目的运用变性梯度凝胶电泳(Denaturing Gradient Gel Electrophoresis,DGGE)技术,分析慢性牙周炎患者唾液中微生物群落结构。方法采集33名慢性牙周炎志愿者(P组)和15名非慢性牙周炎志愿者(NP组)唾液样本,共计48份。运用DGGE技术分析两组样本微生物群落结构,然后将DGGE凝胶图谱转化成数字信息,进行主成分分析(Principal Component A-nalysis,PCA)、聚类分析(Cluster Analysis)和偏最小二乘法(Partial Least Squares,PLS)分析。结果 PCA显示P组和NP组没有形成两个明显的聚类群;聚类分析显示两组大部分样本没有形成聚类现象,但少数样本形成聚类现象;PLS显示两组大部分样本形成聚类现象,仅少数样本没有形成聚类现象。结论慢性牙周炎组和非慢性牙周炎组的唾液微生物群落结构没有显著差异,但存在产生差异的趋势。
采用Bead beating法和QIAamp DNA stool mini kit法提取蝗虫肠道微生物总DNA,并对2种方法提取DNA的得率、完整性以及16SrRNA基因扩增产物的变性梯度凝胶电泳(denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)图谱等进行综合比较。结果表明,Bead beating法提取DNA的得率显著高于QIAamp DNA stool mini kit法(P=0.042),而QIAamp DNA stool mini kit法提取DNA片段更完整。PCR-DGGE检测微生物多样性结果显示,QIAamp DNA stool mini kit法提取DNA所代表的微生物群落多样性略高于Bead beating法,但Mann-Whitley统计学检验表明用2种方法检测蝗虫肠道微生物多样性无显著差异(P=0.17)。因此在蝗虫肠道微生物群落多样性的检测中QIAamp DNA stool mini kit法具一定的优势,而Bead beating法同样适用。
探究人体肠道内重要的功能菌——硫酸盐还原菌和丁酸盐产生菌在健康成年个体中的数量,并分析其与年龄、性别的关系。采集40名健康成年志愿者(男性:女性=1:1,年龄23~53岁)的粪便样品,采用试剂盒Invi Mag誖Stool DNA Kit联合Bead beating的方法提取粪便中细菌总DNA。通过定量PCR技术对总菌、硫酸盐还原菌以及丁酸盐产生菌的拷贝数进行定量检测。结果显示,40名健康成年人每纳克粪便DNA中含有的细菌总量为(9.22×106±7.35×106)个拷贝,硫酸盐还原菌拷贝数为(9.21×103±9.87×103),而丁酸盐产生菌拷贝数稍高于硫酸盐还原菌,为(2.68×104±3.08×104)。硫酸盐还原菌和丁酸盐产生菌的数量在不同个体间存在较大差异。Spearman相关分析显示三类基因的拷贝数与志愿者年龄无显著相关关系。硫酸盐还原菌和丁酸盐产生菌的拷贝数及其相对丰度存在显著的性别差异,表现在男性个体含有更少的硫酸盐还原菌(p<0.05)和更多的丁酸盐产生菌(p<0.01)。本研究揭示了硫酸盐还原菌和丁酸盐产生菌在健康成年人肠道内的数量,为进一步探究肠道菌群的性别差异提供了新的思路。
