李印虎
- 作品数：6 被引量：30H指数：4
- 供职机构：中国科学院西北高原生物研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家科技基础性工作专项更多>>
- 相关领域：生物学农业科学更多>>
- 基于454测序技术的青藏高原黄绿蜜环菌微卫星引物的开发被引量：6
- 2014年
- 【目的】本研究利用454焦磷酸测序技术,对青藏高原黄绿蜜环菌(Armillaria luteo-virens)转录组进行测序,从获得的Expressed sequence tags(EST)序列中开发EST-SSR引物。【方法】利用高通量测序获得的EST序列设计微卫星引物,通过PCR扩增、琼脂糖凝胶电泳和毛细管电泳检测筛选出合格的微卫星引物。【结果】共得到了1997121条reads,总数据量超过80Mb,序列平均长度为449bp。对于所获得的reads进行拼接后得到了22236条非冗余的EST序列,其中含有2024条contigs(平均读长974bp)和20212条singletons(平均读长404bp)。在所有序列中共找到321条符合条件的含有SSR的序列,从中随机选择98对,成功开发出27对具有多态性条带的微卫星引物。利用采集自3个不同居群的66个个体对上述27对引物进行验证,有17对引物符合Hardy-Weinberg平衡且没有连锁不平衡现象。【结论】首次成功利用高通量测序技术开发的EST-SSR引物将会对今后黄绿蜜环菌遗传多样性的研究以及种质资源鉴定、遗传图谱构建等打下了坚实基础。
- 邢睿高庆波张发起李印虎付鹏程张金华王久利陈世龙
- 关键词：黄绿蜜环菌微卫星青藏高原
- 窄叶鲜卑花(Sibiraea angustata)nrDNA ITS和cpDNA trnL-F序列分子进化特点的分析被引量：10
- 2010年
- 应用PCR产物直接测序法分析了窄叶鲜卑花居群间nrDNA(核糖体DNA)ITS序列和cpDNA(叶绿体DNA)trnL-F的碱基差异,并与cpDNAtrnS-G序列和rpl20-rps12序列进行比较,从而初步研究两套植物基因组的变异速率。采用改良的CTAB法从硅胶干燥的窄叶鲜卑花叶片中提取总DNA,并对nrDNA ITS和cpDNAtrnL-F区域进行扩增、纯化、测序。nrDNA ITS序列共有601 bp,有变异位点3处,变异位点百分率为0.05%,(G+C)含量为41.4%。cpDNAtrnL-F序列共有927 bp,有变异位点1处,变异位点百分率0.01%,(G+C)含量为32.6%,两种序列的核苷酸多样性非常低。比较发现,窄叶鲜卑花nrDNA ITS区域较cpDNAtrnS-G序列和rpl20-rps12序列保守,变异速率较慢,比cpDNAtrnL-F序列变异速率稍快。通过对ITS序列单倍型(haplotype)进行分析发现,窄叶鲜卑花现有分布范围经历了居群近期范围扩张,与叶绿体基因组(trnS-G和rpl20-rps12序列)得出的结论一致。因此,窄叶鲜卑花nrDNA ITS序列适合该种的谱系地理学研究。
- 段义忠张得钧高庆波张发起李印虎陈世龙
- 关键词：ITS序列TRNL-F序列
- 基于cpDNA和ITS序列对西川红景天(Rhodiola alsia)种内遗传分化进行研究
- 西川红景天Rhodiola alsia(Fr(o|¨)derstr(o|¨)m)S.H.Fu隶属于景天科Cmssulaceae红景天属Rhodiola L.,为青藏高原特有的多年生草本植物,生于海拔3400-4800米的...
- 高庆波张得钧段义忠张发起李印虎付鹏程陈世龙
- 文献传递
- 南川绣线菊和细枝绣线菊分子水平研究被引量：1
- 2012年
- 对6个野外居群(南川绣线菊和细枝绣线各3个)36个个体进行叶绿体(chloroplast,cp)DNA trnL-trnF片断测序分析。在南川绣线菊中发现了3个单倍型(Ros1-Ros3),在细枝绣线菊中发现了2个单倍型(Myr1-Myr2)。两个种的序列联合分析对位排列后得到850 bp,共有9个变异位点,其中一个为碱基插入或缺失,另外8个为碱基置换,变异位点的百分率为0.11。对单倍型的遗传多样性分析表明同一区域亲缘关系相近的单倍型发生于同一居群中,并且存在着明显的分子系统地理学关系。以蔷薇科另两个外属植物Rosa californica和Sorbaria sorbifolia为外类群构建这两个种的最大简约(MP)树、最大似然(ML)树及贝叶斯树,结果获得了分辨良好的种间关系树。这表明在分子水平上两个种之间存在明显的差异,这与形态学上的表现是相一致的。遗传多样性分析结果表明了cpDNAtrnL-trnF片段对于绣线菊属的分子地理学研究还是比较有效的,可以通过进一步的大面积采样和分析来揭示植物的遗传结构、冰期避难所等问题。
- 张发起高庆波李印虎付鹏程邢睿陈世龙
- 关键词：CPDNA单倍型
- 蒺藜科及由其分出的两新科四种植物种子形态特征比较研究被引量：9
- 2013年
- 对青藏高原地区常见的原属蒺藜科4种高山植物(霸王Sarcozygium xanthoxylom、白刺Nitraria tangutorum、小果白刺Nitraria sibirica及多裂骆驼蓬Peganum multisectum)的9个自然居群的种子形态运用扫描电镜进行了观察。来自3个新界定科的不同植物的种子特征差异明显,其种皮纹饰各不相同,种间差异明显,说明这一特征在3个科之间具有重要的系统学意义。同一物种不同产地的种子形态特征差异不显著,说明这一性状在同一物种间是相对稳定的。研究结果支持将白刺科和及骆驼蓬科的物种从蒺藜科中分出,表面种子微形态这一稳定的性状可以作为白刺科、蒺藜科以及骆驼蓬科3个关系比较复杂的科之间的一个分类依据。
- 张发起付鹏程高庆波李印虎Gulzar Khan陈世龙
- 关键词：蒺藜科青藏高原
- 青海省五种葱属植物的种皮微形态被引量：5
- 2013年
- 运用扫描电镜对分布于青海省的葱属植物5种9个自然居群的种子形态进行观察。结果表明:葱属植物种子颜色为黑色,属中型种子,其形态为卵形或近球形,表面纹饰均为梯形,但突起的种皮细胞在形态、排列及次级纹饰等方面存在种间甚至种内差异,且较为显著,具有重要的系统学意义。
- 高庆波张发起张发起刑睿付鹏程Gulzar Khan张金华李印虎
- 关键词：扫描电镜葱属种子微形态
