杜振国
- 作品数：15 被引量：10H指数：2
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- 利用RSV的“抓帽”鉴定TYLCV的转录起始位点
- 多分体负义RNA病毒(segmented negative-sense RNA viruses,sNSV)普遍采取'抓帽机制'来合成含帽子结构的信使RNA(mRNA),即它们从寄主mRNA抓取一段10～20个碱基的帽子序...
- 林文忠丘萍金晶刘顺民吴然林晨杜振国吴祖建
- 关键词：水稻条纹病毒番茄黄化曲叶病毒转录起始位点
- 文献传递
- 基于粗提物的水稻条纹病毒体外“抓帽”体系
- 2020年
- 【背景】布尼亚病毒目(Bunyavirales)和正黏病毒科(Orthomyxoviridae)病毒从帽子结构下游10—20个碱基处切割寄主mRNA,以5′端切割产物(帽子序列)作为引物起始自身基因组的转录,生成含一段异源帽子序列的病毒mRNA,这一过程称为“抓帽”。水稻条纹病毒(rice stripe tenuivirus,RSV)是一种布尼亚病毒,其“抓帽”机制还不甚清楚。【目的】研究RSV粗提物能否从溶液中的外源mRNA“抓帽”,以建立一种便捷的体外体系,用于解析RSV“抓帽”和转录机制。【方法】以PEG沉淀和超速离心法粗提RSV,利用聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)和质谱技术分析粗提物成分。然后取少量粗提液,加入富含珠蛋白(globin)mRNA的兔网织红细胞裂解液(rabbit reticulocyte lysate,RCL)和合适浓度的金属离子配制体外“抓帽”体系。待体外反应结束,提取体系中总RNA,以巢式RT-PCR扩增含珠蛋白-αmRNA帽子序列的RSV mRNA,并对其进行克隆,通过序列分析比较RSV体外“抓帽”与体内“抓帽”的异同。【结果】从100 g感染RSV的水稻叶片获得RSV粗提液2 mL。除RSV病毒粒子外,粗提液中还含核酮糖-1,5-二磷酸羧化酶等多种叶绿体蛋白。取2μL粗提液,加入4 mmol·L-1 MgCl2、2 mmol·L-1 NTP、0.8 U·μL-1 RNA酶抑制剂和8μL RCL,配成20μL反应体系,30℃孵育1.5 h后,巢式RT-PCR扩增到了目的条带,表明RSV粗提物能切割溶液中的珠蛋白-αmRNA,并利用其帽子序列合成自身mRNA。在反应体系中加入帽子结构类似物m7G(5′)ppp(5′)G后进行相同反应,目的条带变淡,且变淡程度与所加入m7G(5′)ppp(5′)G的浓度成正比,表明识别帽子结构是RSV从溶液中切割利用珠蛋白-αmRNA的前提。对巢式RT-PCR产物克隆和测序后分析发现,与在体内的情况类似,RSV从帽子结构下游的A或C处切割珠蛋白-αmRNA,得到的帽子序列与病毒模板链3′端的U或G配对后引发转录。在利用珠蛋白-αmRNA帽子序列�
- 林文忠吴然金晶丘萍张洁吴祖建杜振国
- 关键词：水稻条纹病毒体外转录
- RDV侵染后水稻miRNA转录谱的研究和对两个核仁基因的定量
- miRNAs是一种基因组编码的非蛋白质编码小RNA。他们通过控制翻译或mRNA的稳定性或其他一些机制来调节遗传信息的流动。他们在植物的生长发育,信号传导以及胁迫反应中发挥着重要的作用。许多研究表明病毒的侵染经常会导致植物...
- 杜振国
- 关键词：水稻矮缩病毒MIRNA芯片RT-PCR
- 文献传递
- 水稻瘤矮病毒S12编码第2个RNA沉默抑制子被引量：1
- 2011年
- RNA沉默是一种保守而普遍存在于真核生物体内用于调控基因表达和发育的一种机制,也是植物抵抗病毒侵染和转录的一种防御机制.作为一种反防御机制,许多植物病毒编码沉默抑制子.本研究利用农杆菌共浸润的方法发现,RGDV基因组S12片段编码的Pns12蛋白是该病毒的第2个RNA沉默抑制因子.Pns12能够抑制正义链RNA诱发的局部沉默,但不能抑制由双链RNA诱发的局部沉默,在异源病毒表达载体PVX中,Pns12能够增强PVX对本氏烟草的致病性.上述结果提示,Pns12蛋白为RNA沉默抑制因子,可能作用于RNA沉默路径中dsRNA形成的上游.此外,Pns12亚细胞定位结果显示,Pns12主要定位于烟草表皮细胞的细胞核内,推测该基因可能在细胞核中发挥功能.
- 吴建国王春政杜振国蔡丽君胡梅群吴祖建李毅谢联辉
- 关键词：RNA沉默抑制子
- 黄麻黄脉病毒侵染性克隆的构建及应用
- 2022年
- 黄麻黄脉病毒(Corchorus yellow vein virus, CoYVV)属于菜豆金色花叶病毒属病毒,含有DNA-A和DNA-B两个组分.本研究利用同源重组法和酶切连接法分别对该病毒DNA-A和DNA-B进行了侵染性克隆的构建,利用农杆菌介导的植物接种法将其接种于黄麻植株,可产生花叶、黄脉等典型症状,并且通过PCR和Southern blot均检测到了病毒DNA组分.以上结果表明CoYVV侵染性克隆构建成功,也验证了黄麻黄脉病的病原是CoYVV.CoYVV侵染性克隆的构建可为病毒致病机制的解析奠定基础.
