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裴智勇

作品数：5 被引量：4H指数：2
供职机构：中国科学院研究生院更多>>
发文基金：国家自然科学基金内蒙古自治区自然科学基金更多>>
相关领域：生物学更多>>

合作作者

文献类型

  • 5篇中文期刊文章

领域

  • 5篇生物学

主题

  • 4篇蛋白
  • 3篇蛋白质
  • 3篇蛋白质相互作...
  • 3篇白质
  • 2篇相互作用
  • 2篇二次判别分析
  • 1篇蛋白相互作用
  • 1篇蛋白序列
  • 1篇蛋白质复合体
  • 1篇亚基相互作用
  • 1篇支持向量
  • 1篇支持向量机
  • 1篇细胞
  • 1篇细胞器
  • 1篇向量
  • 1篇向量机
  • 1篇膜蛋白
  • 1篇膜系统
  • 1篇结构类
  • 1篇结构信息

机构

  • 5篇内蒙古科技大...
  • 1篇南京师范大学
  • 1篇包头医学院
  • 1篇中国科学院研...
  • 1篇中国科学院植...

作者

  • 5篇蔡禄
  • 5篇裴智勇
  • 2篇刘佳
  • 1篇任松叶
  • 1篇邢永强
  • 1篇赵秀娟
  • 1篇陈斯云
  • 1篇秦笙
  • 1篇江威
  • 1篇季风

传媒

  • 2篇生物数学学报
  • 1篇内蒙古大学学...
  • 1篇生物物理学报
  • 1篇内蒙古科技大...

年份

  • 1篇2012
  • 3篇2010
  • 1篇2009
共 5 条 记 录，以下是 1-5
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排序方式：
离散增量结合二次判别分析预测人类DNA甲基化位点
2012年
DNA甲基化作为直接作用于DNA序列的一种表观遗传修饰,能够在不改变DNA分子一级结构的情况下影响基因表达,在生命活动中扮演着重要的角色.在哺乳动物中,DNA甲基化主要发生在C_pG二核苷酸的胞嘧啶上,并且在基因组中呈现不均匀分布.准确预测DNA甲基化位点有助于阐明DNA甲基化对基因表达的调控作用,并为肿瘤的早期诊断及治疗提供新的依据.本文应用离散增量结合二次判别分析的方法,对人类的C_pG二核苷酸甲基化状态进行了识别.5折交叉检验的整体准确率超过了80%,受试者操作特性曲线面积也达到了0.86.与现有方法相比,预测成功率显著提高.这说明离散增量结合二次判别分析方法适用于甲基化位点的预测;基因组序列中甲基化位点具有序列依赖性.
刘佳赵秀娟裴智勇秦笙蔡禄
关键词：DNA甲基化二次判别分析
基于GO的酵母膜系统蛋白相互作用规律研究
2010年
引进描述蛋白质相互作用倾向性参数(PIRB),基于GO(Gene Ontology)和相关的数据库中蛋白质功能注释,对酿酒酵母部分膜蛋白相互作用规律进行了研究,构建了基于PIRB的蛋白质相互作用网络图.结果表明各类膜蛋白质之间的相互作用具有明显的偏向性.对这种偏向性的生物学含义作了简要探讨.
蔡禄裴智勇季风江威
关键词：蛋白质相互作用基因本体膜蛋白
基于蛋白序列的IDQD算法预测蛋白质相互作用被引量：2
2010年
基于蛋白质序列组分信息,提出一个离散增量结合二次判别分析法(IDQD)预测蛋白质相互作用的模型,对人类蛋白质相互作用进行预测.自洽检验的识别精度达到75.89%,3-fold交叉检验的敏感性和特异性分别为64.22%和64.68%.结果表明IDQD算法可以用于蛋白质相互作用的预测.
刘佳裴智勇邢永强蔡禄
关键词：蛋白质相互作用二次判别分析
基于二级结构预测蛋白质复合体亚基相互作用
2010年
蛋白质相互作用在生命活动中起着核心作用,蛋白质复合体亚基的结合是蛋白质相互作用的一种重要形式.由于实验方法耗时耗力,因此从理论上预测蛋白质相互作用有着特殊的意义.首先对蛋白质复合体的结合区统计其二级结构、超二级结构和二级结构组合的频数,以及这些结构占整个蛋白质氨基酸链中各类统计数目的百分比,得到各类型结构出现在结合区的相对倾向值.而后,根据相对倾向值给出相结合的两个蛋白亚基的氨基酸链的打分规则.选取64个氨基酸长度为标准滑动窗口,以1为步长,将每一对蛋白链得到一组分值作为特征值输入支持向量机,构建模型.用10折交叉检验评价其预测能力,得到整体准确率、敏感性、阳性预测值和相关系数分别是64.52%、66.87%,63.92%和0.291.这表明本方法有一定的区分度,用于预测蛋白质亚基相互作用是可行的.
裴智勇任松叶蔡禄
关键词：超二级结构蛋白质相互作用支持向量机
基于结构信息的蛋白质相互作用规律的研究被引量：2
2009年
蛋白质-蛋白质相互作用是蛋白质发挥其功能的重要途径之一。作者基于相互作用蛋白质数据库、基因本体数据库和蛋白质结构分类数据库(structural classification of proteins,SCOP),结合SWISS-PROT等相关数据库中蛋白质功能注释信息,定义描述蛋白质相互作用倾向性的参数,对酿酒酵母定位于不同细胞器蛋白、部分膜蛋白,以及酿酒酵母、线虫和大肠杆菌按SCOP分类的不同结构类蛋白质之间相互作用规律进行研究。结果表明各种细胞器、膜和结构类蛋白质之间相互作用确实存在明显的偏向性。
蔡禄裴智勇陈斯云
关键词：蛋白质相互作用细胞器结构类
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