朱英杰
- 作品数：25 被引量：312H指数：9
- 供职机构：中国中医科学院中医药信息研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国际科技合作与交流专项项目国家科技支撑计划更多>>
- 相关领域：医药卫生农业科学生物学自动化与计算机技术更多>>
- 药用模式真菌灵芝交配型座位A和B的鉴定
- 本文以药用模式真菌灵芝的基因组及转录组数据为基础,通过生物信息学分析定位并分析灵芝交配型位点A和B。结果表明,灵芝交配型位点A位于灵芝基因组scaffold 1,其HD1编码基因为GL30607,HD2编码基因为GL30...
- 徐江李建琴王丽芝李秋实郭溆朱英杰李西文钱俊骆翔季爱佳廖保生宋经元孙超陈士林
- 关键词：灵芝交配型
- 文献传递
- 西洋参PqERF1基因的克隆和生物信息学分析被引量：12
- 2011年
- 乙烯响应因子(ethylene response factor,ERF)是具有PETALA2(AP2)结构域的转录因子。本研究通过西洋参(Panax quinquefolius L)的转录组高通量测序结果分析获得75条具有AP2结构域的转录因子序列,并克隆到一条开放阅读框为933对碱基的基因序列,定名为PqERF1。基因表达分析结果表明PqERF1基因受茉莉酸甲酯(MeJA)的诱导,这与人参皂苷含量的受诱导模式相同。蛋白结构预测结果表明PqERF1是定位于细胞核的具有完整保守的AP2结构域的转录因子,InterproScan蛋白功能结构域分析结果表明PqERF1很可能为发病机制相关蛋白;序列比对和进化关系分析结果也显示PqERF1与发病机制相关蛋白(烟草NtERF4)、次生代谢产物相关合成蛋白(野胡萝卜DcERF1)和花衰老相关蛋白(矮牵牛PhERF12)的相似性高,且系统进化关系较近。因此,推测PqERF1基因可能是参与西洋参次生代谢产物合成调节、抗病性和衰老相关的重要基因。
- 孙永珍牛云云李滢朱英杰罗红梅陈士林
- 关键词：西洋参实时荧光定量PCR次生代谢植物防御
- 基于叶绿体psbA-trnH基因间区序列鉴定肉苁蓉属植物(英文)被引量：24
- 2010年
- 肉苁蓉的干燥肉质茎是常用中药材, 药典收录基源植物有管花肉苁蓉和荒漠肉苁蓉两种, 但是市场上经常会与黄花列当、草苁蓉、盐生肉苁蓉及沙苁蓉等混用。本文对不同类群肉苁蓉及混淆品的叶绿体 psbA-trnH基因间区进行 PCR 扩增并测序, 获得了该区间的完整序列, 用 K-2P 法建立了系统进化树, 聚类结果与形态分类相符。所得结果显示, psbA-trnH 片段序列在肉苁蓉及混淆品种间存在丰富的变异, 肉苁蓉属各种的种间遗传距离从 0.077% 到 0.743%, 种内遗传距离从 0% 到 0.007%, 种内和种间存在明显的"barcoding gap"。肉苁蓉属各种与黄花列当的遗传距离为 0.979% 至 1.149%, 与草苁蓉的遗传距离为 1.066% 至 1.224%。研究结果表明psbA-trnH 基因间区可以作为条形码来鉴定肉苁蓉及其混淆品。
- 韩建萍宋经元刘昶陈君钱俊朱英杰石林春姚辉陈士林
- 关键词：肉苁蓉
- 重楼属DNA条形码筛选与鉴定方法研究
- DNA条形码是一种利用短的、标准的DNA片段鉴定物种的新兴技术。本论文旨在评价DNA条形码候选序列对重楼属的鉴定作用，探讨重楼属植物鉴定新方法，另外，以百合纲ITS2序列作为研究对象，对DNA条形码鉴定算法进行比较，并考...
