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北京林业大学生物科学与技术学院计算生物学中心

作品数：16 被引量：10H指数：2
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相关机构

文献类型

  • 16篇中文期刊文章

领域

  • 11篇生物学
  • 6篇农业科学

主题

  • 5篇性状
  • 5篇植物
  • 5篇转录
  • 5篇转录因子
  • 4篇QTL
  • 3篇幼苗
  • 3篇幼苗生长
  • 3篇生物学
  • 3篇生物学功能
  • 3篇苗生长
  • 3篇基因
  • 2篇愈伤
  • 2篇愈伤组织
  • 2篇数量性状
  • 2篇数量性状位点
  • 2篇位点
  • 2篇WIND
  • 1篇代谢
  • 1篇代谢通路
  • 1篇调控网络

机构

  • 16篇北京林业大学
  • 1篇宾夕法尼亚州...

作者

  • 1篇郭允倩
  • 1篇卢存福

传媒

  • 4篇北京林业大学...
  • 4篇分子植物育种
  • 4篇植物生理学报
  • 3篇中国生物工程...
  • 1篇植物科学学报

年份

  • 3篇2024
  • 2篇2023
  • 3篇2022
  • 1篇2021
  • 2篇2020
  • 2篇2019
  • 2篇2018
  • 1篇2012
共 16 条 记 录，以下是 1-10
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排序方式：
功能作图的混合效应模型开发
2024年
【目的】以大肠杆菌菌株丰度和功能作图模型为研究基础,通过在功能作图模型中引入群体的固定效应和个体间亲缘关系造成的随机效应,探究混合效应对功能作图模型性能的影响。【方法】本研究在功能定位框架基础上,使用大肠杆菌动态培养的生长数据作为实际案例,将亚群和SNP基因型作为固定效应的来源,将固定效应因素融入定位模型,提出了Q矩阵模型的扩展;在保留使用方差–协方差模型对随机残差建模的前提下,使用Legendre模型对随机效应建模,开展了固定效应加一般性的随机效应的混合效应模型分析(模型1);利用限制性似然估计的方法推导其方差–协方差参数、随机效应和固定效应,开展了固定效应和亲缘关系造成随机效应的混合模型(模型2)分析;利用Zwald检验法推导各标记位点p值的计算方法。【结果】(1)2种模型中,95%的标记呈现出p值与期望值相吻合的特点,p值分布在QQ图中的上翘结果满意。(2)模型2相比模型1检测到了更多的SNP位点,表明模型2对亲缘关系造成的随机效应解释性更强。(3)计算机模拟结果显示:样本量较小、遗传力较低时,模型假阳性率为4.77%;当样本量为800,遗传力为1%时,模型对QTL的发现率可超过70%;或当样本量为400,遗传力超过1.5%时,QTL发现率也可超过70%。【结论】本研究提出的在功能作图模型中引入固定效应和亲缘关系造成的随机效应的混合模型的方法较好地完善了功能定位理论,对固定效应中的协变量因素具有较好的校正功能,可有效剖分随机效应与剩余残差;为后续完善功能定位,开发固定效应加亲缘关系(Q+K)模型的软件包奠定了良好基础。
王子健叶梅霞张涵邬荣领
关键词：数量性状位点
植物器官从头发生的细胞发育谱系研究进展被引量：2
2020年
强大的再生能力是植物在复杂环境下生存的重要手段。植物再生主要分为组织修复(tissue repair)、器官从头发生(de novo organogenesis)以及体细胞胚发生(somatic embryogenesis)三种方式,其中,器官从头发生是指离体或受伤的植物器官上再生出不定根或不定芽的过程,植物扦插生根与组织培养即是通过器官从头发生途径实现的。植物器官从头发生可以分为直接型器官从头发生和间接型器官从头发生,在间接型器官从头发生过程中,愈伤组织的诱导是关键的起始步骤。就细胞发育谱系与组织形态建成方面而言,植物器官从头发生主要可分为细胞分裂、干细胞龛(SCN)形成和器官建成三个阶段。植物器官再生机制研究有助于更好地开发物种潜能,总结不定根与不定芽再生的细胞形态学变化规律可以为进一步探索器官从头发生机制提供参考。
孙振美张倩茹张倩倩侯思佳邬荣领郭允倩
关键词：组织形态学愈伤组织
木本植物中microRNA的研究进展被引量：1
2023年
