与花青素合成相关的基因及其表达模式,同时将差异基因在NCBI数据库进行Blast序列比对,对其功能进行分析。最终共获得7.52 Gb数据,组装过滤后共获得75 227 538条Clean reads,3 920条差异表达基因,通过通路分析和Pathway功能注释,在花青素合成过程中的两条通路中共注释到30条与花青素合成相关的差异表达基因,初步对这些差异基因的功能进行鉴定和分析,对后期基因克隆及转基因等研究具有重要意义。
- 王大玮沈兵琪周凡周军
- 关键词：花青素转录组功能注释
