张振兴
- 作品数：12 被引量：45H指数：5
- 供职机构：海南大学更多>>
- 发文基金：国家肉羊产业技术体系建设项目国家现代农业产业技术体系建设项目国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 羊种布鲁氏菌dhbC基因的克隆、原核表达及生物信息学分析被引量：5
- 2017年
- 试验旨在对羊种布鲁氏菌dhbC基因进行克隆及原核表达,并对其表达蛋白进行生物信息学分析。参照GenBank中布鲁氏菌M5-90株dhbC基因序列信息设计1对引物,通过PCR反应扩增获得dhbC基因片段。将得到的dhbC基因连接到pMD20-T载体,构建pMD20-T-dhbC重组质粒并转化大肠杆菌(E.coli)DH5α感受态细胞,提取质粒进行酶切鉴定。鉴定正确后构建pET28a-dhbC重组质粒,转化E.coli BL21(DE3)感受态细胞。经IPTG诱导表达,表达产物用SDS-PAGE和Western blotting进行分析。运用生物信息学软件DNAMAN及相关在线网站ProtParam、SOPMA及Protscale对dhbC基因编码的氨基酸序列进行生物信息学分析。结果表明,试验成功克隆了大小约为1 093bp的dhbC基因并进行了蛋白表达,表达的融合蛋白大小约为47ku,且主要以包涵体形式存在。dhbC蛋白的分子式为C1866H2968N544O562S15,分子质量为42 496.3u,理论等电点(pI)为5.81,消光系数为33 835,不稳定系数为36.76,疏水指数为86.19,总平均疏水性(GRAVY)为-0.215。预测在哺乳动物网织红细胞的半衰期为30h,其二级结构以α-螺旋(41.94%)和无规则卷曲(31.46%)为主。
- 李宝宝聂鑫杨小健曹瑞勇朱姝黄海峰张振兴彭冬梅李国华李亚颖王凤阳杜丽
- 关键词：布鲁氏菌克隆原核表达生物信息学分析
- 一株羊源A型多杀性巴氏杆菌的全基因组测序及生物学特性分析被引量：5
- 2021年
- 【背景】多杀性巴氏杆菌(Pasteurella multocida,Pm)是一种革兰氏阴性菌,可引起动物和人类的呼吸道疾病和败血症等。本实验室前期分离鉴定一株A型Pm HN02菌株。【目的】通过对HN02菌株的全基因组测序及生物信息学分析,扩充多杀性巴氏杆菌的基因组数据库信息;通过毒力基因鉴定和系统进化树分析,明确该菌株含有的毒力基因和遗传进化关系,为临床预防和诊断提供理论依据。【方法】使用单分子实时测序(Single Molecule Real Time Sequencing,SMRT)技术对Pm HN02菌株进行全基因组测序,利用Illumina测序校正后进行基因功能注释和生物信息学分析。使用PCR鉴定菌株毒力基因,并构建进化树进行分析。【结果】Pm HN02菌株全基因组大小为2 333 292 bp,GC含量为40.15%,预测到的编码基因有2 389个,包含19个rRNA (6个23S rRNA、6个16S rRNA、7个5SrRNA)、62个tRNA基因、5个sRNA;含84个串联重复序列、66个小卫星DNA、2个微卫星DNA、9个基因岛、9个前噬菌体;分别有1 648、2 190和1 917个基因注释在GO、KEGG和COG数据库中,而且大部分富集于Pm的代谢过程;还有85个III型分泌系统效应蛋白、191个表型突变基因、165个毒力因子相关基因。根据分析结果绘制该菌株的全基因组圈图,并将基因组信息提交至NCBI后获得登录号cp037865。PCR鉴定发现该菌株含有fimA、toxA等14个毒力基因,缺失了tadD等毒力基因。系统进化树分析发现该菌株同北京的Pm3菌株(MH150895.1)进化关系最接近。【结论】研究完成了A型Pm HN02株的全基因组测序和生物学特性鉴定,揭示了其同国内外Pm分离株的进化关系,为预防Pm疾病流行和探索Pm致病机制提供了参考。
