杨晓萌
- 作品数：3 被引量：2H指数：1
- 供职机构：青岛科技大学化工学院更多>>
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- 相关领域：化学工程轻工技术与工程更多>>
- 克雷伯氏杆菌代谢网络的基元模式优化分析!被引量：1
- 2014年
- 对克雷伯氏杆菌代谢甘油产1,3-丙二醇的代谢网络进行了基元模式分析,并结合不同发酵阶段下的胞外代谢产物积累速率,以生物量最大化为目标函数,应用线性规划对其微氧和厌氧条件下的代谢网络进行优化分析,得出不同发酵阶段各基元模式的通量值。结果表明:微氧条件下不同发酵阶段生物量合成的最优基元模式相同;厌氧条件下延迟期和稳定期的最优基元模式相同,对数期的最优基元模式不同;各最优基元模式对1,3-丙二醇合成贡献较大;氧化磷酸化途径在维持NAD+/NADH2和ATP/ADP平衡中起重要作用,更有利于生物量和1,3-丙二醇的合成。
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- 关键词：代谢网络1,3-丙二醇
- 基因组尺度克雷伯氏杆菌代谢甘油产1,3-丙二醇的路径分析被引量：1
- 2016年
- 采用代谢网络分析软件COBRA Toolbox对克雷伯氏杆菌基因组尺度的网络以1,3-丙二醇产量最大为目标函数进行通量平衡几何分析,得出不同细胞生长速率下克雷伯氏杆菌代谢甘油产1,3-丙二醇的最优路径及反应通量值的分布,找出细胞生长速率影响1,3-丙二醇产量的根本原因。结果显示:1,3-丙二醇最优代谢路径的反应个数随细胞生长速率的不同而不同,随着细胞生长速率的增加,共有34个反应加入到最优代谢路径中,9个反应从最优路径中消失;胞内钠离子的运输及还原当量NADPH(还原型辅酶Ⅱ)、NADH(还原型辅酶Ⅰ)对细胞生长速率的合成有重要影响,随着细胞生长速率的增加,还原当量NADPH、NADH所需值也增加,同时,用于维持胞内钠离子浓度的平衡和谷氨酸的合成的NADH消耗量也增加,导致用于合成1,3-丙二醇的还原当量值减少。
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- 关键词：COBRATOOLBOX
- 克雷伯氏杆菌代谢灵活性分析被引量：1
- 2015年
- 微生物对外界环境的变化具有灵活的适应性,通过代谢网络的通量可变性分析可以对代谢灵活性进行量化,得到影响菌体代谢灵活性的因素。使用代谢流分析软件COBRA Toolbox,对克雷伯氏杆菌基因组尺度代谢网络进行通量平衡分析与通量可变性分析,分别得到内部反应的可变性、交换反应的可变性和生长速率的可变性等3个因素对菌体代谢灵活性的影响程度,其中生长速率的可变性是影响代谢灵活性的主要因素,调控菌体至次优模式下生长可使其具有更大的代谢灵活性。通过进一步研究生长速率对通量可变性的影响,找到提高代谢灵活性的两个必要条件,从而增强菌体应对外界环境改变的能力。
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- 关键词：COBRATOOLBOX
