李新
- 作品数：8 被引量：23H指数：2
- 供职机构：青海大学农林科学院更多>>
- 发文基金：国家重点实验室开放基金国家现代农业产业技术体系建设项目国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 野生六棱大麦叶绿体基因组特征及系统发育分析
- 2024年
- 野生六棱大麦(Hordeum agriocrithon)广泛分布在青藏高原上,被认为是六棱栽培大麦的野生祖先。为揭示野生六棱大麦叶绿体基因组(chloroplast DNA,cpDNA)结构特征和系统发育关系,利用Illumina Hiseq 6000测序平台对其进行高通量测序,并以钝稃野大麦(H.spontaneum)叶绿体基因组为参考进行序列组装及质控;利用生物信息学手段,对野生六棱大麦的叶绿体基因组进行注释及特征分析;同时,以玉米(Zea mays)和禾本科(Gramineae)针茅属(Stipa)物种Stipa lipskyi为外类群,通过MEGA X软件构建最大似然法(maximum likelihood method,ML)系统发育树,分析野生六棱大麦系统发育关系。研究表明,野生六棱大麦叶绿体基因组总G+C含量为38.32%,全长136462 bp,包含1对长度为21582 bp的反向重复区(in⁃verted repeats region,IRs),1个长度为80597 bp的大单拷贝区(large single copy region,LSC)和1个长度为12701 bp的小单拷贝区(small single copy region,SSC),为典型的四分体结构。在野生六棱大麦叶绿体基因组中共检测到129个基因,分别是83个编码基因、38个tRNA基因和8个rRNA基因;另外,共检测到46个散在重复序列(dispersedrepeated sequences)和178个简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)位点,大部分SSR是由A/T组成的单碱基重复序列。密码子偏好性分析结果表明,野生六棱大麦有偏好性,且偏好使用以A/U结尾的密码子。结合IR边界分析和序列比较分析,结果表明,除碱大麦(Hordeum marinum)外,野生六棱大麦、栽培二棱大麦(Hordeum distichon)、钝稃野大麦和大麦(Hordeum vulgare)的叶绿体基因组结构具有较高保守性,且序列变异主要发生在LSC的非编码序列上。系统发育分析结果表明野生六棱大麦与大麦属(Hordeum)物种聚类在一起,且与大麦亲缘关系最近。本研究获得了野生六棱大麦的叶绿体基因组序列,明确了与小麦族(Triticeae)物种间的亲缘关系,为研究大麦属物种的系统进化及
- 余鑫莲李新
- 关键词：叶绿体基因组密码子偏好性系统发育关系
- 不同种植模式对青稞根际土壤微生物群落结构的影响被引量：13
- 2021年
- 采用Illumina MiSeq高通量测序技术,对6种种植模式下青稞根际土壤的16S rDNA和18S rDNA基因相关区片段进行测序,研究根际土壤细、真菌群落结构的变化,并结合土壤理化性质,分析环境因子与群落结构的关系,从根际土壤微生物生态系统的角度解析青稞连作障碍的发生机制。6种种植模式中,土壤有机质和全氮含量WHD模式最高,全磷含量YC模式最高,全钾含量MLS模式最高,pH均为碱性;3种连作模式下,随着连作年限的增长,土壤有机质、全氮和全钾逐年降低,全磷显著升高。6种种植模式下,细菌和真菌群落Alpha多样性指数和覆盖度没有显著差异,与连作相比,WHD和MLS模式可显著提高细菌群落的Shannon指数、ACE指数和Chao1指数;与混作、轮作相比,连作显著提高真菌群落的Shannon指数和ACE指数,但Chao1指数差异不显著;连作使细菌群落Alpha多样性减小,真菌群落Alpha多样性增加。