王方圆
- 作品数：3 被引量：3H指数：1
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- 分块递归序列比对算法
- 2010年
- 利用分块递归的思想,结合检查点计算方法,提出一种线性空间复杂度序列比对算法,对于给定长为m和n的2条序列,空间需求约5(m+n)+Lsmin(m-1,n-1)+C2~5(m+n)+Ls(m+n-2)+C2,而时间需求一般情况下约1.5mn^3mn,在待比对序列相似度较高时约1.5mn^2mn,并通过同源物种全基因组序列比对实验证明,如果归一化编辑距离小于0.25,那么该算法比Hirschberg算法快10%以上.
- 李玉鑑王方圆
- 关键词：检查点
- 基于序列两两比较的进化树构造方法研究
- 系统进化分析是生物信息学中的重要研究领域,它的主要研究手段是从一组同源的DNA或蛋白质序列出发,计算各个序列之间的进化距离,进而构建反映物种进化关系的进化树。构建进化树的方法主要分为三类,即距离法、简约法和似然法。本文将...
- 王方圆
- 关键词：多序列比对
- 文献传递
- 基于归一化编辑距离的系统进化树重构
- 2008年
- 为了克服传统距离法在构建进化树时需要进行多序列比对所带来的计算复杂度问题,提出了利用两两序列之间的归一化编辑距离矩阵来构造进化树的方法.通过对11种脊椎动物和20种哺乳动物的Nd5、Nd4和cytb的基因序列以及线粒体全基因组序列数据,分别计算归一化编辑距离矩阵,并使用Neighbor-Joining法,重建了一些已被多种方法验证过的进化树。
- 李玉鉴王方圆
- 关键词：系统进化树多序列比对
