曹睿
- 作品数：8 被引量：0H指数：0
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- 视黄酸诱导的小鼠神经管畸形基因表达趋势分析
- 2024年
- 目的·探究小鼠胚胎在视黄酸(retinoic acid,RA)诱导下产生神经管畸形的分子调控机制,揭示小鼠神经管闭合阶段基因表达规律。方法·基于已获得的小鼠胚胎神经管闭合关键期[胚胎发育第8.5日(embryonic day 8.5,E8.5)、E9.5、E10.5]高质量脑泡转录组数据,利用短时间序列表达挖掘器(Short Time-series Expression Miner,STEM)软件分别得到RA处理组和正常组在3个时间点的基因表达趋势数据。对处理组与正常组基因表达趋势不一致的基因进行基因本体(Gene Ontology,GO)富集分析、京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析,并随机筛选候选基因以验证测序数据可靠性。利用RA诱导构建神经管畸形小鼠模型,分为处理组和正常组,每组各9只。处理组和正常组孕鼠在E7.5分别接受28 mg/kg RA和香油灌胃处理,在E8.5、E9.5、E10.5收集胎鼠脑泡组织,对筛选的候选基因进行实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,RT-qPCR)验证。结果·正常组共检测出18255个基因的表达量数据,处理组共检测出19037个基因的表达量数据;正常组基因可归纳至7个具有显著意义的表达模式中,处理组基因可归纳至6个具有显著意义的表达模式中;正常组和处理组检测到表达的基因数目足够、表达的模式相似,具有可比性。进一步分析发现正常组中呈现上升表达趋势但在处理组中呈现下降表达趋势的基因共有46个,在生物学过程层面富集在器官发育、神经元凋亡的正负调控、少突胶质细胞增殖、成纤维生长因子信号通路等;在细胞组分层面,主要参与组成细胞、神经元的基本结构;在分子功能层面,主要与成纤维细胞生长因子受体结合有关。正常组中呈现下降表达趋势而在处理组中呈现上升表达趋势的61个基因,在生物学过程层面富集在细胞溶解、氨基酸/离子转运等功能上;在细胞组分层面,富集在胞内分�
- 曹睿卫凯鑫张晓娜刘雨榕张丽
- 关键词：视黄酸神经管畸形基因表达
- 一种基于AI深度学习算法的小鼠胚胎发育评价方法
- 本发明的提供一种基于AI深度学习算法的小鼠胚胎发育评价方法，通过PP‑YOLO算法精准快速的识别图像中形态学特征目标，然后通过形态学特征进行快速胎龄预测，对给定胚胎所呈现的胎龄，可精确到0.25～0.5天。本发明方法解决...
- 奥瑞芳解军李航马雪涛梁宇翔曹睿金姗姗刘志贞靳宁金国荣程海琴李雪薇李然
- 乙硫氨酸对神经管畸形胎鼠脑组织Fos和Cyp2e1基因表达的影响
- 2023年
- 目的采用乙硫氨酸诱导小鼠胚胎神经管畸形(neural tube defects,NTDs),观察乙硫氨酸对NTDs小鼠胚胎脑组织基因表达的影响。方法SPF级C57BL/6J孕鼠80只,随机分为模型组42只和对照组38只。孕7.5 d时,模型组孕鼠腹腔注射乙硫氨酸500 mg/kg,对照组腹腔注射等剂量磷酸盐缓冲液。孕10.5 d时体视显微镜下分离胚胎并行HE染色,观察胚胎及神经管发育情况。取模型组NTDs胚胎脑组织和对照组正常胚胎脑组织进行转录组测序,并对差异表达基因进行GO功能注释分析、KEGG通路富集分析、蛋白质互作网络分析。采用实时荧光定量PCR法检测差异表达基因mRNA相对表达量,采用Western blot法检测差异表达基因的蛋白相对表达量,对差异表达基因进行验证。结果模型组吸收胎、生长缓慢、NTDs发生率(10.3%、19.5%、56.0%)均高于对照组(2.4%、4.5%、0)(P<0.05),正常胚胎发生率(12.6%)低于对照组(93.1%)(χ^(2)=353.690,P<0.001),其他畸形发生率(1.6%)与对照组(0)比较差异无统计学意义(χ^(2)=4.144,P=0.113)。