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山羊TYRP 1基因编码蛋白结构及功能的生物信息学分析被引量：7: 2015年; 为进一步探明山羊酪氨酸相关蛋白酶1(TYRP1)基因的结构和功能信息,通过生物信息学方法对山羊TYRP1基因编码蛋白的一级结构、二级结构、亚细胞定位和三级结构进行预测和分析,同时构建TYRP1基因的系统发育树。结果表明:山羊TYRP1基因共编码537个氨基酸,其编码产物为不稳定的亲水蛋白。二级结构主要以α螺旋和β折叠为主,存在二硫键、信号肽和跨膜结构域。亚细胞定位山羊TYRP1基因编码产物主要存在于内质网中;山羊TYRP1与绵羊的关系最为密切,其次是家牛、牦牛、野猪、羊驼、家猫、人和家兔,上述物种的系统进化情况与其同源性基本一致。说明,TYRP1基因编码产物在长期的生物进化过程中保守性较强。; 李丽莎李祥龙毛艳朋周荣艳李兰会张永改马梦云; 关键词：山羊毛色蛋白质结构生物信息学

不同物种Mchr1基因编码区生物信息学分析: 2014年; 采用比较基因组学和生物信息学的方法分析了人、黑猩猩、玻利维亚灰鼠猴、猕猴、蒙眼貂、裸鼢鼠、佛罗里达海牛、小家鼠、小马岛猬共9个物种的黑色素浓集激素受体1（Mchr1）基因编码区（CDS）的遗传多样性,并对其氨基酸序列、蛋白结构等进行预测.结果表明,来自9个物种的44个Mchr1基因序列中共检测到多态位点200个,其中单一多态位点81个,单倍型14种,Mchr1基因CDS在种内表现较为保守,种间则表现出较丰富的遗传多样性.Mchr1蛋白为疏水性蛋白,理论等电点均大于7,肽链的不稳定系数介于36.26～44.21,均较稳定.Mchr1蛋白位于细胞质中.; 马梦云李祥龙周荣艳李兰会; 关键词：编码区生物信息学

山羊朊蛋白基因(PRNP)调控区转录因子结合位点的筛选: 羊痒病是一种传染性海绵状脑病(TSEs)，是由正常的宿主细胞型朊蛋白构象改变且在中枢神经系统中积累引起的。山羊痒病是由以α螺旋为主的细胞型朊蛋白PrPc转变为富含β折叠的致病型朊蛋白PrPsc引起的。PrPc基因(PRN...; 马梦云; 关键词：朊蛋白基因转录因子结合位点

酪氨酸相关蛋白酶1基因编码区系统发育分析和正选择位点检测被引量：1: 2015年; 酪氨酸相关蛋白酶1(tyrosinase-related protein 1,TYRP1)是酪氨酸酶家族成员之一,也是第一个成功克隆的色素基因。为了探究选择压力对TYRP1基因在生物进化过程中的影响。本研究利用NCBI下载不同物种TYRP1基因编码区核苷酸及其蛋白序列,通过Clustal X对TYRP1基因编码蛋白序列进行比对,利用Pal2nal在线工具生成密码子多序列比对,DAMBE软件判断该碱基替代饱和度适合构建系统树后,利用最大似然法和PAML软件分别分析不同物种TYRP1基因的亲缘关系和选择压力。结果表明,TYRP1基因进化与哺乳动物的进化分类最为接近,位点模型检测表明TYRP1基因在适应性进化中主要受负选择的约束,而且在进化过程中曾承受正选择作用,共检测到13个正选择位点。本研究从分子进化的角度分析了TYRP1基因的生物进化模式,为该基因结构和功能的研究提供了新的思路。; 李丽莎李祥龙周荣艳李兰会张永改马梦云; 关键词：毛色

MC1R基因编码区的系统发育分析和正选择位点检测被引量：2: 2016年; 黑素皮质素受体1(melanocortin 1 receptor,MC1R)基因在黑色素细胞的表达上发挥重要作用,并与皮肤色素沉积密切相关。MC1R基因的选择压力分析对识别重要的功能位点具有深远影响。为研究不同动物MC1R基因在进化过程中是否受到正选择作用,基于位点模型对MC1R基因进行研究。结果表明,动物MC1R基因主要经历中性漂变和纯化选择作用,并且发现MC1R基因受到正选择作用的是编码29、191、253、304氨基酸的位点。本研究从分子进化的角度为MC1R基因调控黑色素的形成提供了一个新的思路。; 李丽莎李祥龙周荣艳李兰会张永改马梦云张秀玲; 关键词：MC1R 分子进化系统发育正选择

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马梦云