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于坤千: 作品数：13 被引量：29H指数：3; 供职机构：中国科学院上海药物研究所更多>>; 发文基金：国家高技术研究发展计划国家自然科学基金国家教育部博士点基金更多>>; 相关领域：理学自动化与计算机技术医药卫生经济管理更多>>

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一种提供容错性保障的药物设计网格环境: 2009年; 针对药物虚拟筛选操作运行时间长、易出错等问题,设计并实现了药物设计网格(DDGrid),有效聚合了中国国家网格环境中闲散的资源,形成了支持高通量药物虚拟筛选的网格环境.所设计的DDGrid网格实现了基于复杂事件处理技术的有状态故障检测机制,通过持续分析节点间交互的事件流,定位可能的故障场景并触发相应的补偿操作来减少故障导致的损失,为系统提供了容错性保障.实验结果表明,有故障检测机制可以通过监测筛选任务运行情况对超时阀值进行动态调整,使得任务实际完成时间和理论完成时间之间的差值保持在10%以内,同时提高了底层计算资源的利用率.; 王永剑任一楠陈婷黄远强于坤千栾钟治蒋华良钱德沛; 关键词：容错复杂事件处理

金属铜与聚苯酰亚胺表面相互作用的理论模拟被引量：2: 2001年; 利用分子力学模拟研究了单层金属铜在三层聚苯酰亚胺 ( PMDA-ODA)表面模型上的静态行为 .结果单层铜在 PMDA-ODA表面上形成了聚集体 .分析表明铜原子之间的内聚能大于铜与 PMDA-ODA表面之间的着附能 .在内聚能中范德华力起重要作用 ,而在着附能中静电作用是决定因素 .通过分子动力学模拟研究了温度对铜与; 张秀斌李泽生吕中元于坤千孙家钟; 关键词：相互作用铜分子力学内聚能范德华力

寡聚物在高分子母体中的扩散──分子动力学模拟研究被引量：11: 2002年; 应用分子动力学模拟研究甲基丙烯酸甲酯寡聚物 (从单聚体到十聚体 )在高分子量的聚甲基丙烯酸甲酯母体中的扩散 .随着寡聚物的聚合度的增加 ,发现其扩散系数从单聚体到三聚体迅速减小 ,而从四聚体到十聚体其扩散系数几乎保持不变 ,与实验得到的数值在趋势上符合得很好 .; 于坤千李泽生李志儒孙家锺; 关键词：寡聚物分子动力学聚甲基丙烯酸甲酯扩散

上海药物所药物研发信息管理平台简介: 2009年; 介绍了药物研发信息管理平台的现状,重点介绍了上海药物所自行设计开发的新平台的特点及其应用前景。该平台由GRP实验管理系统、GLP新药申报系统和新药研发标准化流程管理系统组成。该平台的开发、建设将为国内制药行业在建立药物研发信息平台方面积累宝贵的经验,具有十分重要的推广价值。; 廖国平于坤千陈湘萍冯华; 关键词：药物研发信息管理平台

刚性环状低聚物的二维有序单分子膜结构被引量：3: 2001年; The spreading behavior of new type of chiral and achiral rigid cyclic oligomer on the water surface was investigated by measuring the surface pressure(π) area( A ) isotherms, with the aim of comparison of new type LB films of chiral and achiral rigid cyclic oligomers. Molecular resolution atomic force microscope images of the Langmuir Blodgett(LB) film was observed and the structure of their two dimensional crystals on the basal plane of mica was studied.; 贲腾陈春海孙辉曹晖于坤千刘新才王兴裘赫吴忠文张万金夏清涛危岩; 关键词：LB膜 AFM 有机纳米功能材料

高性能计算在药物设计中的应用被引量：2: 2015年; 计算机药物设计是高性能计算应用的一个重要领域。本文针对药物设计领域,简要介绍了高性能计算技术在蛋白质分子动力学模拟、药物虚拟筛选、药靶反向对接、个性化药物设计中的应用。; 刘婷婷于坤千; 关键词：分子动力学模拟

高分子体系玻璃化转变和扩散现象及分子自组装的分子动力学模拟研究: 该文利用分子力学方法和分子动力学模拟方法,分别对五种高分子的玻璃化转变、小分子在高分子母体中的扩散以及长烷基链酰氨基酸在云母表面自组装成层状结构等几个方面进行了研究,主要内容包括:对不同链骨架(C-C,Si-O,和C-O...; 于坤千; 关键词：分子动力学模拟云母; 文献传递

新药研发网格中药物分子的对接方法: 2011年; 建立药物分子优化的粗略和精细对接模型,通过最小化分子间的相互作用得到最优的药物分子取向和构型.粗略对接只考虑配体的柔性信息,将配体小分子的运动处理为平移、转动和柔性键旋转3部分,而受体为刚性;精细对接则是在粗略对接模型中引入残基基团的概念,将蛋白质受体划分成若干个残基基团,通过这些残基基团的运动近似表征整个蛋白质的柔性.一个自适应的遗传算法被用于求解上述优化模型,该算法采用多种群遗传策略、信息熵控制的空间减缩搜索技术以及拟精确罚函数方法,能够快速而稳定地逼近最优解.将基于上述模型的粗略对接程序AGAsDock和精细对接程序FlexGAsDock用于新药研发网格,测试结果表明:这些程序能够有效地用于药物分子设计,并具有较高的网格计算效率.; 李正夫康玲于坤千王希诚; 关键词：网格计算药物分子设计受体配体

DDGrid:一种大规模药物虚拟筛选网格被引量：6: 2009年; 化合物活性筛选是创新药物研究的起点和具有决定意义的步骤,利用网格计算技术进行药物虚拟筛选能够极大提高药物筛选的有效性,同时可以大量减少新药研制的成本和时间。新药研发网格DDGrid是中国国家网格CNGrid的重要支持项目,通过实施主从模式架构并在网格资源监控中使用适配器模式,DDGrid可以对超过10万规模的化合物分子数据库进行虚拟筛选。; 李祖华张军王永剑于坤千; 关键词：药物发现网格监控

科研信息化助力合理药物设计新发展被引量：4: 2016年; 大数据时代,超级计算机促进了合理药物设计研发,这种药物研究模式的转变推动了创新新药发现又一个春天的到来。科研信息化基础设施的升级,包括高性能计算机处理器技术的不断更新,新的资源模式的出现,使得超算技术与计算生物学、计算化学密切结合,进一步为传统的药物发现和计算机辅助药物设计增添了新功能,加速了分子动力学模拟和虚拟筛选等的研究进程。文章从药物设计学方法研究、药代动力学模型设计和药物设计方法的具体应用三个方面对当今合理药物设计领域的新发展进行了评述,详尽阐释了科研信息化在提高效率、降低成本、加快进程、管控风险及提升研发价值和创新能力方面的优势。; 胡骏驰徐盼陈彦韬刘婷婷陆冬徐圆阳怀宇罗小民朱维良郑明月于坤千罗成蒋华良; 关键词：科研信息化合理药物设计计算机辅助药物设计