俞丹
- 作品数：20 被引量：61H指数：5
- 供职机构：中国科学院水生生物研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金中国科学院战略性先导科技专项全球环境基金更多>>
- 相关领域：生物学农业科学更多>>
- 中国内陆水体鱼类多样性监测专项网的监测和研究进展
- 2023年
- 内陆水体鱼类多样性监测专项网(简称鱼类监测网)是我国建立的第一个全国范围的内陆水体鱼类多样性监测网络。本文阐述了鱼类监测网的监测工作和研究进展,提出了对鱼类多样性监测和研究工作的展望和建议。鱼类监测网在长江、黄河、澜沧江、怒江、塔里木河、青海湖、黑龙江和珠江等八大水系开展了鱼类早期资源、个体生物学、种群和群落的监测和研究,建立了我国第一个全国性的内陆鱼类多样性数据库,收集和保藏鱼类样本上万尾和重要流域1997-2022年的鱼类多样性数据。主要研究结果显示,过度捕捞、水利水电工程建设和外来物种入侵等导致重要流域鱼类群落结构发生了稳态变化;中华鲟(Acipensersinensis)繁殖主要受到水温和流量的影响,长江干流大型水利水电工程造成下泄水温滞后和流量减小,严重影响中华鲟的繁殖活动,导致其野生种群数量急剧减少,物种极度濒危;长江四大家鱼呈现2000年前后减少,近期资源增加的格局,水温和流量日变化是影响四大家鱼繁殖的主要环境因素,放流亲鱼对四大家鱼资源恢复有重要作用;获得了圆口铜鱼(Coreius guichenoti)、长鳍吻鮈(Rhinogobio ventralis)、岩原鲤(Procypris rabaudi)等11种特有鱼类的生长、食性、繁殖特征等基础生物学数据。监测网的监测数据和研究结果为三峡工程生态影响评估、长江十年禁渔、赤水河生态环境保护、中华鲟物种保护等重要国家任务的完成和政策制定提供了数据基础和科学依据。为了完善全国性的监测网络建设,建议加大投入,建设观测台站;推动数据共享和区域合作;开展新技术、新方法的研究和应用。
- 高欣赵亚辉赵亚辉田菲王晓爱黎明政常涛林鹏程刘焕章
- 关键词：鱼类多样性珍稀鱼类特有鱼类群落
- 基于线粒体基因组全序列的鲟形目鱼类(Pisces:Acipenseriformes)的分子系统发育重建被引量：4
- 2021年
- 为厘清鲟形目鱼类的系统发育,研究新测定了中华鲟(Acipenser sinensis)、长江鲟(A. dabryanus)、短吻鲟(A. brevirostrum)、纳氏鲟(A. naccarii)、鳇(Huso dauricus)和匙吻鲟(Polyodon spathula)共6种鲟类的线粒体全基因组序列。联合已测的17种鲟类的线粒体基因组数据,利用最大似然法和贝叶斯法重建了鲟形目鱼类的分子系统发育关系,并采用似然值检验对不同的树拓扑结构进行了评价。结果表明, 6种新测鲟类的线粒体基因组大小为16521—16766 bp,编码13个蛋白质编码基因、22个转运RNA基因和2个核糖体基因,与大多数已测的鲟类的线粒体基因组结构高度相似。基于23种鲟形目鱼类线粒体基因组数据,系统发育分析的结果表明:(1)鲟形目的两个科,匙吻鲟科(Polyodontidae)和鲟科(Acipenseridae)均为单系;(2)鲟科的内部亲缘关系复杂,鲟属和鳇属的物种均不构成单系群。鲟科鱼类按分子系统发育重建结果可以分为3个类群:尖吻鲟类(A.sturio-A. oxyrinchus clade)、大西洋鲟类(Atlantic clade)和太平洋鲟类(Pacific clade)。树拓扑结构的检验结果表明,鲟科的系统发育关系为(尖吻鲟类(太平洋鲟类,大西洋鲟类))。铲鲟属(Scaphirhynchus)是大西洋鲟类的基部类群。研究也说明线粒体基因组数据在鲟形目鱼类系统与进化研究方面具有重要应用价值。