- 朱英杰
- 关键词：重楼属DNA条形码物种鉴定隐马尔科夫模型
- 文献传递
- 基于全基因组和转录组分析的赤芝密码子使用偏好性比较研究被引量：14
- 2014年
- 密码子使用偏好性是物种在遗传信息传递过程中的一个重要特点,分析物种的密码子使用偏好性对于了解该物种遗传信息的传递规律具有重要意义。原有的密码子偏好性分析主要基于全基因组数据完成,然而由于目前可获得的高等生物全基因组数据有限,使得密码子偏好性分析受到了极大的限制。本研究通过分析赤芝[Ganoderma lucidum(Curtis:Fr.)P.Karst]全基因组及其液体培养菌丝、原基和子实体大规模转录组数据,发现基于全基因组和转录组数据分析获得的所有氨基酸的最优密码子完全一致。以上研究结果表明,利用大规模转录组数据代替基因组数据分析物种密码子使用偏好性具有可行性。通过计算26个赤芝萜类合酶(terpene synthase,TS)编码基因中大肠杆菌和酿酒酵母稀有密码子所占比例,发现酿酒酵母稀有密码子在赤芝TS基因中所占比例较高,而大肠杆菌稀有密码子所占比例相对较低,表明赤芝TS基因更难以在酿酒酵母中进行表达。参照酵母最优密码子,利用化学方法全合成TS基因将是解决外源基因与底盘系统密码子不匹配问题的有效手段。
- 朱孝轩朱英杰宋经元孙超陈士林
- 关键词：赤芝基因组转录组密码子偏好性
- 基于丹参全基因组鉴定活性成分合成相关AP2/ERF转录因子
- [背景和目的]AP2/ERF转录因子家族是植物最大转录因子家族之一,调控药用植物活性成分的生物合成.丹参作为中药研究的理想模式植物,AP2/ERF对丹参酮和丹酚酸合成的调控作用未见报道.本研究基于丹参全基因组和转录组数据...
- 季爱加罗红梅张鑫徐志超朱英杰宋经元陈士林
- 赤芝核基因密码子使用偏好性分析
- 赤芝(Ganoderma lucidum)是一种具有悠久药用历史的药用真菌，其主要活性成分灵芝三萜具有重要的药用价值，为了实现灵芝三萜的体外高效异源合成，就要首先了解赤芝的密码子使用特性，从而有针对性的提高关键酶基因在原...
- 朱英杰朱孝轩孙超陈士林
- 关键词：赤芝基因组转录组
- RP—HPLC测定曼地亚红豆杉中紫杉醇的含量
- 2009年
- 为建立曼地亚红豆杉中紫杉醇含量测定的反向高效液相色谱分析方法，采用Diamond C18（250mm×4．6mm，5μm）色谱柱，柱温30℃；乙腈-水（52：48）作为流动相，流速1．0mL／min；检测波长227／nm。经测定曼地亚红豆杉枝叶中紫杉醇平均含量达到0．0237％，使用该检测方法可将紫杉醇与其类似物分离。曼地亚红豆杉枝叶中紫杉醇含量较高，该检测方法稳定，可用于紫杉醇的快速定量测定。
- 朱英杰谭睿刘伯平李洋王江林
- 关键词：曼地亚红豆杉紫杉醇RP-HPLC大孔吸附树脂
- 基于流式细胞技术的灵芝基因组大小估测被引量：16
- 2013年
- 以药典规定的灵芝正品来源灵芝Ganoderma lucidum作为研究对象,利用已完成全基因组测序的黑曲霉Aspergillus niger作为内标,通过机械破碎菌丝体的方法获得合适浓度的细胞核悬液,碘化丙啶荧光染色后成功应用流式细胞术进行基因组大小估测。经过优化材料培养、样品制备、上机分析等实验条件,估测得出灵芝基因组大小(48.98±0.60)Mb,为灵芝基因组学研究提供重要数据。该方法简捷稳定,在蕈菌范围内,首次得到了全基因组测序数据与光学图谱结果验证,为蕈菌基因组学研究提供重要技术平台。
- 李秋实徐江朱英杰孙超宋经元陈士林
- 关键词：DNA含量荧光染色蕈菌
- 金银花中表达基因密码子偏好性分析被引量：3
- 2013年
- 密码子是生物体中重要的遗传信息载体,经过长期进化,不同的生物体对同一密码子形成了一定程度的使用偏好性。本研究对已获得的金银花转录组进行基因预测,利用CodonW程序对所有含有完整阅读框的预测基因,以及参与绿原酸合成的羟基化肉桂酰转移酶(HQT)基因进行密码子偏好性分析。并将HQT基因与大肠杆菌、酵母和拟南芥全基因组的密码子使用频率进行比较,为在细菌、真菌和植物中表达金银花中HQT基因,或通过合成生物学手段异源合成绿原酸奠定了前期研究基础。
- 何柳朱英杰孙超
- 关键词：密码子转录组金银花绿原酸
