徐平
- 作品数：70 被引量：112H指数：6
- 供职机构：北京蛋白质组研究中心更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金北京市自然科学基金国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生农业科学理学更多>>
- 成熟前后水牛卵母细胞蛋白质组的初步研究被引量：2
- 2016年
- 应用聚丙烯酰胺凝胶电泳联合反相液相色谱-串联质谱(RP-LC-MS/MS)蛋白质组学技术,研究GV期和MII期水牛卵母细胞蛋白质组,以期为揭示水牛卵母细胞体外成熟分子机理、筛选与卵母细胞成熟质量相关蛋白质奠定理论基础。从GV期和MII期水牛卵母细胞中分别鉴定到647和570种蛋白质(FDR<1%)。其中,鉴定相同蛋白质414种;GV期和MII期卵母细胞特有鉴定蛋白质分别为233种和156种。通过谱图计数法获得鉴定蛋白质的半定量信息,从GV期和MII期水牛卵母细胞中筛选到9种高丰度蛋白质。其中8种为相同蛋白质,包括穹窿体蛋白、谷胱苷肽S-转移酶M3、蛋白精氨酸脱亚氨酶6、过氧化物氧化还原酶2、二磷核苷酸激酶B、动力蛋白轻链1、醛糖还原酶、类甘油醛-3-三磷酸脱氢酶同源物2等。热激蛋白90α和谷胱甘肽S-转移酶P分别为GV期和MII期水牛卵母细胞特有的高丰度蛋白质,这些蛋白质可能与水牛卵母细胞成熟过程密切相关。GO(Gene Ontology)和KEGG分析显示,鉴定相同蛋白质主要集中在丙酮酸盐代谢、三羧酸循环(TCA)、糖酵解/糖原生成、磷酸戊糖途径等能量代谢通路,提示水牛卵母细胞成熟过程中可能需要维持高的能量代谢水平,以保证卵母细胞减数分裂的完成。GV期细胞特有鉴定蛋白质主要集中在氧化磷酸化、核糖体以及蛋白酶体等KEGG通路,表明GV期卵母细胞可能具有高的氧化磷酸化和蛋白合成水平,蛋白酶体在推动水牛卵母细胞成熟进程中可能发挥重要作用。MII期细胞特有鉴定蛋白质主要集中在DNA复制和氨基糖、核苷糖代谢等KEGG通路,提示水牛卵母细胞可能在为后续的受精过程和早期卵裂进行遗传物质的准备。综上表明,成熟前后水牛卵母细胞蛋白质表达模式,为进一步深入了解水牛卵母细胞成熟分子机理奠定理论基础。
- 陈凌声代小丽徐永茹罗婵陆凤花蒋建荣石德顺徐平李湘萍
- 关键词：水牛体外成熟卵母细胞蛋白质组
- 结核分枝杆菌H37Rv编码基因及其应用
- 本发明涉及一种结核分枝杆菌H37Rv编码基因，其可用作结核分枝杆菌复合群分子鉴定的标准基因，用于结核分枝杆菌复合群的分子鉴定及临床检测。
- 徐平张瑶王富强孙金帅武舒佳常蕾
- 结核分枝杆菌H37Rv编码基因及其应用
- 本发明涉及一种结核分枝杆菌H37Rv编码基因，其可用作结核分枝杆菌复合群分子鉴定的标准基因，用于结核分枝杆菌复合群的分子鉴定及临床检测。
- 徐平张瑶王富强孙金帅武舒佳常蕾
- 文献传递
- 基于非标记定量蛋白质组学的谷氨酰内切酶C活性研究被引量：1
- 2020年
- 目的谷氨酰内切酶C(Glu C)可特异地切割蛋白谷氨酸或天冬氨酸残基羧基端结合的肽键,是蛋白质组学研究的重要工具酶,优质高效价廉的Glu C产品对蛋白质组学研究意义重大。在课题组前期成功制备重组表达Glu C基础上,应用非标记定量蛋白质组学技术对实验室自制Glu C与市售商品化产品Glu C(Glu C-Com)的活性进行系统的评价比较。方法等量酵母全细胞蛋白裂解物(total cell lysates,TCL)分别用等量的实验室自制Glu C与Glu C-Com消化,酶解肽段经液相色谱-串联质谱联用(LC-MS/MS)检测,产生的数据经MaxQuant(v1.5.2.8)软件的非标记定量(LFQ)方法分析。结果Glu C消化样品后产生的易于质谱鉴定分析的肽段(7~35个氨基酸)的总体数目更多,且肽段的丰度范围分布更广;其二级谱图鉴定率、二级谱图数、肽段数量、蛋白鉴定数量等指标均比Glu CCom组高,且漏切率较低。结论应用基于质谱的非标记定量蛋白质组学技术可实现对Glu C的酶活性评价,数据显示实验室制备的Glu C具有较好的生物活性。
- 屈安姜王富强徐平
- 关键词：质谱
- 结核分枝杆菌H37Rv编码基因及其应用
- 本发明涉及一种结核分枝杆菌H37Rv编码基因及其应用，具体涉及新的漏注释编码基因Rv0229A(‑|274710‑274904|)，其可用作结核分枝杆菌复合群分子鉴定的标准基因，用于结核分枝杆菌复合群的分子鉴定及临床检测...