- 张振兴陈珍刘昂程逸文陈思杜丽满初日嘎王凤阳陈巧玲
- 关键词：基因组测序生物信息学分析毒力相关基因
- 多杀性巴氏杆菌的分离鉴定及其系统进化分析被引量：11
- 2018年
- 海南某养殖场的黑山羊出现体温升高、咳嗽、呼吸困难、偶尔伴有腹泻症状。为了诊断,采集病死羊肺脏组织,进行细菌的分离培养。对分离得到的细菌进行形态学观察、生化反应鉴定、细菌16S rRNA测序、特异性引物PCR鉴定、小鼠攻毒试验以及系统进化分析。结果确定该患病黑山羊感染了D型多杀性巴氏杆菌,并确定该菌对甲氧苄啶-磺胺甲噁唑、左氧氟沙星、四环素、庆大霉素、阿莫西林敏感。系统进化分析发现,该株多杀性巴氏杆菌与河北、湖北、重庆等地分离菌株的亲缘关系较近。本试验为海南黑山羊流行性疾病诊断提供了重要的资料。
- 曹瑞勇张振兴聂鑫李宝宝黄海峰杨小健朱姝杜丽王凤阳
- 关键词：海南黑山羊多杀性巴氏杆菌细菌分离鉴定系统进化分析
- 羊源D型多杀性巴氏杆菌感染小鼠脾脏转录组分析被引量：1
- 2021年
- 试验旨在探索羊源D型多杀性巴氏杆菌入侵宿主脾脏组织中引发的免疫应答途径。首先利用羊源D型多杀性巴氏杆菌(HN01菌株)感染小鼠,建立羊源D型多杀性巴氏杆菌感染的动物模型;之后利用转录组测序技术获得感染小鼠与正常小鼠的脾脏转录组数据,并使用COG、KOG、eggNOG、GO、KEGG数据库对测序结果中的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)进行功能注释与分析,同时对于显著富集到关键免疫通路的差异表达基因使用STRING软件和KEGG mapper进行蛋白互作分析,筛选出核心通路中起关键作用的基因;最后选取关键的10个基因进行实时荧光定量RT-PCR验证。转录组分析结果显示,与正常组相比,感染组中筛选出3380个差异表达基因(P<0.01,log_(2)|FoldChange|≥0.5),其中1691个基因上调,1689个下调。基因功能富集分析结果表明,感染组脾脏中的差异表达基因主要发挥信号转导的功能,其主要参与的生物途径包括细胞因子与细胞因子受体互作通路、趋化因子信号通路、HIF-1信号通路、TNF信号通路。蛋白互作分析筛选出约28个核心差异表达基因,结合实时荧光定量RT-PCR验证后,其中9个基因的表达结果与测序一致,分别是C3、Cd4、Cxcl13、Lck、Gnai1、Grap2、IL-6、Cxcr6及Serping1基因。本研究初步证明了脾脏在抵抗多杀性巴氏杆菌入侵中参与了一系列免疫应答反应,为进一步研究羊源D型多杀性巴氏杆菌与宿主之间相互作用的分子机制奠定理论基础。
- 李彬陈巧玲程逸文陈杰张振兴安琪黄惠娴刘志勇翟哲满初日嘎王凤阳杜丽陈思
- 关键词：多杀性巴氏杆菌脾脏免疫应答
- 海南黄牛IGF2R基因单核苷酸多态性及其生物信息学分析被引量：2
- 2022年
- 【目的】明确海南黄牛胰岛素样生长因子2受体基因(IGF2R)遗传多态性及其在海南黄牛群体中的遗传分布情况,为进一步揭示IGF2R基因对海南黄牛生长性状的调控机理提供理论依据,也为分子标记辅助选择提供新的候选位点。【方法】构建海南黄牛DNA混池,通过PCR扩增和测序技术对海南黄牛IGF2R基因编码区(CDS)进行基因多态性分析,并以Chromas序列比对筛选出错义突变SNP位点;应用PCR-RFLP对202头海南黄牛个体进行基因型鉴定,同时对筛选到的SNP位点进行连锁不平衡及单倍型分析,评估海南黄牛群体中各单倍型的分布情况;通过生物信息学方法分析各单倍型和SNP位点对海南黄牛IGF2R基因CDS区mRNA二级结构、蛋白理化性质及蛋白二级结构的影响。