徐平 作品数:70 被引量:106 H指数:6 供职机构: 北京蛋白质组研究中心 更多>> 发文基金: 国家自然科学基金 北京市自然科学基金 国家重点基础研究发展计划 更多>> 相关领域: 生物学 医药卫生 农业科学 理学 更多>>
成熟前后水牛卵母细胞蛋白质组的初步研究 被引量:2 2016年 应用聚丙烯酰胺凝胶电泳联合反相液相色谱-串联质谱(RP-LC-MS/MS)蛋白质组学技术,研究GV期和MII期水牛卵母细胞蛋白质组,以期为揭示水牛卵母细胞体外成熟分子机理、筛选与卵母细胞成熟质量相关蛋白质奠定理论基础。从GV期和MII期水牛卵母细胞中分别鉴定到647和570种蛋白质(FDR<1%)。其中,鉴定相同蛋白质414种;GV期和MII期卵母细胞特有鉴定蛋白质分别为233种和156种。通过谱图计数法获得鉴定蛋白质的半定量信息,从GV期和MII期水牛卵母细胞中筛选到9种高丰度蛋白质。其中8种为相同蛋白质,包括穹窿体蛋白、谷胱苷肽S-转移酶M3、蛋白精氨酸脱亚氨酶6、过氧化物氧化还原酶2、二磷核苷酸激酶B、动力蛋白轻链1、醛糖还原酶、类甘油醛-3-三磷酸脱氢酶同源物2等。热激蛋白90α和谷胱甘肽S-转移酶P分别为GV期和MII期水牛卵母细胞特有的高丰度蛋白质,这些蛋白质可能与水牛卵母细胞成熟过程密切相关。GO(Gene Ontology)和KEGG分析显示,鉴定相同蛋白质主要集中在丙酮酸盐代谢、三羧酸循环(TCA)、糖酵解/糖原生成、磷酸戊糖途径等能量代谢通路,提示水牛卵母细胞成熟过程中可能需要维持高的能量代谢水平,以保证卵母细胞减数分裂的完成。GV期细胞特有鉴定蛋白质主要集中在氧化磷酸化、核糖体以及蛋白酶体等KEGG通路,表明GV期卵母细胞可能具有高的氧化磷酸化和蛋白合成水平,蛋白酶体在推动水牛卵母细胞成熟进程中可能发挥重要作用。MII期细胞特有鉴定蛋白质主要集中在DNA复制和氨基糖、核苷糖代谢等KEGG通路,提示水牛卵母细胞可能在为后续的受精过程和早期卵裂进行遗传物质的准备。综上表明,成熟前后水牛卵母细胞蛋白质表达模式,为进一步深入了解水牛卵母细胞成熟分子机理奠定理论基础。 陈凌声 代小丽 徐永茹 罗婵 陆凤花 蒋建荣 石德顺 徐平 李湘萍关键词:水牛 体外成熟 卵母细胞 蛋白质组 结核分枝杆菌H37Rv编码基因及其应用 本发明涉及一种结核分枝杆菌H37Rv编码基因,其可用作结核分枝杆菌复合群分子鉴定的标准基因,用于结核分枝杆菌复合群的分子鉴定及临床检测。 徐平 张瑶 王富强 孙金帅 武舒佳 常蕾结核分枝杆菌H37Rv编码基因及其应用 本发明涉及一种结核分枝杆菌H37Rv编码基因,其可用作结核分枝杆菌复合群分子鉴定的标准基因,用于结核分枝杆菌复合群的分子鉴定及临床检测。 徐平 张瑶 王富强 孙金帅 武舒佳 常蕾文献传递 基于非标记定量蛋白质组学的谷氨酰内切酶C活性研究 2020年 目的谷氨酰内切酶C(Glu C)可特异地切割蛋白谷氨酸或天冬氨酸残基羧基端结合的肽键,是蛋白质组学研究的重要工具酶,优质高效价廉的Glu C产品对蛋白质组学研究意义重大。在课题组前期成功制备重组表达Glu C基础上,应用非标记定量蛋白质组学技术对实验室自制Glu C与市售商品化产品Glu C(Glu C-Com)的活性进行系统的评价比较。方法等量酵母全细胞蛋白裂解物(total cell lysates,TCL)分别用等量的实验室自制Glu C与Glu C-Com消化,酶解肽段经液相色谱-串联质谱联用(LC-MS/MS)检测,产生的数据经MaxQuant(v1.5.2.8)软件的非标记定量(LFQ)方法分析。