- 程佩琳俞丹刘焕章杜浩危起伟
- 关键词：线粒体基因组最大似然法贝叶斯推断
- AeDNA:水生生物eDNA数据库被引量：1
- 2022年
- 环境DNA (eDNA)技术是一种生态和生物多样性监测和评价的新手段,完整和准确的参考序列库是eDNA技术应用于水生生物多样性调查的基础。当前,不同水生生物eDNA参考序列还存在诸多问题,如不同类群使用的标记基因不同且资源较为分散,部分参考序列分类不准确,以及针对我国各类水体中水生生物eDNA参考序列不多等。针对上述问题,研究构建了水生生物eDNA数据库(AeDNA, http://aedna.ihb.ac.cn/)。AeDNA整合了DNA条形码和基因组两种类型参考序列。其中18S、28S、ITS、COΙ、12S、rbcL等各类DNA条形码60余万条,涉及2万余种鱼类、1万余种水生植物、1万余种底栖动物、1万余种浮游动物和1万余种浮游植物;基因组包含线粒体、叶绿体等细胞器基因组6199个及万种鱼类基因组计划和万种原生生物基因组计划所产生的物种基因组。涉及的生境有江、河、湖、海、冰川和温泉等各类水环境,尤其数据库构建团队贡献的6万余条参考序列,具有我国丰富的各类水体生境信息。总体来说, AeDNA是一个数据量大、类群覆盖全、准确性高且具有我国水生生物特色的综合性eDNA参考序列库,是水生态和水生生物多样性监测的重要基础资源。
- 陈凯方成池吴志刚熊凡俞丹崔永德张琪王宝强姜传奇宋立荣王洪铸刘焕章陈晓飞凌海波蔡俊雄李涛何舜平缪炜熊杰曾宏辉
- 关键词：DNA条形码基因组
- 基于线粒体细胞色素b基因序列探讨长江流域斑点蛇种群遗传结构和地理分化被引量：1
- 2018年
- 通过分析303尾来自长江上游赤水河、长江上游干流和长江中游的斑点蛇Saurogobio punctatus线粒体细胞色素b(Cyt b)基因序列,探讨这3个种群的遗传结构及地理分化过程。用于分析的Cyt b基因序列长1 097 bp,含变异位点80个,其中简约信息位点34个。303尾个体共检测到49个单倍型,整体呈现较高的单倍型多样性(H_d=0.803)和较低的核苷酸多样性(P_i=0.003 71)。由单倍型构建的系统发育树显示:所有来自长江中游种群的单倍型聚在一起,形成一个单系群,处于系统发育树最进化的位置;来自长江上游干流和赤水河种群的单倍型处于更基部的位置,不能构成单系群。长江上游干流种群与赤水河种群间具有较多的共享单倍型,二者间的遗传分化指数较低(F_(ST)=0.029 4),存在广泛的基因交流。而长江中游与长江上游干流及赤水河种群间的FST值分别为0.614 0和0.706 0,暗示长江上游与长江中游的斑点蛇间已发生高度分化。中性检验及错配分析显示,长江上游干流种群及赤水河种群经历过种群扩张,而长江中游种群未检测到扩张。Bayesian skyline plot(BSP)分析显示,斑点蛇种群从距今20万年前开始发生扩张,一直持续到末次间冰期(MIS5)晚期,而后迅速扩张。根据BSP分析及单倍型网络图,推测斑点蛇的起源中心可能在长江上游,然后通过种群扩张逐渐扩散到长江中游,进化成遗传分化较大的种群。
- 李小兵唐琼英唐琼英俞丹
- 关键词：长江流域CYT地理分化