【结果】在海南黄牛IGF2R基因CDS区共检测到4个错义突变SNPs位点,分别为SNP1(g.63977A>G)、SNP2(g.63999T>C)、SNP3(g.69772G>A)和SNP4(g.94987A>C),其中SNP1、SNP2和SNP3位点间呈强连锁不平衡状态。4个SNPs位点在海南黄牛群体中均表现为中度多态性,且处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。海南黄牛群体中存在4种单倍型(F>0.01),分别是H1(ATG)、H2(GCA)、H3(ACA)和H4(GCG);各单倍型及SNP4突变型对海南黄牛IGF2R基因CDS区mRNA二级结构及其最小自由能均有影响。海南黄牛IGF2R蛋白为亲水蛋白,存在跨膜结构和信号肽,其二级结构主要由无规则卷曲和延伸链构成,α-螺旋和β-转角的占比较小。【结论】在海南黄牛IGF2R基因CDS区共检测到4个错义突变SNPs位点,在海南黄牛群体中均表现为中度多态性,且处于Hardy-Weinberg平衡状态。海南黄牛IGF2R基因SNP位点突变对其mRNA二级结构及稳定性均会造成影响,致使IGF2R蛋白二级结构肽链构象发生改变,进而对海南黄牛生长性状的调控造成影响。
- 杨伟杰满初日嘎吴慧张振兴何美荣蒋俊明陈巧玲高宏岩王凤阳陈思
- 关键词：SNP位点生物信息学生长性状
- 布鲁氏菌脂多糖刺激山羊支气管上皮细胞的全转录组分析
- 2022年
- 布鲁氏菌(Brucella)的细胞壁成分脂多糖(lipopolysaccharide,LPS)是布鲁氏菌逃避宿主免疫的主要毒力因子之一,由于LPS具有较低的免疫原性,因而不会激活宿主Toll样受体。本研究采用猪布鲁氏菌S2株(Brucella suis S2,B.suis S2)的LPS刺激山羊(Capra hircus)支气管上皮细胞,通过全转录组测序技术筛选响应B.suis S2 LPS刺激的宿主差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)和差异表达miRNA。通过筛选结果中|log2fold change|>1且P<0.05的基因和miRNA,在LPS刺激组和对照组间共产生97个差异基因和3条差异miRNA,其中包括58个上调基因和39个下调基因,3条差异miRNA均为下调。通过基因本体论(gene ontology,GO)注释和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集发现,DEGs主要富集于ATP代谢、RAGE受体结合、IL-12受体活性、趋化因子信号通路、细胞凋亡、细胞黏附分子、白细胞跨内皮迁移、B细胞受体信号通路、FcγR介导的吞噬作用等通路。蛋白质互作网络图可以将DEGs编码的蛋白质分为4个聚类,分别代表神经内分泌相关蛋白、核糖体相关蛋白、呼吸作用相关蛋白和免疫系统相关蛋白。此外,筛选到的chi-miR-1与INPP5D在B细胞受体信号通路上存在潜在相互调控作用。经RT-qPCR验证,基因表达量变化趋势和测序结果一致。该结果为进一步研究布鲁氏菌LPS在布鲁氏菌免疫逃逸以及宿主免疫应答中的功能奠定基础。
- 吴昊天张振兴陈思刘志勇安琪陈杰程逸文刘昂何美荣蒋俊明陈巧玲王凤阳杜丽满初日嘎
- 关键词：布鲁氏菌脂多糖转录组免疫逃避
- 羊源A型多杀性巴氏杆菌的分离鉴定及生物学特性分析被引量：5
- 2022年
- 为了解辽宁省朝阳市某羊场内绵羊体温异常增高、精神萎靡、食欲不佳、严重者1周内死亡的发病原因并提供用药推荐,试验对刚病死的绵羊进行解剖,采集心脏、肺脏和肾脏,收集胸腔积液和鼻拭子作为试验样品进行细菌分离培养、细菌形态学观察、细菌16S rRNA鉴定、多杀性巴氏杆菌荚膜血清型鉴定、生化鉴定、药敏试验、耐药基因检测和致病性试验等。结果表明:导致该羊场羊发病的致病菌为羊源A型多杀性巴氏杆菌。该菌与多杀性巴氏杆菌Pm 5株(AY316314.1)的进化关系最近;且含有B类碳青霉烯酶(VIM)的耐药基因,对庆大霉素、卡那霉素等25种抗生素敏感。说明A型多杀性巴氏杆菌是导致该羊场绵羊死亡的病原菌,该菌携带B类碳青霉烯酶(VIM)耐药基因,对庆大霉素、卡那霉素等抗生素敏感;临床上推荐使用氨基糖苷类(庆大霉素和卡那霉素)和四环素类(四环素)抗生素。
