新疆农业大学农学院农业生物技术重点实验室 作品数:68 被引量:214 H指数:8 相关作者: 杜丽丽 丁喜莲 李翔 孔丽颖 李才运 更多>> 相关机构: 中国农业大学农学与生物技术学院 湖南农业大学生物科学技术学院植物激素与生长发育湖南省重点实验室 湖南农业大学生物科学技术学院 更多>> 发文基金: 国家自然科学基金 新疆维吾尔自治区自然科学基金 国家高技术研究发展计划 更多>> 相关领域: 农业科学 生物学 医药卫生 更多>>
小麦籽粒超氧化物歧化酶(SOD)活性全基因组关联分析 被引量:11 2021年 【目的】小麦籽粒超氧化物歧化酶活性对小麦面粉色泽和营养品质具有重要影响,挖掘与小麦籽粒超氧化物歧化酶(superoxide dismutase,SOD)活性显著关联位点及候选基因,为揭示小麦籽粒SOD活性的遗传机理和小麦面粉色泽的遗传改良奠定基础。【方法】采用氮蓝四唑(nitro-blue tetrazolium,NBT)光化还原法对3个环境下种植的212份普通小麦品种(系)进行SOD活性检测,结合90K SNP芯片的16705个高质量SNP标记对小麦籽粒SOD活性进行全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS),并对稳定遗传的显著关联位点进行候选基因的挖掘。【结果】不同环境下,各小麦品种(系)间的SOD活性表现出丰富的表型变异,变异系数为4.34%—5.23%,相关系数介于0.60—0.90(P<0.001)。多态性信息含量(polymorphic information content,PIC)为0.24—0.29。全基因组连锁不平衡(linkage disequilibrium,LD)衰减距离为7 Mb。群体结构分析表明,供试材料可分为3个亚群。GWAS分析结果显示,共检测到29个与SOD活性显著关联位点(P≤0.001),分布在1A、1B、2A、2B、2D、3B、3D、4B、4D、5A、5B、5D、6A、6B、6D和7B染色体上,单个位点可解释5.47%—32.43%的表型变异,其中14个位点在2个及以上环境下均被检测到。9个显著关联位点在3个环境下被同时检测到,分布于1B、2B、4B、5A、5B、6B和6D染色体,贡献率为6.21%—16.62%。对稳定遗传的显著关联位点进行候选基因的挖掘,共挖掘TraesCS2B01G567600、TraesCS3D01G069900、TraesCS3D01G070200、TraesCS5B01G525700、TraesCS5B01G373700、TraesCS6A01G021400和TraesCS6D01G431500等7个SOD基因和TraesCS5A01G263500、TraesCS6B01G707800等2个与SOD活性相关的候选基因,候选基因的功能主要与抑制细胞活性氧积累及参与抗氧化剂再生过程有关。【结论】检测到与小麦籽粒SOD活性显著关联的29个SNP位点,共筛选出7个SOD基因和2个与SOD活性有关的候选基因。 王继庆 任毅 时晓磊 王丽丽 张新忠 苏力坛·姑扎丽阿依 谢磊 耿洪伟关键词:小麦籽粒 SOD活性 全基因组关联分析 SNP 候选基因 玉米CKXs基因组编辑载体的构建 被引量:1 2020年 植物细胞分裂素氧化酶(CKX)能够降解细胞分裂素,在植物生长和发育过程中发挥重要作用。本研究从玉米B73基因组数据库中筛选到3个玉米细胞分裂素氧化酶基因(CKXs),通过在线工具e-crisp,设计sg RNA。利用一套密码子优化的CRISPR/Cas9载体系统,构建ZmCKX基因的p3301-U6P-sgRNA-Ubi-Cas9植物表达载体,为获得稳定的突变体提供技术基础。 