桂林医学院生物技术学院生物化学与分子生物学教研室
- 作品数：2 被引量：2H指数：1
- 发文基金：国家自然科学基金广西壮族自治区自然科学基金广西医学科学实验中心开放基金更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- EB病毒微小RNA在鼻咽癌中的表达及意义被引量：2
- 2015年
- 采用实时荧光定量PCR分析EB病毒微小RNA(ebv-miR)ebv-miR-BART19-5p和ebv-miRBART21-3p在鼻咽癌和鼻咽炎症组织中的表达,以便探明其表达在EB病毒(EBV)致鼻咽癌中的内在联系和意义。结果表明,鼻咽癌组织中ebv-miR-BART19-5p和ebv-miR-BART21-3p的表达水平明显高于鼻咽黏膜炎症组织。EBV可能通过ebv-miR-BART19-5p和ebv-miR-BART21-3p的表达上调介导鼻咽组织癌变,它们可能是鼻咽癌治疗的分子靶点和鼻咽癌诊断的分子标志物。
- 熊伟明范才文黄辉王建红李璐向秋田晶雷迅
- 关键词：鼻咽癌诊断标志物
- 基于囊性纤维化疾病分子特征及其作用机制的生物信息学分析
- 2022年
- 目的:筛选囊性纤维化(CF)特异性相关基因,预测其靶基因,并探讨其作用机制。方方法法:从基因表达汇编(GEO)数据库获取CF样本和正常对照样本的高通量芯片数据集GSE71799、GSE24206、GSE98925和GSE69764,并分为CF组和对照组。采用R软件limma包筛选CF组和对照组差异表达基因(DEGs),使用基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)对DEGs进行功能和通路富集分析,使用基因集富集分析(GSEA)获取DEGs显著富集的基因集,采用STRING数据库建立蛋白-蛋白互作(PPI)网络,采用Cytoscape软件可视化并筛选hub基因。结果:GEO数据库获取并筛选共429个DEGs (|log2 (FC)|>1, P<0.05), CF组中显著高表达DEGs 105个,对照组中显著高表达DEGs 324个。GO富集分析,DEGs主要富集于中性粒细胞介导的免疫、趋化因子活动和细胞黏附分子结合等方面;KEGG通路分析,DEGs主要富集于白细胞介素17 (IL-17)信号通路(P<0.05)。GSEA分析,DEGs主要富集于信号通路翻译、核糖体RNA(rRNA)处理和线粒体翻译等相关基因集。STRING数据库和Cytoscape软件分析共筛选出基质金属蛋白酶9 (MMP9)、C-X-C基序趋化因子配体2 (CXCL2)、C-X-C基序趋化因子配体3 (CXCL3)等35个hub基因,其中CXCL2和CXCL3 hub基因与DNA甲基化有关联。结论:hub基因可能是CF中调节中性粒细胞免疫的关键基因,通过中性粒细胞介导的免疫和与免疫密切相关的IL-17信号通路相关基因失调可促进CF发生发展,CXCL2和CXCL3基因可能成为CF的DNA甲基化治疗的生物标志物。
- 王小燕张秋月胡雨洁莫之婧
- 关键词：囊性纤维化生物信息学差异表达基因分子机制