- 张振兴陈巧玲程逸文刘志勇蒋俊明陈思满初日嘎杜丽王凤阳
- 关键词：药敏试验耐药基因生物学特性
- 多杀性巴氏杆菌OmpA基因的原核表达及生物信息学分析被引量：7
- 2019年
- 本试验旨在探究羊源多杀性巴氏杆菌OmpA基因的原核表达及其生物信息学特征。以羊源多杀性巴氏杆菌HN-01株基因组为模板,设计特异性引物扩增OmpA基因;构建pET-28a(+)-OmpA重组质粒后转化大肠杆菌BL21(DE3)感受态细胞,将鉴定正确的重组菌经IPTG诱导表达;通过SDS-PAGE及Western blotting分析表达蛋白的特征,并运用生物信息学工具对OmpA基因序列进行分析。结果显示,羊源多杀性巴氏杆菌OmpA基因大小约为1044bp,该基因序列与HN-06株的同源性达89.72%。通过诱导后发现,pET-28a(+)-OmpA重组菌最佳诱导条件为1mmol/LIPTG37℃诱导6h,表达的重组蛋白大小约为40ku,以包涵体的形式存在。Western blotting结果显示,约40ku的重组蛋白携带His标签。经生物信息学分析,OmpA分子式为C1684H2619N457O505S3,属碱性疏水蛋白,其多肽链的1-21位氨基酸为信号肽区域,并具有多种结构。综上所述,OmpA可能具有特殊结构,与众多外膜蛋白结构特点相似。本研究构建了多杀性巴氏杆菌OmpA基因原核表达系统,优化诱导条件后能稳定获得OmpA重组蛋白,为进一步探究巴氏杆菌的致病机理提供理论依据。
- 郑义盈李宝宝黄海峰张振兴章泸尹张萌萌安琪王成强陈杰李彬陈珍杜丽王凤阳
- 关键词：多杀性巴氏杆菌原核表达
- 羊源多杀性巴氏杆菌重组酶聚合酶扩增诊断方法的建立被引量：10
- 2021年
- 为建立适用于羊源多杀性巴氏杆菌的重组酶聚合酶扩增(RPA)诊断方法,本研究依据前期测序鉴定的羊源多杀性巴氏杆菌KMT1基因序列构建pET-28a(+)-KMT1质粒标准品。设计基于RPA技术的特异性引物及RPA荧光探针,建立实时荧光RPA方法的最适反应体系。采用10倍梯度连续稀释的质粒标准品检测该RPA方法的敏感性并绘制相关性曲线;以10种不同菌株的基因组DNA为模板验证方法的特异性;用感染多杀性巴氏杆菌的山羊及小鼠组织样品对方法的可靠性进行验证。结果显示,本试验建立的实时荧光RPA方法最适反应温度为39℃,最佳引物为KMT1-Fe1,灵敏度达100拷贝/μL,检测下限为10拷贝/μL。与大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、副伤寒沙门氏菌、副溶血弧菌、绿脓杆菌、产酸克雷伯菌、布鲁氏菌S2株和鲍曼不动杆菌均无交叉反应。对13个组织样本进行检测,阳性率为76.9%,与实时荧光定量PCR检测结果的符合率达92.3%。综上所述,本研究建立的羊源多杀性巴氏杆菌实时荧光RPA方法具有特异性强、灵敏度高、可靠、快速便捷等特点,适用于多杀性巴氏杆菌的临床分子诊断。
- 刘昂程逸文安琪张振兴李彬陈杰陈巧玲杜丽满初日嘎王凤阳陈思
- 关键词：多杀性巴氏杆菌荧光探针分子诊断
- 肉羊免疫芯片及应用
- 本发明公开了肉羊免疫芯片，该芯片包括内参基因在内的66个免疫因子基因的探针序列。该肉羊免疫芯片能应用在肉羊养殖、肉羊群体免疫情况监测、肉羊选育中。本发明的肉羊免疫芯片，可以实现低成本大规模羊群免疫水平监测，帮助肉羊选育，...
- 王凤阳陈巧玲陈思满初日嘎高宏岩杜丽李虹张振兴程逸文