结果Glu C消化样品后产生的易于质谱鉴定分析的肽段(7~35个氨基酸)的总体数目更多,且肽段的丰度范围分布更广;其二级谱图鉴定率、二级谱图数、肽段数量、蛋白鉴定数量等指标均比Glu CCom组高,且漏切率较低。结论应用基于质谱的非标记定量蛋白质组学技术可实现对Glu C的酶活性评价,数据显示实验室制备的Glu C具有较好的生物活性。 屈安姜 王富强 徐平关键词:质谱 结核分枝杆菌H37Rv编码基因及其应用 本发明涉及一种结核分枝杆菌H37Rv编码基因及其应用,具体涉及新的漏注释编码基因Rv0229A(‑|274710‑274904|),其可用作结核分枝杆菌复合群分子鉴定的标准基因,用于结核分枝杆菌复合群的分子鉴定及临床检测... 徐平 张瑶 武舒佳 孙金帅 王富强 何崔同 常蕾文献传递 放线菌蛋白质组学研究进展 被引量:3 2014年 蛋白质是生理功能的执行者,是生命现象的直接体现者,蛋白质组学旨在阐明生物体全部或部分蛋白质在生命活动中的作用和功能。随着组学理论基础和技术方法的逐渐成熟,蛋白质组学的研究被提高到了前所未有的高度。放线菌与人类的生产和生活关系极为紧密,是产生抗生素和酶制剂的主要来源。近130多年的放线菌系统学研究和2001年模式菌株的全基因组测序,为功能基因组研究奠定了基础。与先前的基因组学和转录组学相比,放线菌蛋白质组学能更直接、更准确地解释生命现象,得到了快速发展,并受到研究者的高度关注。近年来放线菌蛋白质组学的研究主要包括复杂形态分化和发育过程、非凡的环境适应能力、与植物共生固氮、代谢机理及特殊功能、病原放线菌致病性和筛查天然产物等几个方向,为进一步促进放线菌蛋白质组学发展奠定了基础。 张瑶 徐平 李文均 陶勇关键词:放线菌 蛋白质组学 双向电泳 质谱 结核分枝杆菌H37Rv编码基因及其应用 本发明涉及一种结核分枝杆菌H37Rv编码基因,其可用作结核分枝杆菌复合群分子鉴定的标准基因,用于结核分枝杆菌复合群的分子鉴定及临床检测。 徐平 张瑶 王富强 孙金帅 武舒佳 常蕾文献传递 一种利用SILAC标记耻垢分枝杆菌蛋白质的方法及其专用培养基 本发明公开了一种利用SILAC标记耻垢分枝杆菌蛋白质的专用培养基。本发明提供的用于SILAC标记的培养基,由无机盐、组氨酸盐酸盐、异亮氨酸、缬氨酸、亮氨酸、苯丙氨酸、色氨酸、丝氨酸、重稳定性同位素标记赖氨酸、重稳定性同位... 徐平 张俊令 王富强 张瑶 李衍常 常蕾 高慧英文献传递 高精度相对和绝对定量的等量异位标签在定量蛋白质组学研究中的新进展 被引量:11 2014年 蛋白质组学逐渐从定性研究转向定量研究。在定量蛋白质组学技术中,相对和绝对定量的等量异位标签(Isobaric tags for relative and absolute quantitation,iTRAQ)是应用最广泛的技术之一,具有通量高、稳定性强及不受样品来源制约等优点,几乎可以对任意样品进行标记,而且可以同时对多达8个样品进行定量分析,有效地提高了通量。iTRAQ技术不断改进,其定量准确性显著提高,适用的平台越来越多,为微生物、动物、植物、生物医学领域蛋白质及其翻译后修饰组研究创造了条件。文中综述了高精度iTRAQ技术在定量蛋白质组学研究中的最新发展及其应用。 马首智 孙玉琳 赵晓航 徐平关键词:定量蛋白质组学 一种靶向降低去泛素化酶Ubp3含量或者活性的抗真菌治疗的新策略 本发明涉及去泛素化酶基因Ubp3或其蛋白质的抑制剂或拮抗剂在制备抗真菌治疗药物中的用途。通过抑制真菌去泛素化酶Ubp3(YHR007C)的表达量或降低其活性可提高抗真菌药物的敏感性,降低抗真菌药物氟康唑使用浓度以及降低真... 李衍常 徐平 兰秋艳 王富强 常蕾 高慧英文献传递