李秋实
- 作品数：10 被引量：31H指数：3
- 供职机构：中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家科技支撑计划长江学者和创新团队发展计划更多>>
- 相关领域：农业科学医药卫生生物学更多>>
- 甘草酸合成生物学元件初探:甘草法呢基焦磷酸合酶基因的克隆及序列分析
- 甘草酸是中药甘草(Glycyrrhiza uralensis)的主要有效成分,法呢基焦磷酸合酶(famesyl-diphosphate synthase,FPS)是甘草酸合成途径中关键酶之一。根据甘草转录组数据设计引物,...
- 李滢牛云云宋经元罗红梅李秋实孙超
- 关键词：甘草甘草酸基因克隆
- 基于流式细胞技术的灵芝基因组大小估测被引量：17
- 2013年
- 以药典规定的灵芝正品来源灵芝Ganoderma lucidum作为研究对象,利用已完成全基因组测序的黑曲霉Aspergillus niger作为内标,通过机械破碎菌丝体的方法获得合适浓度的细胞核悬液,碘化丙啶荧光染色后成功应用流式细胞术进行基因组大小估测。经过优化材料培养、样品制备、上机分析等实验条件,估测得出灵芝基因组大小(48.98±0.60)Mb,为灵芝基因组学研究提供重要数据。该方法简捷稳定,在蕈菌范围内,首次得到了全基因组测序数据与光学图谱结果验证,为蕈菌基因组学研究提供重要技术平台。
- 李秋实徐江朱英杰孙超宋经元陈士林
- 关键词：DNA含量荧光染色蕈菌
- 甘草酸合成生物学元件初探：甘草法呢基焦磷酸合酶基因的克隆及序列分析
- 2013年
- 甘草酸是中药甘草的主要有效成分,法呢基焦磷酸合酶(FPS)是甘草酸合成途径中关键酶之一。根据甘草转录组数据设计引物,对FPS基因进行克隆,获得甘草FPS基因的全长编码序列。甘草FPS基因编码区全长1 029 bp,编码342个氨基酸残基。将甘草FPS基因与GenBank中其他植物FPS基因序列进行比对分析,发现其核酸序列与鹰嘴豆、苜蓿、蒺藜苜蓿、大豆、百脉根的序列相似度最高,分别达到94%、94%、93%、93%、92%。进一步的系统进化分析表明FPS基因具有较高的保守性,其序列进化树与植物分类一致。
- 李滢牛云云宋经元罗红梅李秋实孙超
- 关键词：甘草甘草酸基因克隆
- 基于ITS2条形码的五加皮基原植物及其易混品的鉴定被引量：6
- 2012年
- 目的:对五加皮基原植物及其易混品进行分子鉴别,为临床用药提供科学依据。方法:从GenBank数据库下载五加皮基原植物及其易混品的ITS2序列,经CodonCode Aligner,MEGA4.0等软件进行序列拼接和分析,构建NJ(邻接)、ME(最小进化)树,并应用Koetschan等建立的ITS2数据库及其网站预测ITS2二级结构辅助分析。结果:基于ITS2序列的两种系统聚类树都易于将五加皮基原植物细柱五加与其易混品鉴别开;比较与细柱五加亲缘关系较近的同属易混品二级结构可以看出,细柱五加在螺旋区茎环的数目、大小、位置以及螺旋臂由中心环伸出时的转角等方面,与其易混品间具有较明显区别。结论:ITS2序列可以将五加皮基原植物及其易混品区分开,在药用植物基原鉴定方面具有重要应用价值。
- 曾旭李秋实王钤谢丽芳张亚兰罗焜刘志华
- 关键词：五加皮DNA条形码ITS2分子鉴定
- 基于SMRT技术的叶绿体基因组高精度拼接与SNP检测
- 随着DNA测序技术的发展,完整叶绿体基因组序列的获取为单一DNA条形码区分缺乏足够序列变异的相近种属的缺陷提供了解决方案,使超级条形码(Super-Barcodes)的研究得到了实现.超级条形码对序列的准确性有较高的要求...
- 李秋实李滢宋经元徐海滨徐江朱英杰李西文陈士林
- 基于SMRT技术的叶绿体基因组高精度拼接与SNP检测
- <正>随着DNA测序技术的发展,完整叶绿体基因组序列的获取为单一DNA条形码区分缺乏足够序列变异的相近种属的缺陷提供了解决方案,使超级条形码(Super—Barcodes)的研究得到了实现。超级条形码对序列的准确性有较高...
- 李秋实李滢宋经元徐海滨徐江朱英杰李西文陈士林
- 文献传递
- 基于流式细胞分析技术的茯苓基因组大小测定被引量：14
- 2010年
- 目的:茯苓是担子菌多孔菌科的著名传统中药。本研究的目的在于测定茯苓的基因组大小并考察了其倍性与基因组的关系。方法:真菌材料的前处理参考文献报道[1],并用DNA特异性染料碘化丙啶进行染色,通过调节离心转速、染色时间等条件对样品进行核分离的优化。DNA含量用流式细胞仪进行分析,通过比较茯苓与内参黑曲霉G0/G1期峰比值计算得出。结果:茯苓的基因组大小测定为55.79±3.03Mb,或相对DNA含量为0.12±0.01pg(1pgDNA=0.965×109bp)。在结果中可以检测出黑曲霉和茯苓的G2/M期峰。结论:本研究探索了用流式细胞仪分析茯苓基因组大小的方法,所得数据可为基因组学研究提供了参考。
- 王亚之李秋实陈士林孙超宋经元
- 关键词：茯苓基因组大小流式细胞术黑曲霉
- 药用模式真菌灵芝交配型座位A和B的鉴定
- 本文以药用模式真菌灵芝的基因组及转录组数据为基础,通过生物信息学分析定位并分析灵芝交配型位点A和B。结果表明,灵芝交配型位点A位于灵芝基因组scaffold 1,其HD1编码基因为GL30607,HD2编码基因为GL30...
- 徐江李建琴王丽芝李秋实郭溆朱英杰李西文钱俊骆翔季爱佳廖保生宋经元孙超陈士林
- 关键词：灵芝交配型
- 文献传递
- 基于流式细胞术的赤芝基因组大小估测
- 目的：估测赤芝基因组大小。方法：以药典规定的灵芝正品来源赤芝Ganoderma lucidum作为研究对象,利用已完成全基因组测序的黑曲霉Aspergillus niger作为内标,通过机械破碎菌丝体的方法获得合适浓度的...
- 李秋实徐江朱英杰孙超宋经元陈士林
- 关键词：基因组流式细胞术
- 药用模式真菌灵芝交配型座位A和B的鉴定
- 本文以药用模式真菌灵芝的基因组及转录组数据为基础,通过生物信息学分析定位并分析灵芝交配型位点A和B.结果表明,灵芝交配型位点A位于灵芝基因组scaffold 1,其HD1编码基因为GL30607,HD2编码基因为GL30...
- 徐江季爱佳廖保生宋经元孙超陈士林李建琴王丽芝李秋实郭溆朱英杰李西文钱俊骆翔
- 关键词：灵芝基因组学育种工作
- 文献传递