- 林文忠李景远彭诗山韩星翟盈盈杜振国张洁吴祖建
- 关键词：侵染性克隆黄麻
- 番茄褪绿病毒的进化动态与适应性进化特征被引量：3
- 2020年
- 【目的】番茄褪绿病毒(tomato chlorosis virus,ToCV)是长线形病毒科(Closteroviridae)毛形病毒属(Crinivirus)成员,现已成为我国番茄和其他蔬菜作物上最为常见的病毒之一。研究旨在查明ToCV的进化历史,尤其是该病毒何时何地传入我国,并阐明其适应性进化机制。【方法】根据ToCV外壳蛋白(coat protein,CP)基因两侧保守区设计1对特异性引物,对随机抽取的13个ToCV分离物进行扩增克隆,将测序获得的新序列与GenBank下载的含有采样时间和地理信息的序列合并得到103条ToCV CP基因序列,采用日期随机化检验(date-randomization test,DRT)检测数据集中的时间信号,并应用贝叶斯谱系动力学框架重建该病毒的进化动态。同时,应用系统发育与性状关联分析(phylogeny-trait association analysis)评估地理因素对ToCV适应性进化的影响。【结果】13个ToCV分离物均成功扩增出预期大小(约800 bp)的特异性片段,核苷酸序列与已报道的ToCV不同分离物CP基因序列一致性均在98%以上;基于聚类排列的日期随机化检验结果显示,通过实际采样时间和日期随机化的数据集分别推断获得的替代速率在95%置信区间之间没有存在重叠,表明本研究的数据集具有足够的时间信号,可以用于后续的贝叶斯分子定年(Bayesian molecular dating)分析。贝叶斯系统发育分析显示ToCV的最近共祖时间(the most recent common ancestor)为1920年(95%置信区间:1849-1976),该病毒约于2005年左右从美国引入中国。该病毒的CP基因替代速率约为1.12×10-3替代/位点/年(95%置信区间:6.08×10-4-1.73×10-3),与动物RNA病毒的相当,表明ToCV正处于快速进化之中。此外,系统发育分析与性状关联分析结果显示ToCV分离物与其来源地区的关联系数(association index)、简约分值(parsimony score)和最大单系分支(maximum monophyletic clade)统计检验均呈极显著水平(P<0.01),表明地理因素与ToCV适应性进化之间存
- 邹林峰涂丽琴沈建国杜振国蔡伟季英华高芳銮
- 关键词：时间信号适应性进化
- 利用RSV的“抓帽”鉴定TYLCV的转录起始位点
- 多分体负义RNA病毒（segmented negative-sense RNA viruses,sNSV）普遍采取"抓帽机制"来合成含帽子结构的信使RNA（mRNA）,即它们从寄主mRNA抓取一段10～20个碱基的帽子序...
- 林文忠丘萍金晶刘顺民吴然林晨杜振国吴祖建
- 关键词：水稻条纹病毒番茄黄化曲叶病毒转录起始位点
- 一种黄麻黄脉病毒侵染性克隆及其构建方法
- 本发明提供一种黄麻黄脉病毒侵染性克隆及其构建方法，属于植物基因工程技术领域。本发明首次构建了黄麻黄脉病毒的侵染性克隆pBINPLUS‑CoYVV‑1.2A和pBINPLUS‑CoYVV‑2.0B，该侵染性克隆能使接种黄麻...
- 林文忠张洁杜振国吴祖建李景远查晴辰张文文
- 水稻矮缩病毒Pns6和P8蛋白在病毒侵染水稻原生质体后的表达被引量：2
- 2019年
- 【目的】为明确水稻矮缩病毒(Rice dwarf virus, RDV) Pns6和P8蛋白在病毒侵染水稻原生质体后的表达动态,【方法】利用PEG介导的病毒侵染原生质体体系,通过免疫荧光和电镜技术分析Pns6、P8蛋白以及病毒粒体在水稻原生质体中的定位;同时,通过Western blot和实时荧光定量PCR分析Pns6和P8蛋白及其RNA在水稻原生质体中的积累量。【结果】病毒接种水稻原生质体48h后,Pns6蛋白在细胞质中可以形成类似于病毒原质(viroplasm)的点状内含体,P8蛋白也大量的表达。同时,病毒粒体在水稻原生质体中也形成内含体状的结构。病毒接种水稻原生质体12 h后,均可检测到Pns6和P8蛋白的表达,并且在36 h后达到最高值。病毒接种水稻原生质体后,Pns6 RNA在24 h时表达量达到最高,P8 RNA在36 h时表达量达到最高。【结论】RDV侵染水稻原生质体后,Pns6和P8蛋白均有表达,并且病毒也可能通过形成病毒原质来完成病毒在寄主细胞的复制和装配。
- 张洁宛柏杰尚鹏祥丁新伦杜振国吴祖建
- 关键词：水稻矮缩病毒水稻原生质体
- 一种高效加尾快速扩增植物dsRNA病毒基因组末端序列的方法及其应用
- 本发明提供一种高效加尾快速扩增植物dsRNA病毒基因组末端序列的方法及其应用。该方法通过加热总RNA变性成单链RNA；对单链RNA的3'端加A尾；使用oligo(dT)<Sub>10</Sub>‑RT将RNA逆转录成cD...
- 林文忠许瑜婷黄婉婷杜振国高芳銮吴祖建
- 文献传递
