刘平平
- 作品数：12 被引量：4H指数：1
- 供职机构：中国海洋大学海洋生命学院更多>>
- 发文基金：中央高校基本科研业务费专项资金教育部长江学者奖励计划山东省自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学医药卫生环境科学与工程更多>>
- 虾夷扇贝AMPK基因家族的鉴定及表达
- 2024年
- 为了解AMPK基因家族在虾夷扇贝中的特征、进化及生物学功能,实验采用比较基因组学及生物信息学的方法对虾夷扇贝AMPK基因家族进行了鉴定、基因与蛋白结构分析、系统发生分析以及时空表达分析,通过虾夷扇贝亚致死温度胁迫实验,研究了AMPK基因家族在高温胁迫时的表达规律。结果显示,虾夷扇贝基因组中共存在3个AMPK家族基因,即PyAMPKα、PyAMPKβ、PyAMPKγ。时空表达分析发现,PyAMPK的3个家族基因在D型幼虫期之前均呈现较高的表达量,其中PyAMPKα基因在受精卵时期表达量最高,PyAMPKβ基因在囊胚时期表达量最高,PyAMPKγ基因在受精卵和2~8细胞时期的表达量达到最高水平。PyAMPK在虾夷扇贝成体器官中呈现不同的表达模式,其中肾脏表达量最高,其次是鳃。受高温胁迫后,肾脏和鳃中的PyAMPK基因短时间内呈现显著的上调表达,并随着时间延长呈现先上升后下降的趋势。研究表明,AMPK基因家族参与了虾夷扇贝早期胚胎发育过程的能量代谢调节以及机体面对高温胁迫的应激调节过程。本研究有助于理解贝类AMPK基因的功能和进化,并为深入阐明贝类应对高温胁迫时的能量调节机制提供理论基础。
- 吕珍立黄晓文孙凤芝邢强王静刘平平刘平平吕佳
- 关键词：虾夷扇贝基因鉴定高温胁迫
- 一种用于高通量测序文库制备的微量贝类DNA提取方法
- 本发明公开了一种用于高通量测序文库制备的微量贝类DNA提取方法。选取微量贝类鳃丝组织，仅需细胞裂解液和蛋白酶K，进行细胞裂解、蛋白质消化，稀释上清，由此得到的基因组DNA，可以直接用来制备高通量测序文库。DNA提取所需的...
- 王师张天琦刘平平吕佳马岑包振民
- 一种串联RAD标签测序文库的构建方法
- 本发明公开了一种串联RAD标签测序文库的构建方法，步骤为：1）酶切：利用内切酶对DNA进行酶切反应；2）接头连接：对酶切片段分别连接接头，接头设计有SapI酶的酶切位点和用于实现标签串联的特征序列以及扩增引物结合的通用序...
- 王师包振民刘平平吕佳张玲玲
- 文献传递
- Hox基因及其在软体动物中的研究进展被引量：3
- 2017年
- Hox基因是动物基因组内高度保守的一类转录因子,在动物体轴形成中起着重要的作用,是一类重要的发育调控基因。动物形态的进化和多样性与Hox基因数目、序列及其表达模式密切相关,Hox基因在模式生物系统中得到了广泛的研究,但对于软体动物中Hox基因及其功能的了解还相对较少。软体动物具有高度的躯体结构多样性,研究软体动物的Hox基因及其功能对于理解和解释其形态多样性的产生具有重要意义。本文主要综述了Hox基因的研究概况、软体动物中Hox基因的分布、功能及其最新研究进展,以期为理解及深入研究软体动物的发育及其分子调控机制提供重要的参考。
- 王师杨志辉李语丽程陶然刘平平米雪包振民
- 关键词：HOX基因软体动物发育
- 高效非损伤性扇贝DNA提取方法的建立及效果评价被引量：1
- 2021年
- 本研究建立了一种高效、经济的非损伤性扇贝DNA提取方法,在不影响扇贝个体生存状态的前提下,采用擦拭法和室温裂解相结合的方式在20 min内即可获得个体基因组DNA。以虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)、栉孔扇贝(Chlamys farreri)和海湾扇贝(Argopecten irradians)为实验对象,研究了不同擦拭材料(棉签、滤纸)和不同擦拭部位(外套膜、鳃丝、内脏团)的核酸提取效果,评估了本方法在贝类基因分型领域应用的可行性。研究表明,用棉签、滤纸2种材料擦拭扇贝的鳃丝、内脏团或外套膜组织均能获得主带清晰完整的基因组DNA,且不影响扇贝的存活状态。在3种扇贝中采用棉签擦拭法的DNA得率均高于滤纸法,以这2种方式获得的DNA为模板进行SSR和SNP标记分析,能获得均一稳定的扩增条带,SSR标记分型结果准确可靠。本研究建立了简便、快速进行扇贝基因型分析的非损伤性DNA提取方法,为贝类全基因组选育和珍稀贝类资源的种质保护开发提供了新的技术手段。
- 张天琦刘平平吕佳马岑黄晓文张嘉俊王师
- 关键词：扇贝非损伤性取样DNA提取基因分型
