陈劲松
- 作品数：4 被引量：9H指数：2
- 供职机构：中国科学院成都生物研究所更多>>
- 发文基金：中央高校基本科研业务费专项资金国家自然科学基金国家级大学生创新创业训练计划更多>>
- 相关领域：生物学农业科学更多>>
- 植物磷酸乙醇胺甲基转移酶的生物信息学分析被引量：2
- 2013年
- 运用生物信息学的方法,对已在Genbank数据库中注册的菠菜、甜菜、拟南芥、陆地棉和辽宁碱蓬等中磷酸胆碱合成的关键酶磷酸乙醇胺甲基转移酶(PEAMT)的氨基酸序列进行分析。结果显示:植物PEAMT属于稳定蛋白质,含有较丰富的赖氨酸和亮氨酸;不同植物PEAMT的氨基酸序列具有较高的同源性,含有与SAM结合的保守结合域及Tyr-His氨基酸对;植物PEAMT属于胞质酶,不与膜结合;分子进化研究表明PEAMT可作为植物遗传分化和分子进化研究的重要依据;氨基酸序列中不存在信号肽;分子中不存在跨膜结构域,可能受蛋白激酶C的磷酸化;无规则卷曲是多肽链中的主要结构元件;蛋白质保守区域包含两个AdoMet-MTase区域,属于典型的SAM依赖性甲基转移酶功能结构域。本研究还初步构建了菠菜PEAMT的三维模型,能够认识植物中PEAMT的特异性及催化分子机制,并为通过分子改造创造出具有更强抗逆效能的PEAMT提供理论参考。
- 冯斌俞继华张宝宋志磊陈劲松廖海周嘉裕
- 关键词：生物信息学磷酸胆碱S-腺苷甲硫氨酸
- 植物甜菜碱醛脱氢酶的生物信息学分析被引量：6
- 2012年
- 运用生物信息学的方法,对已在GenBank数据库中注册的甜菜、菠菜、山菠菜、玉米、辽宁碱蓬等植物甜菜碱醛脱氢酶(BADH)的氨基酸序列进行分析。结果表明:植物BADH属于稳定蛋白质,含有较丰富的丙氨酸和谷氨酸;不同植物BADH的氨基酸序列具有较高的同源性,含有与酶功能相关的十肽保守序列及半胱氨酸残基;不同植物的BADH具有不同的亚细胞定位;分子进化研究表明,BADH可作为植物遗传分化和分子进化研究的重要依据;氨基酸序列中不存在信号肽;分子中不存在跨膜结构域,可能受蛋白激酶的磷酸化;α?螺旋是多肽链中的主要结构元件;蛋白质保守区域包含典型的醛脱氢酶功能结构域。该研究结果为开展BADH的酶学特性及植物抗逆的分子机理研究提供理论参考。
- 弄庆媛麦秀英周虹冯潜陈劲松廖海周嘉裕
- 关键词：甜菜碱醛脱氢酶生物信息学GENBANK抗逆
- 植物胆碱单氧化酶的生物信息学分析被引量：1
- 2012年
- 为了研究胆碱单氧化物酶的抗逆机理,运用NCBI、Expasy、Psort、NetPhosK、TMHMM、NPSA网站和MEGA5、DNAman软件,对已在GenBank数据库中注册中的甜菜、菠菜、四翅滨藜草、山菠菜、苋菜等植物胆碱单氧化酶的氨基酸序列进行生物信息学分析。结果表明:植物胆碱单氧化酶中Ala、Ser、Leu等氨基酸含量较丰富,属于稳定蛋白;不同植物胆碱单氧化酶的氨基酸序列具有较高的同源性(81.52%),均含有转运肽区、2Fe-S中心区和非血红素Fe离子结合区;分子进化树揭示胆碱单氧化酶有较强的保守性,可作为植物遗传分化和分子进化研究的重要依据;分子中不存在跨膜结构域,与疏水区域预测结果一致;可能受蛋白激酶C磷酸化,位点为Ser326;无规卷曲是多肽链中大量的结构元件;包含2个功能结构域,分属于Rieske家族与SRPBCC家族。本研究结果为开展胆碱单氧化酶的酶学特性及甘氨酸甜菜碱生物合成的分子机理研究提供理论参考。
- 冯潜弄庆媛麦秀英周虹陈劲松周嘉裕廖海
- 关键词：生物信息学GENBANK抗逆
- 川芎甜菜碱醛脱氢酶cDNA的克隆及其植物表达载体的构建
- 2013年
- 以川芎为试材,从叶片中提取总RNA,经过RT-PCR获得甜菜碱醛脱氢酶(Betaine aldehyde dehydrogenase)基因的cDNA,纯化后与pMD18-T载体连接,转化大肠杆菌Top10,获得甜菜碱醛脱氢酶全长基因序列,以期构建植物表达载体。结果表明:甜菜碱醛脱氢酶全长核苷酸长度为1 527bp,编码508个氨基酸。与GenBank中已发表序列HM35276进行比较,核苷酸同源性为100%。将该基因片段克隆到植物表达载体pBI121中,构建重组质粒pBI121/Betaine alde-hyde dehydrogenase,并将所获重组质粒经过双酶切和PCR处理后进行序列测定,证实表达载体上含有目的片段,且连接、构建正确,为BADH的进一步表达奠定了基础。
- 毛莹张艳军王万军陈劲松廖海周嘉裕
- 关键词：川芎甜菜碱醛脱氢酶克隆植物表达载体