6种种植模式下,genus水平群落结构表现为连作使青稞根际土壤中微生物区系发生较大改变,导致有害菌群丰度增加,有益菌群数量减少,尤其是真菌菌群发生较大改变,而轮、混作模式使优势菌群及新种数量明显增加。细菌、真菌群落PCoA分析结果表明,微生物群落在6种种植模式间变异较小且未发生明显分化,PC1、PC2的总解释能力均大于80%,表明有显著主导因子。细菌、真菌群落与土壤理化性质关系显示,土壤有机质、全氮与提高WDH、QKA模式下的细菌群落多样性呈正相关,而pH、有机质、全氮与提高WDH、YC、QKB模式下的真菌群落多样性呈正相关。表明,与连作相比,WDH和MLS模式可改善土壤理化性质,提高根际细菌群落结构多样性及微生物群落组成,是缓解青稞连作障碍的可能途径,可为青稞连作障碍修复措施的制定提供科学依据。
- 姚有华王玉林姚晓华安立昆白羿雄李新李新
- 关键词：高通量测序微生物群落结构
- 作物抗倒伏相关性状及其信号转导调控机理的研究进展被引量：2
- 2021年
- 倒伏是影响作物品种选育和产业化推广的重要限制因子,会使作物籽粒与秸秆的产量和品质显著降低且易引发病虫害,不利于机械化收割使作物经济效益显著降低。株高、茎秆强度、壁厚、分蘖数、分蘖夹角等性状同作物茎秆抗倒伏特性密切相关。倒伏主要分为为根倒伏和茎倒伏,茎倒伏与茎秆特性相关,其中株高与分蘖数分别受赤霉素信号转导和独脚金内酯信号转导的调控;根部各性状主要受生长素、乙烯以及细胞分裂素等激素信号转导的调节。本文对植物抗倒伏相关性状与抗倒伏的关系以及各重要性状相关信号转导途径方面的研究进行综述,并对基于激素信号转导途径的作物抗倒伏性状改良和分子育种今后的研究方向进行了展望。
- 白羿雄赵小红姚晓华李新李新
- 关键词：作物抗倒伏信号转导赤霉素
- 促生菌接种对青稞根际土壤微生物群落结构的影响被引量：7
- 2021年
- 【目的】本研究探讨了促生菌浸种处理对青稞根际土壤微生物群落结构和菌群多样性的影响,旨在为促生菌在青稞生产中应用提供理论依据。【方法】利用前期筛选出的2株促生菌TSXJ4与GSXJ进行浸种处理,于青稞灌浆期采集根际土壤样品,采用MiSeq高通量测序技术,分析鉴定青稞根际土壤微生物群落结构和菌群多样性。【结果】促生菌浸种改变了青稞根际土壤中细菌及真菌的群落结构,真菌群落结构的变化较为明显。根际土壤细菌丰富度和多样性表现为GSXJ4>TSXJ4>CK,真菌丰富度和多样性结果与细菌相反;细菌群落中影响较大的为Actinobacteria及Sphingobacteriia,通过浸种处理,Actinobacteria数量明显上升,而Sphingobacteriia数量明显下降;在真菌群落中影响较大的为Agaricomycetes及Pezizomycetes,通过浸种处理,Agaricomycetes数量明显下降,而Pezizomycetes,数量明显上升。【结论】促生菌浸种提高了青稞根际土壤中细菌的丰富度和多样性,而降低了真菌的丰富度和多样性;青稞根际土壤放线菌纲微生物反应对促生菌浸种较为敏感,且真菌各菌群数目变化波动较大;促生菌浸种使青稞根际土壤细菌种群多样性增加,但优势菌群种类及数量较稳定,且真菌种类变化较细菌明显。
- 姚有华王玉林姚晓华白羿雄安立昆李新李新
- 关键词：青稞根际土壤微生物群落结构
- 麦类作物蓝粒性状遗传与调控机制研究进展
- 2024年
