孙晓明
- 作品数：4 被引量：7H指数：2
- 供职机构：中国林业科学研究院森林生态环境与保护研究所更多>>
- 发文基金：中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金项目引进国际先进林业科学技术项目国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 基于杨生褐盘二孢菌2个专化型的ITS2二级结构特征分析被引量：2
- 2015年
- 【目的】杨生褐盘二孢菌在杨属的不同寄主上存在2个专化型,根据形态特征和现有的一些核酸分子序列标记上不易区分;本文在利用盘二孢属核糖体转录间隔区(ITS)序列构建的系统发育树基础上,结合ITS2区分2个专化型的特异性。【方法】对23株杨生褐盘二孢菌孢子形态特征观察。以基因组DNA为模板进行PCR扩增,得到ITS序列。对从NCBI数据库中下载的盘二孢属的参考ITS序列,分别利用最大似然法、最大简约法和贝叶斯法构建3种系统发育树。同时,结合应用The ITS2 database预测ITS2二级结构模型,从分子进化角度分析杨生褐盘二孢菌2个专化型的特性。【结果】在寄主叶片上挑取的病原菌孢子形态比较典型,而在培养基上培养的孢子形态差异较大,不能依据传统的芽管萌发数有效区分2个专化型。3种ITS序列系统发育树可区分盘二孢属的3个种,但无法将参考ITS序列准确定位到专化型中。通过比较盘二孢属ITS2二级结构发现:蔷薇盘二孢菌和苹果盘二孢菌种内的菌株以及包括参考ITS序列在内的杨生褐盘二孢菌同一专化型的ITS2二级结构模型完全相同,但3个种之间及杨生褐盘二孢菌2专化型之间,ITS2二级结构上有多个位点的碱基差异。其中,杨生褐盘二孢菌白杨专化型的ITS2二级结构中螺旋Ⅰ上第17位碱基为A,螺旋Ⅱ上第43和44位碱基为AC,螺旋Ⅲ的CBC位点上配对碱基是第76和114位碱基C和G,hemi-CBC位点上是第75位碱基U;黑杨专化型的ITS2二级结构中螺旋Ⅰ上第17位碱基为U,螺旋Ⅱ上第43和44位碱基分别为G和U,螺旋Ⅲ上CBC位点上配对碱基分别是第76和114位的碱基U和A,hemi-CBC位点上是第75位碱基C。杨生褐盘二孢菌2个专化型在这些结构上存在碱基变异。【结论】基于ITS序列构建的3种系统发育树能将盘二孢属真菌在种间水平上进行区分,但不能在种内区分;通过ITS2二级结构的比较可发现,盘
- 孙晓明严东辉贺伟张星耀
- 关键词：专化型系统发育树
- 黑杨应答杨生褐盘二孢专化型侵染的基因差异表达
- 2017年
- [目的]杨生褐盘二孢的单芽管专化型和多芽管专化型分别引起白杨组和黑杨组(包括青杨组)杨树的褐斑病,其分化机制有待阐明。[方法]本文在专化性互作体系建立的基础上,利用荧光染色标记研究了病菌孢子在专化性寄主侵染过程中的萌发发育情况,并通过RT-qPCR分析了黑杨寄主抗病相关基因在应答两专化型侵染过程中的不同表达。[结果]结果发现多芽管分生孢子在黑杨寄主上能完成发育并成功侵染,单芽管分生孢子也能成功萌发和发育,但不能侵入黑杨寄主;黑杨抗性基因在两专化型侵染发育过程中均能被诱导表达,但在表达时间和表达量上,除基因WRKY89的表达较为一致外,病程相关基因PR5、PR10、NPR1和LAR3在二者间的表达存在差异。[结论]研究结果初步表明病原专化型可能是寄主与病原专性互作的表型,这一认识将有助于进一步探明杨树褐斑病病原专化型形成和分化的机制。
- 王凯英高茜孙晓明张琰锋严东辉
- 关键词：专化型RT-QPCR基因表达
- 基于DNA条形码的杨树皮层Botryosphaeria真菌种群
- tryosphaeria属种及其相近属种是树木干部溃疡病病原和内生菌,其种群结构和多样性可能与树木健康和树木与环境互作关联.基于传统测序的DNA条形码在认识和揭示微生物种类多样性上起着重要作用.本文依据DNA条形码标准和...
- 严东辉冯小慧孙晓明李如华
- 关键词：杨树溃疡病
- 基于分子可操作分类单元的北京地区杨树内生葡萄座腔菌属真菌多样性被引量：5
- 2014年
- 树木内生真菌的多样性是树木健康和树木与环境互作的基础,基于分子可操作分类单元的DNA条形码在揭示微生物多样性上起着重要作用。依据DNA条形码标准和技术,经由来自公共核酸数据库(NCBI)中葡萄座腔菌属及其相关属的ITS序列有效化以及对杨树皮层组织分离培养真菌ITS序列扩增和亲缘关系分析发现,该属真菌是常见的杨树内生真菌,在北京地区的杨树上存在葡萄座腔菌、红葡萄座腔菌和小葡萄座腔菌3个种群,葡萄座腔菌为优势种群,每个种群内也存在遗传分化。
- 李如华严东辉冯小慧孙晓明
- 关键词：内生真菌BOTRYOSPHAERIADNA条形码
