曹文清
- 作品数：2 被引量：3H指数：1
- 供职机构：沈阳药科大学生命科学与生物制药学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金天津市自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- 应用Tail-PCR分析sul1和tetW侧翼功能序列被引量：2
- 2011年
- 目的基于对抗生素抗性基因(sul1和tetW)侧翼序列分析,为研究其水平或垂直传递相关保守元件和机制提供方法学基础和理论依据。方法运用普通PCR对天津海河流域底泥中抗性基因进行定性分析,以多个样品的总DNA提取物为模板,运用Tail-PCR扩增分析sul1、tetW的侧翼序列。结果磺胺类和四环素类抗性基因sul1和tetW普遍存在,并获得了sul1的左侧序列1 100 bp,tetW右侧序列两条为608 bp、862 bp。结论通过序列分析发现了多种保守结构域相关序列,以及全新的序列特征,结果表明磺胺抗性基因与氨基糖苷类药物抗性基因存在连锁现象,四环素抗性基因与TnB1230存在连锁,并成功摸索了从混合模板中Tail-PCR获取特定位点多个侧翼序列的方法。
- 曹文清刘建罗义毛大庆
- 关键词：抗生素抗性基因TAIL-PCR侧翼序列
- 抗生素抗性基因连锁传播的侧翼保守元件分析被引量：1
- 2012年
- 抗生素在医疗、畜牧和水产养殖业的大量使用造成了环境中耐药细菌和抗性基因的日益增加,也加速了抗性基因在环境细菌间的传播扩散.本研究以环境样本直接提取的总DNA为模板,运用热不对称交错PCR(thermal asymmetric interlaced PCR,Tail-PCR)技术直接扩增抗生素抗性基因上下游序列.通过优化Tail-PCR反应程序,单循环同时扩增出tetW基因的多条侧翼序列,包括6条上游序列和9条下游序列.基于序列的生物信息学分析发现,上游包括一段反向重复序列和已知的一段tetW调节肽序列以及一个已知的插入序列,下游包括一个保守的未知序列和一个开放式阅读框架(the open reading frame,ORF)编码甲基转移酶.结果不仅发现了可能协助tetW基因传播的功能元件,也提供了一个未知侧翼序列高效和便捷的研究方法,即采用Tail-PCR技术,一组样品即能便捷获得多条侧翼序列.
- 刘建毛大庆任君罗义曹文清
- 关键词：抗性基因实时荧光定量PCRTAIL-PCR
