朱靖华
- 作品数：1 被引量：11H指数：1
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- 发文基金：宁波市科技创新团队项目国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 泥蚶(Tegillarca granosa)基因组SSR和EST-SSR的开发及比较研究被引量：11
- 2013年
- 采用SSPHunter软件在泥蚶(Tegillarca granosa)磁珠富集文库和454转录组文库中搜索核心序列长度12bp以上的2—6核苷酸重复序列,根据富集文库所得基因组SSR侧翼序列设计47对引物,可成功扩增17对且均为多态性引物,多态率100%,平均等位基因数(Na)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态性信息含量(PIC)分别为6.8、0.468、0.785、0.733。11344条EST序列中得到1683个SSR位点,检出率14.83%,平均每3.85kb出现1个位点。根据部分EST序列设计120对引物,62对可扩增出目的片段,其中29个位点具有多态性,多态率为46.77%,平均Na、Ho、He、PIC分别为4.2、0.372、0.554、0.500,均低于基因组SSR。双变量相关性分析的结果表明,46个多态性SSR位点的核心序列长度与其Na、Ho、He、PIC极显著正相关,Spearman相关系数分别为0.632、0.387、0.657、0.
- 周小龙朱靖华董迎辉林志华富凯立姚韩韩齐晓艳
- 关键词：泥蚶基因组SSREST-SSR
