王斌
- 作品数：12 被引量：32H指数：3
- 供职机构：西南民族大学生命科学与技术学院更多>>
- 发文基金：四川省科技支撑计划中央高校基本科研业务费专项资金国家质检公益性行业科研专项更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 牦牛SIRT3基因的克隆及其在各组织和睾丸不同发育阶段的表达被引量：1
- 2019年
- 旨在克隆牦牛沉默蛋白调节因子3(sirtuin 3,SIRT 3)基因,并检测其在牦牛不同组织及不同年龄睾丸中的表达水平,从而为研究SIRT 3在牦牛睾丸发育过程中的作用机制提供试验依据。本研究选取胎牛期(5~6个月)、幼年期(1~2岁)、性成熟期(3~5岁)及老年期(7~9岁)健康雄性牦牛共12头(每组各3头),其中来源于同一年龄阶段的3个组织样本视为生物学重复。采集性成熟期牦牛肝、心、肺、脾、脑、肾、肌肉、小肠、睾丸和大肠以及4个时期的睾丸组织。分别提取各组织的总RNA,并利用反转录PCR(reverse transcription PCR,RT-PCR)技术克隆获得牦牛SIRT 3基因序列,使用相关生物信息学软件预测其编码蛋白质的结构和功能;通过实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)检测SIRT 3 mRNA在牦牛各组织及睾丸4个发育阶段的表达水平。结果表明,SIRT 3基因的ORF(open reading frame,开放阅读框)为1002 bp,编码333个氨基酸,与黄牛和绵羊的同源性分别达到99.9%和96.7%,该基因的mRNA在牦牛的各个组织中广泛表达,在脾、睾丸、肺和肌肉中的表达量较高。随年龄增长SIRT 3 mRNA在牦牛睾丸中表达呈现先上升后下降的趋势,其中在性成熟期的表达量最高。本研究为揭示SIRT 3在牦牛生长发育,尤其是睾丸发育过程中的调控提供了一定的基础数据。
- 王斌王斌秦文昌李键李键
- 关键词：组蛋白去乙酰化SIRT牦牛组织表达谱睾丸
- 三个阶段牦牛睾丸发育过程中piRNA的鉴定及分析研究被引量：2
- 2019年
- 旨在对不同年龄牦牛睾丸发育过程中的piRNA进行鉴定及分析。本研究选择胎牛期(4~5个月)、幼年期(1岁)及青年期(3岁)健康雄性牦牛共6头(每组各两头),分离其睾丸进行piRNA测序,其中来源于同一年龄的两个组织样本视为生物学重复。分析样本中piRNA的数量、碱基偏好性、来源、功能、piRNA簇的染色体分布及表达水平,并利用荧光定量PCR检测3个阶段牦牛睾丸中PIWI家族(PIWIL1~PIWIL4)的表达。结果表明,幼年期及青年期牦牛睾丸中piRNA的数量均显著多于胎牛阶段piRNA的数量(P<0.01)。牦牛睾丸piRNA 5′端具有明显的尿嘧啶(U)偏好性。大部分的piRNA来自基因间区和基因区之外的其他区域。胎牛睾丸中超过60%的piRNA簇处于低丰度,而幼年期及青年期牦牛睾丸组织中超过70%的piRNA簇均处于高丰度。胎牛期睾丸中PIWIL1及PIWIL4的表达与其他两个时期相比存在显著差异(P<0.05)。GO分析发现,piRNA来源基因的数目在生物学过程、细胞组分和分子功能上排在首位的分别为代谢过程、细胞和结合。结果提示,牦牛睾丸中piRNA的结构、功能和来源具有特异性。胚后阶段(幼年期及青年期)牦牛睾丸piRNA的数量及表达丰度与胚胎期相比有显著差异,这可能是与PIWIL1及PIWIL4在两个阶段表达的差异有关。本研究为进一步探索piRNA调控牦牛睾丸的发育机制,以及改善牦牛的生产性能提供了一定的理论基础。
- 殷实殷实王斌王斌王斌李键
- 关键词：PIRNA牦牛睾丸精子发生高通量测序
- 牦牛HDAC8基因特征及其在组织和卵母细胞成熟过程中的表达分析被引量：7
- 2020年
