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陆广琴
作品数:
4
被引量:12
H指数:2
供职机构:
上海海洋大学
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发文基金:
国家自然科学基金
国家教育部博士点基金
上海市教育委员会重点学科基金
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相关领域:
生物学
农业科学
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合作作者
周志刚
上海海洋大学
毕燕会
上海海洋大学
欧阳珑玲
上海海洋大学
刘士成
上海水产大学生命科学与技术学院...
王丽丽
上海水产大学生命科学与技术学院...
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雄配子体
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雌配子体
机构
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上海海洋大学
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上海水产大学
作者
4篇
陆广琴
3篇
周志刚
2篇
毕燕会
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胡乐琴
1篇
邹丹燕
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王丽丽
1篇
欧阳珑玲
1篇
刘士成
传媒
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中国水产科学
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安徽农业科学
年份
2篇
2009
1篇
2008
1篇
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海带配子体抑制消减文库的生物信息学分析及lhcf5基因的序列特征研究
本研究将海带配子体eDNA抑制消减文库所产生的627克隆进行测序,按照序列匹配部分大于100 bp并达到95%以上相似性的标准,使用DNAMAN软件去除低质量的EST,将剩下的618条EST聚类成187条TUGs。其中9...
陆广琴
关键词:
海带配子体
生物信息学
序列标签
文献传递
利用SMART技术构建海带配子体cDNA文库
被引量:5
2006年
用Trizol试剂提取海带配子体总RNA,用SMARTcDNA文库构建试剂盒构建cDNA文库。经测定原始文库滴度达到1.1×10^8Pfu/ml,文库有500m体积,库容量为5.5×10^7Pfu,通过PCR检测,文库的重组率达100%,扩增出的片段主要集中在0.8—1.8kb,平均插入片段长度约为1.34kb。这些数据表明,已获得高质量的海带cDNA文库,为海带基因资源保存及新基因的克隆奠定了基础。
胡乐琴
陆广琴
刘士成
王丽丽
毕燕会
周志刚
关键词:
海带
配子体
CDNA文库
噬菌体
海带雄配子体抑制消减cDNA文库的生物信息学分析
被引量:7
2009年
对海带(Laminaria japonica Aresch).雄配子体抑制消减cDNA文库进行生物信息学分析,并通过Northern印迹杂交进一步验证了雄配子体2个优先表达的基因。结果表明,(1)由627个克隆产生的618条高质量cDNA可聚类成187条非冗余序列(NRS);其中93条Contig由524条cDNA拼接而成,剩下的94条为Singleton(只有单条cDNA),冗余率达69.74%。(2)5条NRS因与rRNA基因相匹配而不进行分析;60条NRS与GenBank中注释蛋白基因显著匹配;122条NRS无显著匹配。(3)大部分已知功能的基因与物质和能量代谢(26.7%)、生长发育(13.3%)有关,其中与叶绿体光捕获蛋白复合体有关的基因有106条cDNA,所涉及的有lhcf6基因(62条cDNA)与fcp基因(12条cDNA)等。(4)经Northern印迹杂交证实lhcf6和fcp2个基因在处于营养生长期的雄配子体中优先表达。(5)90条Contig的总G+C含量平均值为52.58%,表明了密码子的使用对G、C有明显的倾向性;20个推测功能蛋白(1520密码子)密码子第三位碱基的使用偏好C(40.7%),其次是G(33.9%);终止密码子的使用偏好TGA(54.5%)。本研究为海带雌、雄配子体差异表达基因克隆、分析和功能基因组学等研究提供了信息。
陆广琴
欧阳珑玲
周志刚
关键词:
海带
配子体
抑制消减杂交
CDNA
海带配子体Ihcf5基因的克隆及在雌、雄配子体中的差异表达分析
根据海带(Laminaria japonica)雄配子体抑制消减cDNA文库中E04克隆序列及糖海带(L.saccharina)lhcf5基因的cDNA序列(GenBank登录号:AF226861)设计引物并进行反转录P...
邹丹燕
陆广琴
毕燕会
周志刚
关键词:
海带
雌配子体
雄配子体
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