- 高效自动化HD-Marker文库构建流程的建立及评估
- 2022年
- 针对HD-Marker (High-throughput, sequencing-based GoldenGate approach)技术应用于育种研究时面临的短时间内快速完成大批量样品基因分型的挑战,本研究基于自动化移液工作站建立了HD-Marker文库自动化构建体系并评估了此方法在文库构建中的可靠性。本研究基于自动化移液工作站建立了HD-Marker文库自动化构建流程,并评估了此方法在文库构建中的可靠性。结果表明扩增产物具有较高均匀性,浓度范围在23.1~38.7 ng/μL之间;90.63%的文库可获得清晰文库条带;文库位点捕获效率均在97%以上,分型位点比例能达到100%,与标准WGS文库数据相比,位点分型准确性也在97%~100%之间。此自动化文库构建流程可并行处理96个样品的文库制备,整体运行时间仅为人工操作的1/7。本研究首次实现了标准化的自动化HD-Marker基因分型文库制备,为大规模育种群体的基因分型效率的提高提供依据,并为全基因组选择育种的实施提供了具有实用价值的高效率技术平台。
- 杨志辉吕佳刘平平张天琦黄晓文倪萍包振民包振民
- 关键词：文库构建基因分型
- 双壳贝类密码子偏好性研究
- 密码子的简并性使得物种在长期进化过程中形成了对特定同义密码子的偏好性，隐藏在这种偏好性背后的是物种在长期进化过程中环境适应、自然选择、基因突变和漂变的综合作用。因此，密码子偏好性的研究有助于开展生物环境适应性，分子进化方...
- 王佳王师窦怀乾李仰平程陶然刘平平杨志辉包振民
- 关键词：双壳贝类密码子偏好性
- 一种用于高通量测序文库制备的微量贝类DNA提取方法
- 本发明公开了一种用于高通量测序文库制备的微量贝类DNA提取方法。选取微量贝类鳃丝组织，仅需细胞裂解液和蛋白酶K，进行细胞裂解、蛋白质消化，稀释上清，由此得到的基因组DNA，可以直接用来制备高通量测序文库。DNA提取所需的...
- 王师张天琦刘平平吕佳马岑包振民
- 文献传递
- 利用2b-RAD技术检测基因组区段缺失变异的应用潜力评价
- 2018年
- 缺失变异是一种重要的基因组结构变异形式,对个体的生长发育会造成一定程度的影响。以RAD-seq、2b-RAD等为代表的简化基因组测序在降低测序成本的同时又能获取大量遗传变异信息,其中包括缺失变异的信息。本文从理论上讨论了简化基因组2b-RAD数据测序深度和缺失片段大小对检测缺失变异的影响,并利用模式生物拟南芥的半模拟数据对理论分析进行了验证。结果发现,测序数据量在20×左右,当缺失区域内含有的酶切标签数目不小于3时,缺失区域检测的错误率趋近于0,且上述结果对于不同大小的缺失片段的检测均有效,这为2b-RAD数据提供了一个新的应用方向,为实际数据缺失变异研究提供了理论上的指导。
- 程陶然李语丽刘平平杨志辉张玲玲胡晓丽包振民王师
- 南美白对虾多密度高通量液相分型技术芯片设计与评估
- 2025年
- 针对南美白对虾育种研究中开展大规模全基因组重测序成本非常昂贵的问题,本研究对来自两个人工选择品种和四个市场领先公司的共180只南美白对虾进行全基因组重测序及全基因组单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphisms,SNPs)标记开发,并设计了12k、46k和92k三种密度规格的高通量液相分型技术芯片。对三款芯片性能进行评估的结果显示,三款芯片分别覆盖了11618、20055和20056个基因,基因覆盖度分别为43.50%、75.08%和75.09%;位于基因区位点分别为11618、35071和65138,占芯片总位点93.15%、76.24%和70.80%。次等位基因频率(Minor allele frequency,MAF)分别为0.27±0.11、0.34±0.12和0.27±0.12。三款芯片的位点在染色体上均匀分布,其中51.11%、76.63%和93.87%的位点平均间距范围为1~50 kB,均覆盖了MAPK、mTOR、Wnt和NOD-like受体等多个参与生长免疫功能的信号通路。本研究为南美白对虾HD-Marker体系建立提供了基础,从而为全基因组选择育种、种质资源评估、数量性状位点(Quantitative trait locus,QTL)定位和全基因组关联分析(Genome-wide association study,GAWS)提供技术支持。
- 刘名扬刘平平曾启繁曾启繁杨志辉王师王师胡景杰
- 关键词：南美白对虾单核苷酸多态性