- 麦类作物是我国主要的粮食作物,大部分麦类作物籽粒的种皮、果皮或胚乳因花青素的积累表现出蓝、紫、黄或黑等不同颜色。蓝粒麦类作物含有许多优异的品质性状。本文从麦类作物籽粒颜色的分类、蓝色的籽粒品质、蓝粒性状的形成及遗传方式、基因定位和调控机制方面进行综述,并提出了展望,为进一步认识和利用蓝粒麦类作物提供参考,也为麦类作物蓝粒性状基因的精细定位和形成机制研究提供依据。
- 李红艳姚晓华姚有华李新李新
- 关键词：麦类作物
- 青海大黄油菜Brsc1基因的精细定位及图谱整合被引量：1
- 2015年
- 大黄油菜是源于青海湟源的地方品种,种皮颜色鲜黄,其大黄油菜的黄籽性状受1对隐性基因（Brsc1）控制,该基因被定位于白菜A9染色体上一段1.7 Mb的区间内。为了更好地利用这一黄籽资源,对Brsc1基因进一步精细定位。利用青海大黄油菜和褐籽白菜型油菜09A-126构建BC4及F2分离群体。利用白菜同源区段内已公布的SSR标记,同时利用该区段序列信息开发新的SSR引物,共获得6个与目标基因紧密连锁的标记（Br ID10711、Br A5~Br A9）,其中Br A5与目标基因共分离,Br A9为一侧最近标记,它与目标基因之间的遗传图距为0.69 c M。至此,Brsc1基因进一步被限定于标记Y06和Br A9之间约1.2 Mb的区间内。利用本研究中获得的标记检测F2群体中3种类型单株,鉴定出一个共显性标记Br A8。将本研究中获得的SSR标记与前人研究结果进行整合,加密了Brsc1基因所在区间的标记密度。同时,特异片段与拟南芥基因组进行序列比对的结果表明,共有5个标记与拟南芥的第1染色体有较好的共线性关系,暗示Brsc1基因的同源基因可能位于拟南芥的第1染色体上。本研究中获得的标记将为Brsc1基因的克隆及利用Brsc1基因进行黄籽油菜的分子辅助育种提供有利条件。
- 李新肖麓杜德志
- 关键词：白菜型油菜黄籽SSR标记物理图谱
- 比较作图与图位克隆相结合揭示芥菜型油菜多室性状的候选基因
- 多室油菜在提高油菜产量方面具有一定的潜力,是一种重要的油菜种质资源。前期的遗传学研究表明,青海芥菜型多室油菜的多室性状受两对隐性核基因Bjln1和Bjln2控制。Bjln1基因位于芥菜型油菜的A7染色体上,候选基因为Bj...
- 陈翠萍肖麓李新杜德志
- 关键词：芥菜型油菜基因定位图位克隆
- 文献传递
- 青稞硝酸盐转运蛋白基因HvnNPF4.5的克隆和亚细胞定位
- 2022年
- 植物硝酸盐转运蛋白家族NPFs(Nitrate Transpoter1/Peptide Transporter Family)属于一类低亲和硝酸盐转运蛋白家族,在植物氮素吸收和转运过程中发挥着重要作用,NPFs基因家族是目前植物氮素吸收、转运和同化相关基因家族研究的热点。该研究从“昆仑14”青稞中克隆了HvnNPF4.5基因和其启动子区域序列,并对HvnNPF4.5基因和蛋白结构、系统进化和亚细胞定位进行了研究。结果表明:HvnNPF4.5基因序列含有2个内含子,启动子区域有与干旱以及脱落酸、赤霉素、生长素相关的顺式作用元件;HvnNPF4.5蛋白由614个氨基酸组成,分子量为66875.31 Da,总原子数为9465个,亲水系数为0.317,理论等电点为8.85,不稳定指数36.98,脂溶性指数为100.43,有8个磷酸化位点和12个跨膜结构,没有信号肽;HvnNPF4.5蛋白二级结构中α螺旋、延长链、β转角、无规则卷曲分别占48.83%、11.83%、3.5%、35.83%;HvnNPF4.5和其他物种的同源蛋白都有MFS结构域,将HvnNPF4.5与其他植物的氨基酸序列进行比较并构建系统进化树,发现青稞HvnNPF4.5与大麦HvNPF4.5、节节麦AtsNPF4.5的亲缘关系最近;亚细胞定位结果显示HvNPF4.5定位在细胞膜上。
- 刘凡语安立昆姚晓华姚有华崔永梅白羿雄李新吴昆仑
- 关键词：青稞生物信息学分析
