路沁
- 作品数：1 被引量：2H指数：1
- 供职机构：昆明学院生命科学与技术系更多>>
- 发文基金：云南省应用基础研究基金云南省教育厅科学研究基金一般项目更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 灰葡萄孢基因中微卫星序列分析被引量：2
- 2013年
- 微卫星(SSR)一般是指由单、双、三、四、五和六核苷酸重复单元串联排列的简单重复序列,它广泛分布于生物基因组内,在不同生物中,微卫星DNA的数目、类型及其分布情况存在很大的差异。本研究主要统计了已公布的灰葡萄孢基因序列中的SSR数量及类型,在灰葡萄孢的564个预测基因区域中发现669个微卫星序列,其中大多数基因(477个基因)只含有1个碱基SSR,占含SSR基因总数的71.3%;72个基因含有2个碱基SSR,13个基因含有3个碱基SSR,含4个和5个碱基SSR的基因则各只有1个。所有SSR序列中,出现数量最多的为3个碱基和6个碱基的SSR序列,分别达到了135次和330次,1个碱基、2个碱基、4个碱基和5个碱基的SSR则分别出现了7、41、64和92次。SSR碱基数越多,重复的次数越少,重复次数最少的SSR是6个碱基的AGAGGG重复。重复次数最高的SSR为122次,是3个碱基的AAT重复,这表明,在选择压力下,SSR趋向于密码子的整数倍,这与其他物种的分析结果一致。发现大多数含有SSR的基因并没有明确的功能描述,这可能是由于这些基因受到SSR的影响而在进化上变化较快所致。
- 张悦施唯李丹路沁陈子牛
- 关键词：灰葡萄孢微卫星序列基因组生物信息学