对照组胚胎神经管发育良好,管腔规则;模型组NTDs胚胎发育迟缓,端脑和后脑形态异常,结构紊乱。与对照组正常胚胎比较,模型组NTDs胚胎差异表达基因119个,其中表达上调基因30个,表达下调基因89个;差异表达基因主要参与多器官发育、细胞增殖及分化、氧转运等功能,主要富集于代谢通路;蛋白质互作网络分析细胞代谢相关差异表达基因前10位为Cyp4a10、Cyp4a12a、Cyp4b1、Cyp2e1、Cyp2j5、Ugt2b34、Ugt2b38、Fos、Hoxa5、Hoxa7。模型组NTDs胚胎脑组织Cyp4a10、Cyp4a12a、Cyp4b1、Cyp2e1、Cyp2j5、Ugt2b34、Ugt2b38 mRNA相对表达量均低于对照组正常胚胎(P<0.05),Fos、Hoxa5、Hoxa7 mRNA相对表达量均高于对照组正常胚胎(P<0.05),其中Cyp2e1、Fos mRNA相对表达量差异最大。模型组NTDs胚胎脑组织Cyp2e1蛋白相对表达量(0.187±0.030)低于对照组正常胚胎(1.978±0.125)(t=13.970,
- 张丽张钰璇王秀伟李建婷赵娟孙雨晴刘娟娟张丽慧曹睿解军
- 关键词：神经管畸形小鼠胚胎转录组测序
- CRISPR-Cas9靶向敲除人SMYD3基因的方法及其特异性sgRNA
- 本发明公开了一种CRISPR‑Cas9靶向敲除人SMYD3基因的方法及SEQ ID NO.1所示核苷酸序列的sgRNA，所述sgRNA在人SMYD3基因上的靶位点位于基因的第二个外显子区域，靶序列唯一。本发明利用含有Ca...
- 于保锋姚志坚刘畅张婵张丽娜王萱田九博马培元穆秀丽孟涛涛孙公勤解军曹睿曾思衡袁洋洋张紫燕刘志贞傅松涛杨丽红郭睿王惠珍徐钧刁海鹏陈显久胡晓年弓韬王海龙赵虹
- 文献传递
- 一种复合组织工程皮肤的构建方法
- 本发明公开了一种复合组织工程皮肤的构建方法，是采用人表皮干细胞作为种子细胞，羊脱细胞真皮基质作为支架载体，利用气液界面分离法体外培养构建复合组织工程皮肤。以本发明方法构建的复合组织工程皮肤具有理想的三维立体网状结构，能促...
- 解军张琪孟凡秀于保锋曹睿温晓薇杨巧艳加三三温丽敏白欣艳姚志坚曾思衡袁洋洋张紫燕张丽娜王萱田九博马培元刘志贞傅松涛杨丽红郭睿王惠珍徐钧刁海鹏陈显久胡晓年弓韬王海龙赵虹
- 一种复合组织工程皮肤的构建方法
- 本发明公开了一种复合组织工程皮肤的构建方法，是采用人表皮干细胞作为种子细胞，羊脱细胞真皮基质作为支架载体，利用气液界面分离法体外培养构建复合组织工程皮肤。以本发明方法构建的复合组织工程皮肤具有理想的三维立体网状结构，能促...
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- 文献传递
- 一种皮肤干细胞活性成分的提取方法
- 本发明公开了一种皮肤干细胞活性成分的提取方法，是将人源性皮肤组织加入添加有PMSF蛋白酶抑制剂的Ⅰ型胶原酶与Ⅱ型胶原酶的生理盐水混合消化液中恒温摇床培养，以含体积分数10%胎牛血清的M199培养基终止消化，离心收集沉淀，...
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- Anti-GOLPH2-lipoplexes脂质体载体及其制备和应用
- 本发明公开了一种Anti‑GOLPH2‑lipoplexes脂质体载体，其由活化的阳离子脂质体lipoplexes与活化的Anti‑GOLPH2抗体经水溶性碳二亚胺交联，是一种具有靶向性的非病毒脂质体载体。本发明还以所述...
- 于保锋袁洋洋张丽娜田九博王萱马培元姚志坚曾思衡刘畅张婵穆秀丽孙公勤解军刘志贞郭睿孟凡秀张琪曹睿张紫燕傅松涛杨丽红王惠珍徐钧刁海鹏陈显久胡晓年王海龙弓韬赵虹张栋
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