杜海舰
- 作品数：4 被引量：4H指数：2
- 供职机构：中国科学院海洋研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金三亚市院地科技合作项目更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 青岛太平湾潮间带趋磁细菌多样性被引量：3
- 2016年
- 在青岛太平湾潮间带沉积物中发现了一定量的海洋趋磁细菌,最大丰度可达350个/cm^3。透射电镜观察发现该区域趋磁细菌均为趋磁球菌。磁小体个体形状单一,皆是立方体状;磁小体排列方式多样,以链状排列为主,包括单链、双链与多链,也有少数成簇排列。EDS结果表明,磁小体成分为四氧化三铁。据估算,趋磁细菌的铁元素含量(干重)范围在0.40%—6.91%之间,平均为2.19%。通过16S rRNA基因文库的构建与测序得到了47个趋磁细菌序列,分属13个OTU。系统发育分析结果表明,它们都属于α-变形菌纲,其中9个OTU与已知最相似序列的相似性低于97%,有5个OTU与已知最相似序列的相似性低于93%,可能代表了趋磁细菌的9个新种、5个新属,说明该区域潜在的微生物新种质资源十分可观。
- 徐丛张文燕陈一然张蕊董逸杜海舰潘红苗肖天
- 关键词：潮间带趋磁细菌多样性磁小体RRNA基因
- 基于高通量测序方法分析荣成月湖潮间带趋磁细菌多样性
- 2019年
- 摘要:荣成月湖是一个典型天然潟湖,潮间带沉积物中存在多种形态趋磁细菌。通过Roche454高通量测序平台,对沉积物样品(B_S)和磁收样品(B_M)进行16SrRNA基因高通量测序,认识荣成潮间带沉积物的细菌群落结构,并了解趋磁细菌多样性及系统进化地位。研究结果表明沉积物样品中主要的细菌类群为δ-变形菌纲,占总细菌数的26.4%,其次是γ-变形菌纲和α-变形菌纲;而磁收样品中细菌多样性和种类明显降低,以α-变形菌纲占绝对优势,相对比例达72.6%。在磁收样品和沉积物样品分别发现了1612条和186条reads与趋磁细菌相关,分别占细菌总数的5.76%和0.85%,磁收样品中趋磁细菌数是沉积物样品的6.8倍。对两个样品中获得的趋磁细菌序列进行系统进化分析,发现这些序列多数属于变形菌门的α-变形菌纲,以趋磁球菌占绝对优势,少数属于δ-变形菌纲,与多细胞趋磁原核生物亲缘关系最近。海洋趋磁螺菌属仅在B_M样品中检出,趋磁弧菌属在B_M样品优势度高于B_S样品,而多细胞趋磁原核生物和趋磁螺菌属在B_S样品中优势度更高。通过分析样品间的差异OTUs,认为荣成潮间带沉积物中可能存在大量未知的趋磁细菌新类群。研究结果为下一步培养和开发趋磁细菌这一功能菌群,发现趋磁细菌新类群及趋磁细菌生态功能提供了基础资料。
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- 关键词：潮间带多样性趋磁细菌高通量测序
- Magnetospira sp. QH-2 MamK蛋白的结构和系统进化分析
- 2016年
- Magnetospira sp.QH-2是一株分离自黄海潮间带的海洋趋磁螺菌,该菌磁小体排列不整齐,并且磁小体链内某些区域排列疏松,推测与其磁小体岛上的mam K编码的Mam K蛋白相关。mam K开放阅读框大小为1086 bp,编码361个氨基酸,Mam K蛋白属于NBD_sugar-kinase_HSP70_actin超家族,为非跨膜蛋白;此外,还利用生物信息学工具预测Mam K蛋白二级和三级结构。系统进化分析显示Mam K蛋白的系统进化和16S r RNA基因的系统进化有一定差异,推测磁小体岛的获得可能与菌种的进化是独立的两个过程;淡水与海水中的趋磁螺菌虽然形态相似,但系统进化地位有一定差异,可能是两者不同生境下适应性演化的结果。
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- 关键词：系统进化RRNA基因
- 三亚天涯海角潮间带趋磁细菌特性被引量：2
- 2016年
- 在三亚天涯海角潮间带沉积物中发现了一定量的海洋趋磁细菌,最大丰度可达100个/cm3。透射电子显微镜（TEM）观察发现该区域趋磁细菌绝大多数为趋磁球菌。磁小体形状单一,皆为棱柱形；磁小体排列方式多样,以链状排列为主,包括单链、双链,也有少数成簇排列。高分辨率透射电子显微镜（HRTEM）与 X-射线能谱仪（EDXS）结果表明,磁小体成分为 Fe3O4。趋磁细菌的铁含量平均为2.05%（0.70%-7.53%）。通过16S rRNA基因文库的构建与测序,在78个阳性克隆中得到了16个趋磁细菌序列,分属9个OTU。系统发育分析结果表明,其中8个OTU属于α-变形菌纲,1个OTU属于γ-变形菌纲。在全部9个OTU中,有8个OTU与已知趋磁细菌序列的相似性低于97%,有5个OTU与已知趋磁细菌序列的相似性低于93%,说明该区域存在可观的趋磁细菌资源。
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- 关键词：潮间带趋磁细菌多样性磁小体RRNA基因
