郑柳城
- 作品数：2 被引量：20H指数：2
- 供职机构：广东海洋大学农学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 木薯EST资源的SSR信息分析被引量：16
- 2008年
- 为了进一步利用现有木薯EST-SSR资源,笔者从NCBI公共数据库下载了38411条木薯EST,去除低质量的和冗余的的序列后,得到全长为4.16×103kb的无冗余序列5401条。在无冗余序列中发现含有SSR的EST序列595条,共691个SSR,平均相隔6.02kb出现一个SSR。这些SSR的出现频率和平均长度分别是11.02%和18.89bp。在1～6bp的重复基元中,二核苷酸重复基元出现频率最高(36.03%),其次是三核苷酸重复基元(31.84%)、单核苷酸重复基元(30.10%)。出现较多的重复基元是A/T(29.23%),其次是AG/CT(24.75%)。结果说明,木薯的EST-SSR出现频率较高、类型较丰富、多态性潜能较高,具有较高的利用价值。
- 彭丁文郑柳城朱宏波
- 关键词：木薯EST
- 水稻水溶性环氧化合物水解酶的生物信息学分析被引量：4
- 2009年
- 水溶性环氧化合物水解酶(Soluble Epoxide Hydrolase,SEH)是一组催化环氧化合物水解为相应邻位二醇的酶类,在哺乳动物、植物、昆虫和微生物体内广泛存在。通过BLAST对水稻基因组的蛋白质数据库进行搜索,获得10个水溶性环氧化物水解酶(Soluble Epoxide Hydrolase SEH)sEH蛋白的同源序列。经分析发现这些基因在水稻不同胁迫处理下各个部位都有所表达,而且不同成员之间的表达模式存在较大的差异。水稻sEH蛋白主要参与角质层形成,应激反应,以及病原防御等生理过程,特别在脱毒过程中扮演着重要的角色。对蛋白质多序列联配和三级结构预测结果表明:水溶性环氧化合物水解酶的核心结构域由3个催化残基Asp、His和Asp形成三位一体的催化活性构象。这类基因的表达受抗逆环境诱导,其功能与抗逆性有关,为基因工程抗逆育种提供了参考。
- 郑柳城朱宏波
- 关键词：生物信息学水稻