刘超 李月 代培红 姚正培 刘晓东关键词:玉米 海岛棉GbHCT13基因的功能验证 被引量:2 2021年 该研究利用海岛棉‘新海21’和陆地棉ND203以及模式植物拟南芥,通过转基因及荧光定量检测等方法探究海岛棉GbHCT13基因(GenBank登录号MW048849)在纤维发育中的功能。结果显示:(1)成功构建重组载体pCAMBIA3301-GbHCT13,经农杆菌介导法转化、除草剂抗性基因筛选、荧光定量检测方法鉴定获得转GbHCT13基因拟南芥T3代植株4株;qRT-PCR检测表明,转基因植株中GbHCT13基因表达量较野生型极显著增加。(2)转基因拟南芥过表达GbHCT13基因使植株同一时期的生长较野生型旺盛,株形、叶片数、抽薹数和茎秆表皮毛数量均与野生型存在差异;组织化学分析发现,转GbHCT13基因的拟南芥较野生型茎秆初生木质部生长活跃,导管增粗,次生木质部导管细胞壁横截面积变大,但髓质细胞无明显变化;过表达GbHCT13使拟南芥中木质素合成途径基因发生不同程度改变,其中CAD、CCoAOMT、PAL和4CL与GbHCT13基因的表达呈正相关。(3)经大田筛选、分子鉴定,成功获得转GbHCT13基因棉花植株3株;转GbHCT13基因棉花的棉纤维伸长率增加,纤维强度增大;沉默GbHCT13基因使棉花植株木质素含量降低,茎秆表皮毛数量减少,木质部导管细胞数量减少,导管细胞壁中木质素沉积量降低,而棉株并未发生株高上的明显矮化现象,且木质素合成通路中的CAD、CCoAOMT、CCR、PAL 4个基因的表达均呈降低趋势,说明抑制GbHCT13使得棉花生长代谢受阻,影响纤维发育起始。研究表明,GbHCT13基因能影响棉花植株中木质素合成从而调控纤维的生长发育,其功能与GbHCT13基因在模式植物拟南芥中的基本一致。 滕露 郑凯 曲延英 陈全家关键词:海岛棉 转基因 基因沉默 海岛棉GbHCT10基因的克隆与表达分析 被引量:1 2021年 【目的】研究海岛棉(Gossypium barbadense)GbHCT10基因在棉纤维发育中的作用。【方法】以海岛棉品种新海21号纤维发育第5 d的样本作为材料,根据海岛棉GbHCT10基因序列设计一对引物,利用RT-PCR技术从中克隆GbHCT10核苷酸序列。利用生物信息学方法分析GbHCT10基因序列。【结果】采用实时荧光定量PCR技术分析海岛棉GbHCT10基因在新海21号棉花开花后不同时期中表达量差异,该基因具有长度为1248 bp的开放阅读框,编码415个氨基酸,预测蛋白质分子量为45.13 kD,等电点为6.01。海岛棉GbHCT10基因的表达随棉纤维发育变化而变化,在开花后第5和第10 d时表达量较高,第25 d表达量最低,总体表达量呈现波动状态。【结论】新海21号GbHCT10基因与树棉HCT基因在同一分支,有较近亲缘关系。 闵凯丽 晁祥保 滕露 蔡永生 雷慧辰 严中建 郑凯 郑凯关键词:海岛棉 基因克隆 棉花GbCBF2基因的克隆、互补表达载体的构建及遗传转化 被引量:3 2016年 为研究棉花CBF2基因在植物抗逆中的作用,构建了p CAMBIA1300-At CBF2P-Gb CBF2-At CBF2T植物互补表达载体,并对拟南芥cbf2突变体进行遗传转化。以新海16 c DNA为材料,采用PCR的方法克隆4个棉花CBF2基因,同时克隆拟南芥CBF2基因启动子At CBF2P和终止子At CBF2T,并将这些基因与p Bluescript SK载体连接,构建p Bluescript SK-At CBF2P-Gb CBF2-At CBF2T中间过渡载体,用SacⅠ和Bam HⅠ双酶切中间载体,获得At CBF2P-Gb CBF2-At CBF2T核心片段,将此片段插入到p CAMBIA1300表达载体中,构建p CAMBIA1300-At CBF2P-Gb CBF2-At CBF2T植物互补表达载体。