- 中国北方鱲属鱼类一新种——中华鱲(鲤形目:鲤科)被引量：2
- 2020年
- 2017年10月—2018年4月,在我国北方的大凌河水系、黄河流域进行鱼类样本采集时,发现鱲属Zacco鱼类一新种,命名为中华鱲Zacco sinensis sp. nov.。该种最突出的特征为:成熟雄性个体腹鳍未到达肛门,鼻孔较大;侧线鳞为41~45,侧线上鳞为8;背鳍前长占体长的48.3%~52.2%。经形态比较,该新种与宽鳍鱲Zacco platypus在形态上相似,但两者存在明显差别:头长占体长的24.4%~27.1%(vs. 22.7%~24.8%),背鳍前长占体长的48.3%~52.2%(vs. 42.0%~47.6%),尾柄长占体长的16.8%~19.2%(vs. 20.6%~23.7%);鼻孔较大(vs.鼻孔较小)。该新种与同属的棘颊鱲Zacco acanthogenys形态区分特征为:腹鳍距肛门较远(vs.较近或到达);鼻孔较大(vs.鼻孔较小);眼睛上边缘红色(vs.黑色);侧线上鳞为8(vs. 9或10)。基于线粒体细胞色素b基因的序列变异显示,中华鱲与宽鳍鱲和棘颊鱲间的平均遗传距离分别达到0.048和0.081,支持它们为不同的物种。
- 朱兰俞丹刘焕章
- 关键词：细胞色素B基因
- 基于微滴式数字PCR方法的鱼类环境DNA样本处理与保存技术优化被引量：1
- 2022年
- 以实验室内的鲫(Carassius auratus)为研究对象,利用微滴式数字PCR(Droplet Digital PCR,ddPCR)定量技术,优化了鱼类环境DNA(Environmental DNA,eDNA)样本的捕获、提取和保存方法,并对免DNA提取的PCR直扩技术进行了探索。研究结果如下:(1)在同一孔径、不同材质的6种滤膜中,捕获总量最高的是混合纤维素膜,最低的是聚碳酸酯膜,前者获得的ddPCR产物浓度可达后者的17倍;(2)提取DNA总量最高的是Qiagen DNeasy PowerWater kit,最低的是高盐法,前者获得的ddPCR产物浓度是后者的5.5倍;(3)不同滤膜和提取方法对最终的ddPCR产物总量有显著的交互作用(P<0.001);混合纤维素膜过滤和Qiagen DNeasy PowerWater kit提取的组合效果显著优于其他组合;(4)滤膜在-20℃冷冻保存和利用Longmire’s buffer保存液保存的效果最好;(5)免DNA提取PCR直扩实验结果表明,高保真酶可以直接对水样进行扩增。研究对eDNA操作流程中的关键步骤进行了详细比较,确定了鱼类eDNA样本处理与保存的最优方案,为建立eDNA标准化实验流程提供了参考依据。
- 王月刘焕章刘焕章俞丹
- 关键词：滤膜
- 斑纹薄鳅(Leptobotia zebra)应该为斑纹沙鳅(Sinibotia zebra)被引量：12
- 2008年
- 斑纹薄鳅(Leptobotia zebra)最初是由Wu(1939)描述的一个新种,当时定名为斑纹沙鳅(Botia zebra),后来Chen(1980)根据眼下刺不分叉将其改归为薄鳅属的物种。本研究通过对线粒体DNA细胞色素b基因序列的测定和分析,发现斑纹薄鳅和薄鳅属(除斑纹薄鳅)物种间的平均遗传距离为0.177,和中华沙鳅属物种美丽沙鳅(Sinibotia pulcher)的平均遗传距离仅为0.057。系统发育分析发现斑纹薄鳅并未和薄鳅属的物种聚在一起,而是和中华沙鳅属物种美丽沙鳅聚在一起形成姐妹群。进一步对斑纹薄鳅进行形态学特征检视,发现该物种具有颊部裸露无鳞、颏部具一对纽状突起等中华沙鳅属鱼类的特征,但又具有眼下刺简单不分叉的薄鳅属鱼类的特征。结合分子数据分析的结果,将斑纹薄鳅订正为中华沙鳅属的物种,其命名为斑纹沙鳅(Sinibotia zebra)。另外,对沙鳅科鱼类属的划分标准及形态特征的演化也进行了讨论。