- 为探讨组蛋白去乙酰化酶8(Histone deacetylases 8,HDAC8)在牦牛生殖中的作用,以牦牛肝脏cDNA为模板,采用RT-PCR方法克隆牦牛HDAC8基因,并通过生物信息学方法分析牦牛HDAC8序列;利用实时荧光定量PCR(Quantitative Real-time PCR,qRT-PCR)技术检测该基因在牦牛不同组织及卵母细胞体外成熟过程(GV、MⅠ和MⅡ期)中的表达规律。结果表明,牦牛HDAC8基因序列为1 109 bp(GenBank No.MK889494),CDS为1 008 bp,编码氨基酸335个;序列比对分析发现,牦牛与其他哺乳动物的相似性在94%以上,表明HDAC8在哺乳类动物进化过程及蛋白结构水平上具有较高的保守性;组织表达分析发现,HDAC8在肝脏组织中的表达水平最高,极显著高于其他组织(P<0.01);HDAC8基因在卵母细胞不同发育阶段中具有不同的表达模式,表达水平随着卵母细胞成熟阶段的递增呈上升趋势,MⅡ期表达水平最高,极显著高于GV和MⅠ期(P<0.01)。综上,HDAC8基因可能在牦牛肝脏代谢及卵母细胞的成熟过程中起一定的调控作用,为进一步探索HDAC8在牦牛生殖中的调控作用提供一定的理论基础。
- 秦文昌殷实李泽沛王斌杨柳青周婧雯李键
- 关键词：牦牛卵母细胞
- 牦牛HDAC1基因克隆及其在组织和卵母细胞减数分裂过程中的表达研究被引量：1
- 2019年
- 旨在克隆牦牛组蛋白去乙酰化酶1(histone deacetylases 1,HDAC 1)基因,并检测其在牦牛不同组织及卵母细胞减数分裂过程中的表达水平,从而为研究HDAC1在牦牛生殖发育中的作用机制提供理论依据。本试验采用牦牛为研究对象,通过RT-PCR技术获得牦牛HDAC1基因CDS序列,使用相关生物信息学软件分析其结构和功能,通过实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)检测HDAC1基因在牦牛脑、心、肌肉、卵巢、肾、脾、小肠、肝、肺和子宫组织中的表达谱及在卵母细胞减数分裂过程中mRNA的表达水平。结果表明,HDAC 1基因开放阅读框为1 302 bp,编码433个氨基酸,与黄牛、山羊和绵羊的同源性较高;HDAC1基因在牦牛的各个组织中均有表达,其中在脾、肾和小肠中的表达量极显著高于其他组织(P<0.01)。在牦牛减数第一次分裂中期(MⅠ)和减数第二次分裂中期(MⅡ)卵母细胞中,HDAC 1基因的表达水平极显著高于生发泡(germinal vesicle,GV)期(P<0.01)。提示,HDAC 1基因参与牦牛卵母细胞减数分裂过程。本试验为进一步研究HDAC 1基因在高寒、低氧环境下的牦牛生殖繁育中的作用提供了理论依据。
- 王斌殷实熊显荣秦文昌黄向月李键
- 关键词：组蛋白去乙酰化HDAC1牦牛卵母细胞减数分裂
- 牦牛SIRT1基因的克隆及其在不同发育阶段睾丸中的表达被引量：1
- 2020年
- 旨在克隆牦牛SIRT1基因,预测SIRT1蛋白的结构和功能,并检测其在牦牛不同组织及不同年龄睾丸中的表达和定位。9只健康雄性牦牛被划分为幼年组(0.5~1岁)、青年组(2~3岁)及成年组(4~5岁)(每组3头),其中来源于同一年龄阶段的3个组织样本视为生物学重复。采集成年期牦牛肝脏、心脏、脾脏、脑、肌肉、小肠以及3个时期牦牛睾丸组织。分别提取各组织的总RNA并利用反转录PCR(Reverse transcription PCR,RT-PCR)技术克隆获得牦牛SIRT1的基因序列,使用不同的生物信息学软件预测SIRT1基因的序列同源性,以及其编码蛋白质的氨基酸序列、结构和性质;通过实时荧光定量PCR(Quantitative Real-time PCR,qRT-PCR)检测SIRT1基因的mRNA在牦牛各组织及不同发育阶段睾丸中的表达水平,利用色素原位杂交(Chromogenic in situ hybridization,CISH)技术检测SIRT1 mRNA在不同阶段睾丸中的定位,利用Western Blot技术检测SIRT1蛋白在不同阶段睾丸中的表达。