以拟南芥cbf2突变体为材料,采用农杆菌介导的方法进行遗传转化,获得转棉花CBF2基因群体。获得转基因株系后,将为筛选出棉花的CBF2抗冻负调控基因及棉花抗逆分子育种奠定基础。 孔丽颖 李翔 李才运 刘晓东 李月关键词:棉花 海岛棉GbMYB25基因的克隆及表达分析 被引量:4 2015年 根据陆地棉GhMYB25的序列,设计1对引物,通过RT-PCR技术从海岛棉品种新海21号中克隆了1个同源基因,命名为GbMYB25。GbMYB25基因具有1个930bp的开放阅读框,编码309个氨基酸,预测分子量约为34.762ku,等电点为8.08,推测的氨基酸序列中含有2个高度保守的SANT结构域。GbMYB25基因序列包含2个内含子。氨基酸序列比对表明,该蛋白和其他高等植物的MYB蛋白有较高的同源性。进化树分析表明,GbMYB25基因和陆地棉GhMYB25基因处在同一进化树分支。亚细胞定位表明GbMYB25基因在细胞核中表达,实时荧光定量PCR结果表明GbMYB25基因在胚珠(0doa)、纤维(5dpa)和叶片中的表达量较高。以上结果表明,GbMYB25转录因子可能参与棉花纤维发育。 陈全家 倪志勇 刘静静 冯文林 刘超 陈章良 康定明 曲延英关键词:海岛棉 克隆 棉花bZIP转录因子基因GhbZIP15的克隆与表达分析 被引量:9 2015年 b ZIP转录因子在植物抵御各种逆境胁迫中有重要作用。本研究依据生物信息学分析,采用RT-PCR(Reverse transcription polymerase chain reaction)方法从棉花中克隆了一个b ZIP转录因子基因,命名为Ghb ZIP15(Gen Bank登录号为KP938299)。该基因c DNA全长1980 bp,其开放阅读框为966 bp,编码321个氨基酸的蛋白,预测分子量为37.1 k D,等电点为7.44。SMART蛋白结构预测发现,该蛋白含有b ZIP家族典型的BRLZ碱性结构域和亮氨酸拉链,属于B-zip1家族。系统进化树分析表明Ghb ZIP15属于b ZIP转录因子AREB亚家族,和拟南芥A亚家族的Atb ZIP12,At ABF1和At ABF2亲缘关系最近。洋葱表皮细胞中瞬时表达分析表明,Ghb ZIP15主要定位于细胞核中。RT-PCR分析表明Ghb ZIP15对干旱、高盐、低温等处理都有一定程度的响应,推测该基因对棉花非生物胁迫的调控起重要作用。 李月 许朋斐 陈全家 代培红 刘超 曲延英 刘晓东关键词:棉花 GHB 克隆表达 春小麦籽粒主要品质性状的全基因组关联分析 被引量:10 2021年 【目的】挖掘小麦籽粒品质性状显著相关的SNP位点及候选基因,并揭示其遗传机理,为相关基因克隆和分子标记辅助选择提供理论依据。【方法】通过检测298份国内外春小麦品种(系)5个环境下蛋白质含量、湿面筋含量、沉降值、淀粉含量、籽粒硬度、出粉率和容重等7个籽粒品质性状的表型,并结合小麦55K SNP芯片,采用Q+K关联混合模型进行全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)。【结果】外引品种(系)、地方品种(系)和育成品种(系)的7个品质性状在不同环境下的变异系数分别为1.3%—13.4%、1.1%—18.6%和1.0%—13.9%。