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李丽莎: 作品数：16 被引量：77H指数：6; 供职机构：河北农业大学更多>>; 发文基金：河北省应用基础研究计划河北省科技计划项目国家现代农业产业技术体系建设项目更多>>; 相关领域：农业科学生物学理学环境科学与工程更多>>

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山羊TYRP 1基因编码蛋白结构及功能的生物信息学分析被引量：7: 2015年; 为进一步探明山羊酪氨酸相关蛋白酶1(TYRP1)基因的结构和功能信息,通过生物信息学方法对山羊TYRP1基因编码蛋白的一级结构、二级结构、亚细胞定位和三级结构进行预测和分析,同时构建TYRP1基因的系统发育树。结果表明:山羊TYRP1基因共编码537个氨基酸,其编码产物为不稳定的亲水蛋白。二级结构主要以α螺旋和β折叠为主,存在二硫键、信号肽和跨膜结构域。亚细胞定位山羊TYRP1基因编码产物主要存在于内质网中;山羊TYRP1与绵羊的关系最为密切,其次是家牛、牦牛、野猪、羊驼、家猫、人和家兔,上述物种的系统进化情况与其同源性基本一致。说明,TYRP1基因编码产物在长期的生物进化过程中保守性较强。; 李丽莎李祥龙毛艳朋周荣艳李兰会张永改马梦云; 关键词：山羊毛色蛋白质结构生物信息学

山羊酪氨酸相关蛋白1(TYRP1)基因密码子偏好性分析被引量：14: 2016年; 为TYRP1基因选择合适的表达系统及该基因编码蛋白的结构和功能的研究提供依据,运用CodonW软件和Usage Codon在线程序分析山羊酪氨酸相关蛋白1基因密码子偏性,比较不同物种TYRP1基因密码子使用偏性,并比较基于同义密码子相对使用度形成的聚类和基于编码区构建的系统发育结果。结果表明:山羊偏好使用的密码子有27个,以A/T结尾密码子的同义密码子相对使用度值明显偏高。山羊与藏羚羊、黑猩猩、家猫、家牛、家犬、家兔、绵羊、双峰驼、羊驼和野猪在密码子使用上相似,与家马不同。基于同义密码子相对使用度的聚类与基于编码区构建的系统发育结果不同,但TYRP1基因编码区形成的亲缘关系更可靠。; 李丽莎李祥龙周荣艳李兰会; 关键词：山羊密码子偏好性

哺乳动物TRPM1密码子使用偏性及其聚类分析被引量：2: 2016年; 瞬时受体势M亚基1(Transient receptor potential melastatin 1,TRPM1)是一种非选择性离子通道,主要通透Ca2+等二价金属阳离子。利用Codon W软件对15种哺乳动物TRPM1基因序列进行分析,比较了同义密码子相对使用度形成的聚类和编码区形成的系统发育树。结果表明,哺乳动物TRPM1基因对GCC、CAC、ATC、CTG、AAC、CCC、CAG、TCC、GTG和TAC密码子的使用存在偏好性,但终止密码子的使用不存在种属差异。密码子偏爱指数、有效密码子数、GC含量和密码子第三位的GC含量均能影响哺乳动物TRPM1基因所用密码子。两种聚类结果显示,由编码区形成的系统发育树能更准确反映物种间的亲缘关系。; 李丽莎李祥龙; 关键词：哺乳动物密码子偏好性聚类分析

动物毛色候选基因TYRP1的研究进展被引量：1: 2015年; 就TYRP1基因及其编码蛋白的结构和功能、多态性及在不同组织中的差异表达与毛色形成的关系进行了概述,并对今后在TYRP1基因方面的研究进行了展望。; 李丽莎李祥龙

山羊PMEL基因生物信息学分析被引量：3: 2016年; 基于生物基因组学数据库,对山羊PMEL基因进行生物信息学分析,为研究该基因的功能提供依据。根据Gen Bank中山羊PMEL基因编码蛋白序列(Gen Bank登录号:XP_005680442.1),利用Ex PASy数据库中的Prot Param、Prot Scale程序分别预测理化性质、疏水性;利用CBS Prediction Servers数据库中的Signal P、TMHMM、Protfun程序分别预测信号肽、跨膜区及其功能;利用Predict Protein、PSORTⅡPrediction、Motif Scan软件分别预测二级结构、亚细胞定位、功能位点,并对不同物种PMEL基因构建系统发育树。结果表明:山羊PMEL基因共编码685个氨基酸,属可溶性不稳定蛋白,无信号肽,在接近肽链的C-端存在1个跨膜区;二级结构以无规卷曲为主,该蛋白主要在内质网中发挥运输、结合、信号转导作用;不同物种PMEL基因的系统进化情况与生物进化过程中的动物学分类相符。山羊PMEL基因编码蛋白在生物进化中具有较强保守性,该基因结构和功能的分析为山羊PMEL基因遗传特性的进一步研究奠定了基础。; 李丽莎李祥龙毛艳朋; 关键词：山羊生物信息

酪氨酸相关蛋白酶1基因编码区系统发育分析和正选择位点检测被引量：1: 2015年; 酪氨酸相关蛋白酶1(tyrosinase-related protein 1,TYRP1)是酪氨酸酶家族成员之一,也是第一个成功克隆的色素基因。为了探究选择压力对TYRP1基因在生物进化过程中的影响。本研究利用NCBI下载不同物种TYRP1基因编码区核苷酸及其蛋白序列,通过Clustal X对TYRP1基因编码蛋白序列进行比对,利用Pal2nal在线工具生成密码子多序列比对,DAMBE软件判断该碱基替代饱和度适合构建系统树后,利用最大似然法和PAML软件分别分析不同物种TYRP1基因的亲缘关系和选择压力。结果表明,TYRP1基因进化与哺乳动物的进化分类最为接近,位点模型检测表明TYRP1基因在适应性进化中主要受负选择的约束,而且在进化过程中曾承受正选择作用,共检测到13个正选择位点。本研究从分子进化的角度分析了TYRP1基因的生物进化模式,为该基因结构和功能的研究提供了新的思路。; 李丽莎李祥龙周荣艳李兰会张永改马梦云; 关键词：毛色

