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李金龙

作品数：1 被引量：1H指数：1
供职机构：上海交通大学更多>>
发文基金：国家自然科学基金国家高技术研究发展计划更多>>
相关领域：医药卫生更多>>

合作作者

文献类型

  • 1篇中文期刊文章

领域

  • 1篇医药卫生

主题

  • 1篇南海海绵
  • 1篇基因
  • 1篇基因组
  • 1篇共生微生物
  • 1篇海绵
  • 1篇次级代谢

机构

  • 1篇上海交通大学

作者

  • 1篇孙伟
  • 1篇李志勇
  • 1篇张风丽
  • 1篇刘放
  • 1篇冯国芳
  • 1篇李金龙

传媒

  • 1篇中国海洋药物

年份

  • 1篇2016
共 1 条 记 录，以下是 1-1
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排序方式：
基于元基因组的南海海绵Theonella swinhoei共生微生物次级代谢潜力研究被引量：1
2016年
目的揭示中国南海海绵Theonella swinhoei共生微生物次级代谢潜力。方法用Illumina Hiseq 2000测序仪对T.swinhoei元基因组DNA进行测序,用MG-RAST平台对共生微生物种群结构和功能进行分析,并比较此海绵与其他海绵的次级代谢差异。用fragment recruitment方法评估T.swinhoei元基因组中具有代表性的微生物在此种海绵和其他生境中的丰度。用antiSMASH预测T.swinhoei元基因组中次级代谢产物生物合成基因簇,并通过序列比对分析其来源。结果T.swinhoei共生微生物主要包括Proteobacteria(30.5%)、Actinobacteria(6.2%)、Poribacteria(3.6%)、Firmicutes(3.5%)、Chloroflexi(2.6%)和Cyanobacteria(2.1%)。Candidatus Entotheonellasp.TSY1和Candidatus Entotheonellasp.TSY2在T.swinhoei中的丰度比其他生境高很多。T.swinhoei共生微生物中聚酮合酶模块和相关蛋白(COG3321)以及非核糖体肽合成酶模块和相关蛋白(COG1020)基因的比例比其他海绵共生微生物中的比例高。次级代谢产物生物合成基因簇除来自Candidatus Entotheonella外,还有许多来自未知的共生细菌和可能的蓝细菌。结论中国南海海绵T.swinhoei共生微生物具有很强的次级代谢潜力,为研究海绵天然产物微生物来源提供了依据,同时为进一步开发利用T.swinhoei共生微生物资源提供了基础。
柴光俊李金龙冯国芳刘放孙伟张风丽李志勇
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