MicroRNAs(miRNAs)是一类非编码小RNA,长度为20~24 nt,通过降解靶基因的mRNA和抑制翻译过程在转录后水平调控植物的生理过程。miRNAs已被证明在植物的生长发育中起重要调控作用,但在木本植物中的研究较少。本文将对非编码RNA的分类、miRNAs合成机制以及其对木本植物花、果实、种子、根生长发育和胁迫响应的调控功能进行总结,旨在为研究miRNAs调控木本植物生长发育提供一些参考。
陈静孟剑桥侯思佳张倩倩杜俊红王聪梁丹邬荣领郭允倩
关键词：MIRNAS植物生长木本植物
胡杨WINDs基因克隆及功能初步分析
2022年
目的:WIND(WOUND INDUCED DEDIFFERENTIATION),是属于ERF/AP2(ETHYLENE RESPONSE FACTOR/APETALA 2)家族的一种重要转录因子,该类基因最早被发现在拟南芥中可以与乙烯响应元件GCC-BOX和脱水响应元件DRE结合,响应干旱信号和调节乙烯水平。最近的研究发现WIND基因在植物伤口信号回应、愈伤组织形成及不定芽的产生过程中也发挥了关键作用。已有的研究阐述了WIND基因在拟南芥中控制愈伤组织形成及不定芽再生的机制,但其在木本植物中的功能尚不明确,将探究WIND基因在胡杨中与伤口信号响应及不定芽再生相关的功能,同时为在分子水平上解决胡杨再生问题提供理论依据。方法:采用基因克隆、qRT-PCR、转基因表型分析等方法研究WIND基因在胡杨外植体伤口响应和再生不定芽过程中的作用。结果:克隆胡杨WIND家族中的基因PeWIND1和PeWIND2,发现其编码区序列长度分别为1050 bp和1032 bp,编码349个和343个氨基酸,亚细胞定位均在细胞核中。组织特异性分析显示PeWIND1和PeWIND2在胡杨根、茎、叶、愈伤组织中均有表达,且在愈伤组织中表达量最高。时间表达特异性显示,在经伤口刺激后的24 h内,PeWIND1和PeWIND2基因均呈现先升高后降低的表达趋势,且均在伤口刺激后1 h达到表达量峰值。转基因植株表型统计发现,过表达PeWIND1和PeWIND2基因后转基因植株不定芽再生能力增强。结论:在胡杨叶片有伤口刺激后,PeWIND1和PeWIND2响应伤口信号,表达量先升高后降低,PeWIND1和PeWIND2能够促进杨树茎段再生不定芽。
侯思佳陈静孟剑桥杜俊红王聪梁丹邬荣领郭允倩
关键词：植物再生
利用系统作图解析藏川杨邻株互作遗传调控机理
2024年
【目的】植株之间的互作对生态系统的形成具有重要意义,本研究在邻株互作这一最小的种内互作单元水平上,研究植物间相互作用的遗传调控机制。【方法】以不同系号的藏川杨自然群体作为研究材料,两两随机配对扦插于花盆中,调查其生长季的株高动态表型;结合本群体SNP标记数据,基于系统作图进行藏川杨的全基因组基因定位工作,定位显著QTL;利用GO富集分析和构建常微分互作网络,分析候选基因的功能。【结果】(1)共定位到92个显著位点,可注释到31个候选基因。(2)GO富集分析中,生物学过程包括生长素信号通路和脱落酸信号通路等,分子功能包括内肽酶活性和蛋白酶活性等,细胞组分包括呼吸链和细胞色素等。(3)在31个候选基因中,第5、8、10、12、21号基因是直接效应网络的枢纽基因,第5、8、10、13号基因是间接效应网络的枢纽基因,第5、8、13号基因是上位互作网络的枢纽基因,其中5、10、13基因参与植物免疫反应和响应环境胁迫。【结论】对于藏川杨间的种内邻株互作,系统作图可筛选互作相关的遗传位点,构建遗传调控网络并挖掘枢纽基因,可为解析木本植物互作的遗传机制提供新的视角。
丁孟东危学达王玉祝绪礼
关键词：调控网络QTL藏川杨
利用胡杨F_1代愈伤组织定位耐盐基因被引量：2
2018年
耐盐性是植物适应高渗透势盐碱环境的重要特征,植物耐盐机制受基因调控。随着土壤盐渍化的日益严重,耐盐基因的探寻对植物耐盐品种的选育以及农林业发展具有重要指导作用。本研究以胡杨F_1代90个不同基因型个体的愈伤组织为实验材料,分别采用含有0 mmol/L和80 mmol/L NaCl溶液浓度的愈伤增殖培养基进行连续培养。在培养第0天、第7天、第14天、第21天、第28天、第35天、第42天、第49天、第63天分别对各基因型个体构建愈伤生长的动态表型。联合简化基因组测序获得的8 305个SNP标记,利用功能作图方法定位耐盐基因。结果发现:(1)细胞周期蛋白基因CDC123和编码葡萄糖-6-磷酸脱氢酶基因G6PDH2在盐胁迫下激活表达,对促进愈伤组织在盐环境下的生长与适应起重要作用;(2) FD-GOGAT和ARI7是重要的生长调控基因,但其对生长的调控不受盐条件影响;(3)细胞色素CYP450家族的CYP71D11基因、几丁质酶基因Chitinase 2-like是盐敏感基因,盐环境下可使其生长缓慢。该结果可在细胞层面为耐盐机制的研究提供新的思路,并为耐盐品种的改良和选育提供理论指导。