河北地方品种和五种商品蛋鸡蛋品质分析被引量：7: 2017年; 为了分析研究河北地方品种和五种商品蛋鸡蛋品质,试验测定了300日龄坝上长尾鸡、伊莎蛋鸡、海兰褐蛋鸡、海赛克斯鸡、京红蛋鸡、罗曼蛋鸡、慢羽和快羽太行鸡蛋各27枚,及400日龄坝上长尾鸡、快羽和慢羽太行鸡蛋各20枚的蛋品质。结果表明:在蛋形和蛋壳品质方面太行鸡好于其他商品蛋鸡,并且快羽太行鸡要优于慢羽太行鸡;在鸡蛋构成及品质方面,快慢羽太行鸡蛋的蛋重较小,但其他指标好于其他商品蛋鸡;快羽太行鸡的蛋黄重比慢羽太行鸡蛋大,但蛋重小。300~400日龄期间,太行鸡的蛋重、蛋黄重、蛋白重、蛋黄颜色均显著增加(P<0.05),蛋壳颜色a值降低;坝上长尾鸡的蛋黄重和蛋黄率相应增加,而蛋白重、蛋白率和蛋黄颜色降低,蛋壳颜色a值增加。; 张乐超刘春杨张秀玲刘小辉李丽莎魏颜辉李兰会李祥龙; 关键词：蛋品质商品蛋鸡快慢羽

河北省肉牛场饮水质量的调查研究: 2013年; 本试验旨在研究河北省肉牛场中牛和人的饮用水质量。选择不同地区6个有代表性的肉牛育肥场,对牛和人饮用水的理化指标、毒理和细菌指标进行检测。结果表明:牛和人饮用水的理化和毒理指标基本符合国家标准,但沿海地区的肉牛场饮水中氯化物、硫酸盐、溶解性总固体和氟化物含量明显高于其他肉牛场,尤其是人饮用水的氟化物含量已经超标,地势较高的山区肉牛场饮水中溶解性总固体含量明显低于其他肉牛场。不同肉牛场牛和人饮用水的细菌含量差异明显,各肉牛场的牛饮用水中细菌含量均高于人饮用水,经过消毒的饮用水中细菌含量最低,约为26 CFU/mL,而没有消毒的饮水中细菌含量最高可达4 052 CFU/mL,且50%的肉牛场人饮用水中细菌含量超标,最高达到国家标准的6倍。因此,肉牛场中牛和人的饮水质量要引起重视,适当采取水源保护、饮水消毒等措施,并加强饮水的水质检测,确保牛场人畜饮水的安全。; 高玉红曹玉凤于海川赵凤存李丽莎王云娜; 关键词：环境质量饮水肉牛微生物

山羊TRPM1基因CDS区生物信息学分析被引量：2: 2015年; 基于Gen Bank数据库中山羊TRPM1基因CDS区序列,使用Singnal P、TMHMM、Predict Protein、SWISS-MODEL、Prot Fun、PSORT等在线程序和DNAStar Lascrgene软件包预测TRPM1基因编码蛋白的结构和功能等,通过Clustal W进行序列比对,利用PHYML的最大似然法构建系统发育树,为该基因功能研究提供理论依据。结果表明,山羊TRPM1基因CDS区共编码1 634个氨基酸,无信号肽,含有6个跨膜区和较多的亲水区、柔韧区,抗原指数较高的区域与亲水区域的分布较为一致。二级结构以α螺旋和无规卷曲为主,大部分的氨基酸位点较为保守,可变区主要分布在近羧基端区。TRPM1蛋白主要在质膜中发挥运输和结合的作用,同时还作为运载体在细胞内发挥其生物学作用。系统进化情况和动物分类学基本一致,山羊和绵羊的亲缘关系最近。; 李丽莎李祥龙毛艳朋吕彦英郭伟婷; 关键词：山羊生物信息学黑色素细胞

水貂TYRP1基因启动子活性和Sp1结合位点被引量：4: 2018年; 以同源性较高的雪貂TYRP1基因序列（Gen Bank：NW_004569257．1）为模板，通过PCR扩增7个不同长度的启动子缺失片段，定向克隆至pGL3-Basic载体中，利用脂质体转染到A375和293T细胞，通过双荧光素酶检测系统检测活性，利用多个在线软件分别分析启动子区活性及转录因子结合位点，并构建突变体进行活性验证。结果显示：成功构建7个不同长度的启动子缺失片段重组质粒，其中6个片段具有明显的启动子活性。-367／＋70区域为水貂丁豫．P1基因核心启动子区域，-367／-144区域的缺失，启动子活性无明显变化，-144／-37区域的缺失使启动子活性明显下降，表明该区域可能存在正调控元件。通过生物信息学方法预测可能存在Spl转录因子结合位点，构建的Mut-Spl-2突变体活性明显低于野生型pGL3—215，差异极显著（P〈0．01）。结果表明：成功筛选了水貂TYRPl基因核心启动子区域（-367／＋70），确定Spl（-56／-45）结合位点为转录的正调控区域。; 李丽莎李兰会李祥龙彭永东; 关键词：水貂启动子

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