- 唐琼英俞丹刘焕章
- 关键词：细胞色素B基因
- 犁头鳅属鱼类物种地理分化过程被引量：2
- 2010年
- 犁头鳅属为中国的特有属,包括犁头鳅和长鳍犁头鳅两个物种。犁头鳅广泛分布于长江中上游,而长鳍犁头鳅则局限分布于闽江水系。该研究对采自长江中上游的犁头鳅20个个体和闽江水系的长鳍犁头鳅8个个体的线粒体细胞色素b(cytb)基因序列进行分析,以期对犁头鳅属鱼类的物种地理分化过程进行研究。结果显示,犁头鳅不同单倍型之间的遗传变异水平为0.1%～1.8%,平均为0.7%;长鳍犁头鳅各单倍型之间的遗传变异水平为0.6%～1.3%,平均为0.7%;犁头鳅和长鳍犁头鳅单倍型之间的遗传差异也较小,仅为0.2%～1.8%,平均为0.9%。采用邻接(NJ)法和贝叶斯(BI)法构建的分子系统发育树都一致显示,该研究中的犁头鳅属鱼类构成一个单系;所有长鳍犁头鳅样本构成一个单系,位于系统发育树的顶部位置;犁头鳅的样本不构成单系,而是形成并系。从形态上看,犁头鳅和长鳍犁头鳅均为有效种。由此推测,在第四纪冰期,长江中下游的犁头鳅沿东海大陆架向南扩散到东南沿海水系,长鳍犁头鳅可能是犁头鳅的一个种群扩散到闽江水系后,由于适应新的环境条件而分化成的一个新物种,剩下的长江流域的犁头鳅种群则构成一个并系类群。该文对于类似的地理物种形成方式也进行了讨论。
- 唐琼英俞丹杨金权刘焕章
- 关键词：东海大陆架长江水系
- 西昌华吸鳅的微卫星引物筛选及赤水河四个地理种群的遗传多样性分析被引量：5
- 2019年
- 采用高通量测序法对西昌华吸鳅(Sinogastromyzon sichangensis)基因组进行随机测序并筛选出符合条件的微卫星位点,设计可用于PCR扩增的引物,筛选出29对具有多态性的引物,平均等位基因数为14.5,观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别为0.620和0.882,多态信息含量(PIC)为0.859。选取其中多态性较高的20对引物在赤水河及其支流的4个地理种群中进行扩增,分析不同地理种群的遗传多样性和种群分化情况。结果表明,赤水镇种群观测杂合度最高(0.669),茅台镇种群观测杂合度最低(0.520);习水河多态信息含量最高(0.868),茅台镇种群多态信息含量最低(0.841)。赤水河干流的几个种群未出现显著分化,而习水河种群与其他3个种群的遗传分化程度较高。AMOVA分析显示遗传变异主要发生在群体内,群体间遗传变异仅占3.33%,群体内遗传变异占96.67%。种群遗传结构分析表明,赤水河干流整体遗传背景趋于一致,而习水河种群则单独聚为一个亚类群。研究为西昌华吸鳅的资源保护和种群遗传学研究提供了基础资料。
- 张智俞丹刘飞刘焕章
- 关键词：微卫星引物筛选遗传分化
- 基于线粒体Cytb基因序列变异的尖头鱥谱系生物地理学研究
- 本研究使用线粒体Cytb基因序列调查了东亚地区27个种群585个尖头鱥个体的谱系地理分布和种群遗传。结果发现：10个地理群体的单倍型多样性和核苷酸多样性均为0;单倍型分布具有明显的地理特殊性，遗传距离大，不同地理群体之间...
- 俞丹陈明唐琼英刘焕章
- 关键词：线粒体细胞色素B基因