王东洋黄月娇李欢叶梅霞邬荣领
关键词：愈伤组织耐盐基因
WIND转录因子在植物响应伤口胁迫和器官生长发育中的研究进展被引量：1
2022年
伤口诱导的去分化因子(WOUND INDUCED DEDIFFERENTIATION,WIND)是AP2/ERF家族成员之一。植物AP2/ERF(APETALA2/ETHYLENE RESPONSE FACTOR)是一个庞大的转录因子基因家族,存在于所有的植物中。目前大部分关于WIND转录因子的研究都局限在模式植物拟南芥中,在其他植物中鲜有研究。总结了近年来WIND基因在植物伤口信号响应、愈伤组织形成、植物生长和代谢及表观遗传调控中的作用,为后续进一步探究该基因的功能及其应用提供理论基础。
侯思佳张倩倩孙振美陈静孟剑桥梁丹邬荣领郭允倩
关键词：转录因子WIND生物学功能
LSD1通过和Oct4／Nanog相互作用调节诱导多能干细胞的形成
2012年
将4个转录因子Oct4,Sox2,Klf4和c-Myc转入成纤维细胞可以生成诱导多能干细胞(iPS细胞),转录因子和染色质修饰因子在这个过程中起重要作用。LSD1作为染色质结构的调节因子,在早期胚胎发育和ES细胞分化中发挥着关键作用。为了探索LSD1在iPS细胞产生过程中的作用,首先比较了LSD1蛋白在MEFs和ES细胞中的表达量,然后分别通过在重编程体系中过表达LSD1、加入RNAi和抑制剂的方法探索LSD1的功能,最后用免疫共沉淀的方法初步发现LSD1的作用机制。结果表明,LSD1在ES细胞中的表达量高于MEFs中,过表达LSD1对iPS细胞的形成效率没有影响,而RNAi抑制LSD1的表达和LSD1抑制剂tranylcypromine都能促进iPS细胞的形成。免疫共沉淀实验表明LSD1和Oct4/Nanog有相互作用。这些数据说明LSD1通过和Oct4/Nanog相互作用调控iPS细胞的形成。
孙昊卢存福郭允倩
关键词：IPS细胞细胞重编程转录因子
多维功能作图在胡杨幼苗生长QTL的应用
2022年
功能作图框架能够表征复杂动态性状背后的数量性状位点(Quantitative trait locus,QTL)或核苷酸。此前,功能作图广泛应用于单个性状或两个性状的QTL定位当中,多个相关性状功能作图的研究相对匮乏。本研究通过对SAD(Structured antedependence)模型进一步推导,得到在多个性状时用于拟合时间相关协方差矩阵的结构化模型,并使用胡杨(Populus euphratica Oliv.)340个F_(1)代群体的4个生长相关性状以及模拟实验对多维功能作图模型进行测试。结果显示,共定位出173个显著位点,分布于除4、9、10、15、16以外的染色体。功能注释涉及参与叶绿体早期发育、生长素横向运输、提高植物非生物胁迫耐受性以及作为跨膜运输系统开关等生物学过程的32个基因。
穆帅成祝绪礼叶梅霞邬荣领
关键词：数量性状位点
胡杨幼苗生长相关性状QTL上位性分析
2018年
【目的】幼苗期是植物生长发育的重要阶段,幼苗生长相关性状的研究对改善农作物以及林木的生产以及提高抗逆性具有重要意义。目前尚无研究对胡杨幼苗生长阶段相关表型的上位互作机制进行解析。【方法】本研究以包含408个单株的胡杨×胡杨杂交的F1代群体为实验材料,获取茎高、主根长、总侧根长和侧根数量4种表型动态生长数据;基于该群体所构建的高密度连锁图谱,通过功能作图和2HIGWAS对基因之间的上位互作进行定位。【结果】共侦测出QTL-QTL互作83对,包含83个SNPs。其中主根长、茎高、侧根总长、侧根数量分别检验出24对、20对、24对、15对显著QTL互作;主根长、茎高以及侧根总长较大比例的上位互作分别集中分布于连锁群1、19和17。另外对4个表型显著上位互作的QTLs进行功能注释,19个QTLs注释到候选基因。【结论】影响侧根总长的显著互作具有较高的遗传力,在连锁群17集中分布,可能是重要的候选基因区域,能够为胡杨以及林木分子标记辅助育种提供重要的借鉴。
王平王东洋王晶姜立波邬荣领
关键词：QTL幼苗生长
全选 清除 导出
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