其中,外引品种(系)的蛋白质含量、湿面筋含量和沉降值的变异系数均为最高;新疆自育品种的淀粉含量、籽粒硬度和出粉率的变异系数最大,而新疆地方品种的蛋白质含量、湿面筋含量、沉降值、淀粉含量、籽粒硬度和出粉率6个品质性状的变异系数均介于外引品种(系)和新疆自育品种(系)之间。群体结构分析表明,298份小麦品种(系)可分为3个亚群。其中,亚群1包含128份(43.0%)试验材料,主要是来自新疆的地方品种(系);亚群2包含24份(8.1%)试验材料,主要包括外引品种(系)和新疆地方品种;亚群3包含146份(48.9%)试验材料,主要是外引品种(系)。连锁不平衡分析表明A、B和D基因组及全基因组的LD衰减距离分别为10、10、6和8 Mb,依据全基因组的LD衰减距离,将在物理图谱上前后8 Mb区间内的位点认定为一个候选位点。通过GWAS共检测到85个与7个小麦籽粒品质性状显著关联的稳定位点(P<0.001)贡献率为3.7%—10.9%。在1B、1D、2D、3A、3D、4A、4B、5A、6A、6D、7A和7D染色体上均检测到稳定且同时与多个性状关联的位点。其中,7A染色体上的AX-109452823—AX-110545157同时与蛋白质含量、淀粉含量、湿面筋含量、沉降值、出粉率和籽粒硬度相关,且同时在4个环境中均被检测到。 严勇亮 严勇亮 张金波 张金波 肖菁 肖菁 倪中福 倪中福关键词:小麦 籽粒品质性状 全基因组关联分析 SNP 候选基因 海岛棉GbTCP15基因的克隆与表达分析 被引量:8 2016年 根据陆地棉GhTCP15基因序列,设计1对引物,通过PCR技术从海岛棉品种‘新海21号’中克隆一个同源基因,命名为GbTCP15。海岛棉GbTCP15基因具有一个1 056bp开放阅读框,编码351个氨基酸,预测分子量约为38 057.4kD,等电点为9.01,序列中含有一个高度保守的TCP结构域。氨基酸序列对比表明,海岛棉GbTCP15蛋白与其他植物中的TCP蛋白有较高的一致性,说明该基因在进化过程中是相当保守的。亚细胞定位结果显示,GbTCP15主要分布在细胞核上,推测GbTCP15在复制和转录的过程中发挥着信号转导以及转录调控等作用。进化树分析表明,海岛棉GbTCP15基因与雷蒙德氏棉GrTCP15基因分布在同一分支上。实时荧光定量PCR表明,海岛棉GbTCP15基因在茎部和15d纤维中表达量较高。研究表明,GbTCP15转录因子可能参与棉花纤维以及表皮毛的发育。 郑凯 倪志勇 曲延英 王怡 蔡永生 陈全家关键词:海岛棉 TCP 克隆 棉花海陆棉杂交后代农艺与纤维品质性状相关性研究 被引量:7 2015年 【目的】研究同亲本海岛棉与陆地棉正反杂交,后代群体农艺性状和纤维品质的相关性,为棉花育种提供参考依据。【方法】对新疆陆地棉品种新陆中36号和海岛棉品种新海21号正反杂交后代进行测定,利用SPSS软件分析。【结果】正反海陆杂交群体中,农艺性状与纤维品质的相互影响是衣分与绒长呈显著负相关,马克隆值与株高呈显著正相关;纤维品质对纺纱指数的通径分析表明,正交群体HL13中为:比强度>绒长>马克隆值;反交群体LH13中为:比强度>整齐度>绒长>马克隆值。比强度、绒长、马克隆值都能增强纺纱指数。但反交群体LH13中还包括了整齐度,进一步增加了纺纱指数;关联度分析中,正反交群体,纤维品质性状不受环境影响,而农艺性状受环境影响而各不相同。【结论】正反杂交群体,农艺性状与纤维品质间,衣分与绒长呈显著负相关,马克隆值与株高呈显著正相关;纤维品质对纺纱指数的通径分析表明,正交群体中:比强度、绒长、马克隆值,偏重比强度和绒长;反交群体:比强度、整齐度、绒长、马克隆值,偏重比强度和整齐度。因而影响纤维品质的重要因素正反群体大致相同,但也会有区别。 冯文林 陈全家 曲延英关键词:农艺性状 纤维品质