王彤
- 作品数：7 被引量：3H指数：2
- 供职机构：上海第二工业大学更多>>
- 发文基金：上海市自然科学基金国家自然科学基金上海市教育委员会创新基金更多>>
- 相关领域：生物学自动化与计算机技术文化科学更多>>
- 面向多智能载体的智能科学与技术专业课程群建设
- 面对人工智能时代带来的机遇挑战,分析智能科学与技术专业课程群建设在专业课程体系中的重要性,给出面向多智能载体应用智能群的建设思路和实施方法,探讨学业导师在课程群建设过程中对学生的引导作用.
- 杜奕蒋川群王彤杨雯静
- 关键词：课程群建设学业导师
- 基于线性降维方法的蛋白质四级结构类型预测被引量：2
- 2013年
- 提出一种新的能依据蛋白质序列自动地识别被查询蛋白质的四级结构类型的方法。首先采用伪特定位点记分矩阵方法(PsePSSM)提取蛋白质序列的特征。采用这种方法提取出的特征能尽可能多地反映蛋白质序列的原始信息如顺序和进化等信息。但随之产生的问题是特征维数很高,使得预测系统复杂化。因此,引入线性维数约简算法最大方差映射方法(MVP),它可以从高维的特征空间中提取出低维的关键特征。最后,在约简后的特征上再应用分类算法预测未知蛋白质的四级结构。试验结果表明,采用降维方法不但使得预测系统得到简化,同时还提高了分类性能。
- 王彤杨志珍曹晓夏
- 关键词：降维
- 蛋白质与RNA相互作用的预测和研究
- 2017年
- 确定蛋白质与RNA是否发生作用非常重要,因为它广泛存在于生物学过程中,在生物体细胞活动中起到至关重要的作用。特别是近几年随着蛋白质结构数据的增多,如果仍用传统的物理化学方法去测定会非常困难,找到能自动预测蛋白质与RNA的相互作用的方法迫在眉睫。首先采用Pse PSSM算法表达蛋白质序列,编码后的蛋白质特征向量维数很高;接着采用GPP流形学习方法对其进行维数约简,约简后的特征向量输入SVM分类器训练,训练好的分类器预测未知的蛋白质与RNA是否相互作用;最后,采用Jackknife测试方法检验预测准确率,测试结果表明,上述方法是十分有效的,为蛋白质与RNA是否相互作用的研究提供一条新的思路。
- 王彤薛建新杜奕
- 关键词：维数约简
- 利用半监督降维算法预测蛋白质亚细胞位置被引量：2
- 2015年
- 首先采用伪氨基酸组成(Pse AA)和特定位点记分矩阵(PSSM)2种方法组合的特征提取方法来表达蛋白质序列。通过该方法将蛋白质序列转化成特征向量,虽然该向量在很大程度上保留了蛋白质序列的原始信息,但是它产生的相应的维数会很高,这使得蛋白质亚细胞位置的预测过程变得很复杂。同时,就目前的情况来看,想要获取大量已标记的蛋白质亚细胞位置样本也很困难。为了解决这些问题,提出采用半监督降维算法(SS-MVP)对特征向量进行降维的同时能从标记和未标记的样本点中提取对分类有用的信息。基于降维后的样本利用支持向量机(SVM)的算法来预测蛋白质亚细胞位置类型。实验结果表明,采用上述方法既能简化蛋白质亚细胞位置的预测系统,又能提高其分类性能。
- 王彤薛建新谭文安
- 关键词：蛋白质亚细胞定位降维
- 基于带极值扰动的相关性粒子群优化模型及其在云计算任务调度中应用
- 如何对云任务进行高效合理的调度是云计算需要解决的重要问题之一,针对云计算环境特点,基于基本粒子群优化算法(PSO),提出了一种带极值扰动的相关性粒子群优化模型(EDCPSO).该算法采用Copula函数去刻画随机因子间的...
- 谭文安查安民陈森博王彤孙勇
- 关键词：云计算任务调度粒子群优化
- 文献传递
- 细菌性病原体内病毒蛋白的预测和研究被引量：1
- 2016年
- 确定细菌性病原体内某种未知蛋白质是否属于病毒蛋白非常重要。如果是病毒蛋白,研究其在病原体内的致病机制能有助于设计出抗病毒药物。特别是,近几年发现大量的病毒蛋白质序列,如果仍用传统的物理化学方法去测定非常困难,找到能自动预测细菌性病毒蛋白的方法迫在眉睫。首先采用基因本体论(Gene Ontology,GO)和特定位点记分矩阵(Position-Specific Score Matrix,PSSM)的组合特征表达方法编码蛋白质序列,接着采用流形学习方法对编码后的高维蛋白质特征向量进行维数约简。然后把约简后的特征向量,输入K近邻(K Nearest Neighbor,KNN)分类器进行训练,利用训练好的分类器预测未知蛋白是否为病毒蛋白。最后,采用Jackknife测试方法检验预测准确率,测试结果表明上述方法是十分有效的,能解决细菌性病原体中病毒蛋白预测这个复杂的问题。
- 王彤薛建新孔亮亮
- 关键词：病毒蛋白
- 面向多智能载体的智能科学与技术专业课程群建设
- 2017年
- 面对人工智能时代带来的机遇挑战,分析智能科学与技术专业课程群建设在专业课程体系中的重要性,给出面向多智能载体应用智能群的建设思路和实施方法,探讨学业导师在课程群建设过程中对学生的引导作用。
- 杜奕蒋川群王彤杨雯静
- 关键词：课程群学业导师