结果表明,SIRT1基因的开放阅读框(Open reading frame,ORF)为1866 bp,编码621个氨基酸,其基因序列在哺乳动物中高度保守。结构预测表明,SIRT1是一个脂溶性疏水蛋白,含有一个保守的沉默信息调节子2(Silent information regulator 2,Sir2)结构域。该基因的mRNA在牦牛的各个组织中广泛表达,在睾丸、卵巢和肝脏中的表达较高。在牦牛睾丸中SIRT1的mRNA定位在除精细胞之外的各类细胞中,SIRT1的蛋白在牦牛睾丸中的表达随年龄增长呈现持续下降的趋势,其中在幼年期表达最高。研究结果为揭示SIRT1在牦牛生长发育,尤其是睾丸发育过程中的调控提供了一定的基础数据。
- 殷实殷实王斌王斌周靖雯李键
- 关键词：牦牛组蛋白去乙酰化SIRT1基因克隆睾丸
- 牦牛不同发育阶段睾丸中KDM2A的表达被引量：1
- 2018年
- 旨在研究KDM2A在牦牛睾丸发育和精子发生中的作用,为提高牦牛繁殖性能提供理论依据。提取牦牛胎儿时期(5～6月龄)、幼年时期(1～2岁)、性成熟时期(3～4岁)睾丸的总RNA,通过实时荧光定量PCR和免疫组化检测KDM2A在牦牛睾丸中的表达情况。结果显示:3个时期牦牛睾丸中均有KDM2A基因表达,且表达量随年龄增长呈递增趋势,性成熟时期睾丸中KDM2A mRNA与蛋白质的表达量均显著高于胎儿时期和幼年时期;胎儿时期仅在精原干细胞及支持细胞中表达,幼年和性成熟时期睾丸中精原细胞、支持细胞、初级精母细胞、圆形精子及精子形成期均呈阳性。表明KDM2A在牦牛不同发育阶段的睾丸中表达,在牦牛睾丸发育及精子生成中发挥重要作用。
- 王艳熊显荣韩杰王斌杨显英阿果约达李键
- 关键词：牦牛睾丸生精细胞
- 成都地区犬细小病毒VP2基因克隆分析及基因型鉴定被引量：5
- 2011年
- 根据GenBank中犬细小病毒(canine parvovirus,CPV)VP2基因序列设计合成两对特异性引物1F/1R和2F/2R,从疑似CPV感染病犬的粪便病料中提取DNA作为模板,分段扩增涵盖VP2基因的两个片段,大小分别为1325和758bp,并进行克隆、测序,通过拼接得到11条长度为1755bp的VP2基因完整序列。核苷酸同源性分析表明,扩增得到的11个完整VP2基因序列与GenBank中发布的21株国内外参考毒株比较,核苷酸同源性为96.2%～99.8%。采用DNAStar软件分析,预测VP2蛋白可能成为B细胞表位的区段位于Met1-Val38、Met73-Val82、Met96-Ala103、Lys151-Thr170、Gly235-Phe243、Leu294-Phe303、Ala359-Thr399、Ile469-His483、Ala503-Arg520、Lys570-Tyr584。将扩增获得的VP2基因编码的氨基酸序列与CPV参考毒株进行比较,第426位和第555位氨基酸残基分别为Asp和Val,鉴定出本试验得到的CPV基因型均为2a型,初步证实成都地区仍以CPV-2a为主要流行毒株。
- 杨晓农张焕容杨发龙于学辉龙虎刘群陈世界严玉宝余华王成东项振义王斌
- 关键词：VP2基因克隆基因型
- 犬细小病毒病的PCR诊断被引量：2
- 2011年
- 根据GenBank中收录的犬细小病毒(CPV)AY787930.1株设计一对特异性引物,建立了一种快速、准确的诊断CPV的PCR方法.从12份疑似犬细小病毒病的粪便中提取DNA,并以此DNA为模板,进行PCR扩增和克隆及测序.应用该方法对12份临床病料进行PCR扩增,有11份为阳性,1份为阴性;对11份阳性片段的克隆、测序结果与AY787930.1株的相应片段相比,同源性为99.9%.该方法适用于所有易感动物的犬细小病毒的临床诊断,与胶体金试纸相比具有快速、准确和特异性好的优点.
