张成普
- 作品数：4 被引量：5H指数：1
- 供职机构：军事医学科学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 原核生物蛋白质基因组学研究进展被引量：3
- 2014年
- 随着基因组测序技术的不断发展,大量微生物基因组序列可以在短时间内得以准确鉴定。为了进一步探究基因组的结构与功能,基于序列特征与同源特征的基因组注释算法广泛应用于新测序物种。然而受基因组测序质量以及算法本身准确性偏低等问题的影响,现有的基因组注释存在着相当比例的假基因以及注释错误,尤其是蛋白质N端的注释错误。为了弥补基因组注释的不足,以基因芯片或RNA-seq为核心的转录组测序技术和以串联质谱为核心的蛋白质组测序技术可以高通量地对基因的转录和翻译产物进行精确测定,进而实现预测基因结构的实验验证。然而,原核生物细胞中存在的大量非编码RNA给转录组测序技术引入了污染数据,限制了其对基因组注释的应用。相对而言,以串联质谱技术为核心的蛋白质组学测序可以在短时间内鉴定到生物体内大量的蛋白质,实现注释基因的验证甚至校准。已成为基因组注释和重注释的重要依据,并因而衍生了"蛋白质基因组学"的新研究方向。文中首先介绍传统的基于序列预测和同源比对的基因组注释算法,指出其中存在的不足。在此基础上,结合转录组学与蛋白质组学的技术特点,分析蛋白质组学对于原核生物基因组注释的优势,总结现阶段大规模蛋白质基因组学研究的进展情况。最后从信息学角度指出当前蛋白质组数据进行基因组重注释存在的问题与相应的解决方案,进而探讨未来蛋白质基因组学的发展方向。
- 张成普徐平朱云平
- 关键词：原核生物基因组注释质谱
- 非限制翻译后修饰鉴定方法的研究进展被引量：1
- 2013年
- 蛋白质翻译后修饰在真核生物细胞内广泛存在,对蛋白质的结构和功能有着十分重要的影响.串联质谱技术的快速发展为翻译后修饰鉴定提供了高通量、高灵敏度和高分辨率的分析平台,但传统搜索引擎鉴定修饰的方法无法满足数据分析的需求,非限制翻译后修饰鉴定已成为目前蛋白质组修饰分析的重要手段之一.非限制翻译后修饰鉴定不需要在分析前指定修饰类型,可以直接从样品中找出大量已知或未知的修饰,对提高质谱图谱解析率以及揭示蛋白质的生物学功能具有十分重要的意义.本文首先介绍了非限制翻译后修饰鉴定的定义和发展历程,然后从序列匹配和谱图匹配两个方面详细综述了目前非限制翻译后修饰鉴定的主流算法,分析了非限制翻译后修饰鉴定的质量控制问题,最后结合非限制翻译后修饰鉴定的实际应用讨论了修饰鉴定算法的不足和发展方向.
- 张成普李宁马洁吴松锋朱云平
- 关键词：串联质谱蛋白质翻译后修饰生物信息学蛋白质组学
- 中国蛋白质组学研究进展——以人类肝脏蛋白质组计划和蛋白质组学技术发展为主题被引量：1
- 2014年
- 蛋白质组学是对细胞或生物体全部蛋白质的系统鉴定、定量并阐释其生物学功能的学科.自21世纪初期开始,随着高精度、高灵敏度和快速扫描质谱仪的出现和快速发展以及微量蛋白质组样品高效分离技术的进步,蛋白质组学获得了快速发展,并在生理过程与病理机制研究等几乎所有生命科学研究领域得到了广泛的应用.过去10年,中国蛋白质组学研究在政府的支持和广大蛋白质组学研究人员的努力下呈现出腾飞式的发展态势.本文综述了人类肝脏蛋白质组计划和2010-2013年中国蛋白质组学技术的发展.
- 李衍常李宁徐忠伟翟琳辉樊锋旭常乘张成普郑俊杰徐平贺福初
- 关键词：蛋白质组学蛋白质相互作用蛋白质翻译后修饰生物信息学
- 基于串联质谱的肽段与修饰鉴定的质量控制算法研究与应用
- 蛋白质是细胞结构的重要构成物质，也是细胞内各项功能的直接执行者。蛋白质组学的主要任务是定性和定量地鉴定某生物体组织或细胞内的全部蛋白质，并进一步对这些蛋白质的亚细胞定位、相互作用与翻译后修饰进行系统分析。蛋白质翻译后修饰...
- 张成普
- 关键词：蛋白质组学串联质谱数据库
- 文献传递