- 徐平张瑶武舒佳孙金帅王富强何崔同常蕾
- 文献传递
- 原核生物蛋白质基因组学研究进展被引量：3
- 2014年
- 随着基因组测序技术的不断发展,大量微生物基因组序列可以在短时间内得以准确鉴定。为了进一步探究基因组的结构与功能,基于序列特征与同源特征的基因组注释算法广泛应用于新测序物种。然而受基因组测序质量以及算法本身准确性偏低等问题的影响,现有的基因组注释存在着相当比例的假基因以及注释错误,尤其是蛋白质N端的注释错误。为了弥补基因组注释的不足,以基因芯片或RNA-seq为核心的转录组测序技术和以串联质谱为核心的蛋白质组测序技术可以高通量地对基因的转录和翻译产物进行精确测定,进而实现预测基因结构的实验验证。然而,原核生物细胞中存在的大量非编码RNA给转录组测序技术引入了污染数据,限制了其对基因组注释的应用。相对而言,以串联质谱技术为核心的蛋白质组学测序可以在短时间内鉴定到生物体内大量的蛋白质,实现注释基因的验证甚至校准。已成为基因组注释和重注释的重要依据,并因而衍生了"蛋白质基因组学"的新研究方向。文中首先介绍传统的基于序列预测和同源比对的基因组注释算法,指出其中存在的不足。在此基础上,结合转录组学与蛋白质组学的技术特点,分析蛋白质组学对于原核生物基因组注释的优势,总结现阶段大规模蛋白质基因组学研究的进展情况。最后从信息学角度指出当前蛋白质组数据进行基因组重注释存在的问题与相应的解决方案,进而探讨未来蛋白质基因组学的发展方向。
- 张成普徐平朱云平
- 关键词：原核生物基因组注释质谱
- 结核分枝杆菌H37Rv编码基因及其应用
- 本发明涉及一种结核分枝杆菌H37Rv的编码基因，其可用作结核分枝杆菌复合群分子鉴定的标准基因，用于结核分枝杆菌复合群的分子鉴定及临床检测。
- 徐平张瑶王富强孙金帅武舒佳常蕾
- 文献传递
- 一种重组乙酰化赖氨酸精氨酸N端蛋白酶及其制备方法和应用
- 本发明提供了一种重组乙酰化赖氨酸精氨酸N端蛋白酶、其制备方法以及在蛋白质组学研究中的应用。所述重组乙酰化赖氨酸精氨酸N端蛋白酶降低了自身的自消化特性，提高了自身的稳定性，具有更高的酶活性。所述重组乙酰化赖氨酸精氨酸N端蛋...
- 徐平王富强张俊令赵明治常蕾
- 文献传递
- 放线菌蛋白质组学研究进展被引量：3
- 2014年
- 蛋白质是生理功能的执行者,是生命现象的直接体现者,蛋白质组学旨在阐明生物体全部或部分蛋白质在生命活动中的作用和功能。随着组学理论基础和技术方法的逐渐成熟,蛋白质组学的研究被提高到了前所未有的高度。放线菌与人类的生产和生活关系极为紧密,是产生抗生素和酶制剂的主要来源。近130多年的放线菌系统学研究和2001年模式菌株的全基因组测序,为功能基因组研究奠定了基础。与先前的基因组学和转录组学相比,放线菌蛋白质组学能更直接、更准确地解释生命现象,得到了快速发展,并受到研究者的高度关注。近年来放线菌蛋白质组学的研究主要包括复杂形态分化和发育过程、非凡的环境适应能力、与植物共生固氮、代谢机理及特殊功能、病原放线菌致病性和筛查天然产物等几个方向,为进一步促进放线菌蛋白质组学发展奠定了基础。
- 张瑶徐平李文均陶勇
- 关键词：放线菌蛋白质组学双向电泳质谱
- 结核分枝杆菌H37Rv编码基因及其应用
- 本发明涉及一种结核分枝杆菌H37Rv编码基因，其可用作结核分枝杆菌复合群分子鉴定的标准基因，用于结核分枝杆菌复合群的分子鉴定及临床检测。
- 徐平张瑶王富强孙金帅武舒佳常蕾
- 文献传递