- 王斌刘倩杨晓农陈娟
- 关键词：PCR
- KDM1A在牦牛卵泡发育过程中的表达被引量：3
- 2019年
- 【目的】分析牦牛卵泡发育过程中组蛋白赖氨酸脱甲基酶1(lysine-specific histone demethylase 1A,KDM1A)基因的表达谱,探讨KDM1A对牦牛卵泡发育和卵母细胞成熟的影响。【方法】以牦牛卵泡为研究对象,根据卵泡直径的大小,将卵泡分为3组:大(6.0-9.0 mm)、中(3.0-5.9 mm)、小(1.0-2.9 mm)卵泡,收集各组别卵泡中卵丘-卵母细胞复合体(cumulus-oocyte complex,COCs)进行体外培养,对不同发育阶段卵泡中卵母细胞的体外成熟率进行统计并分析;分别提取各组卵泡卵母细胞及壁层颗粒细胞总RNA,通过实时荧光定量PCR(quantitative real-time RCR,RT-qPCR)方法,检测KDM1A基因在不同发育阶段的卵泡中mRNA相对表达量的变化;采用免疫组织化学技术检测KDM1A在牦牛卵泡发育过程中的细胞定位及表达规律,并结合体外成熟与RT-qPCR结果进行关联性分析。【结果】各组卵母细胞体外成熟率与卵泡直径的大小呈显著正相关关系,其伴随卵泡发育的进行呈明显的上升趋势,其中大、中、小卵泡组的体外成熟率依次分别为90.53%、88.10%、55.14%。RT-qPCR结果显示,KDM1A基因在牦牛卵泡发育过程中均有表达,且不同发育阶段的mRNA表达水平差异显著,其中大、中卵泡时期的卵母细胞中的mRNA相对表达量显著低于小卵泡时期(P<0.05),而在小卵泡时期的壁层颗粒细胞中的相对表达量极显著低于大、中卵泡时期(P<0.01),在大、中卵泡时期的卵母细胞及壁层颗粒细胞中该基因mRNA表达水平均无差异(P>0.05)。免疫组织化学研究发现KDM1A在大、中、小卵泡壁层颗粒细胞以及膜细胞中均表达,其蛋白表达趋势与RT-qPCR结果吻合,即随着发育时间的进行KDM1A表达水平呈上升趋势,其中在大卵泡时期KDM1A的表达量最高。【结论】在牦牛不同发育时期卵泡的卵母细胞及壁层颗粒细胞中KDM1A mRNA及蛋白的表达水平呈动态变化,提示KDM1A在卵泡发育及卵母细胞成熟过�
- 黄向月熊显荣韩杰杨显英王艳王斌李键
- 关键词：牦牛免疫组化卵泡
- 犏牛雄性不育相关lncRNA的鉴定与分析被引量：10
- 2019年
- 旨在分析成年健康牦牛和犏牛(3～4岁)睾丸组织中长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)的表达谱,从而探究lncRNA与犏牛雄性不育机制的关联性,为解释犏牛雄性不育的机理提供理论依据。采集成年(3～4岁)健康牦牛、犏牛各3头的睾丸组织,构建cDNA文库后进行高通量测序,筛选出差异的lncRNA,通过对差异显著的lncRNA与mRNA位置关系以及结合能的判定预测顺式作用(cis)和反式作用(tran)的靶基因,并进行GO、KEGG功能分析。结果表明,共得到牦牛和犏牛候选lncRNA转录本分别为20 363和24 133个,两个文库筛选出6 178个显著差异lncRNA,其中有2 470个在犏牛睾丸组织与牦牛比较上调,3 708个下调。筛选得到差异显著lncRNA的候选靶基因2 676个,这些基因参与58个功能分类,共涉及306条通路;其中主要富集的通路包括轴突指导、内吞、Hedgehog等信号通路。综上表明,部分lncRNA介导的靶基因PTGDS、IGF2、MEST、GLIS3、NOTCH2、HOXA10、HOXA11与犏牛雄性不育相关,lncRNA在犏牛的生殖发育中对其雄性不育具有重要的调控作用。利用RNA-Seq技术筛选出成年牦牛和犏牛睾丸组织lncRNA,并进行差异分析,为探讨犏牛雄性不育的机制提供更完善的转录组数据。
- 阿果约达熊显荣王艳杨显英韩杰王斌李键
- 关键词：牦牛犏牛雄性不育转录组
