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苯基吡咯类芳香化酶抑制剂的3D-QSAR及分子对接研究被引量：1: 2014年; 用分子对接和三维全息原子场作用矢量方法对36个来曲唑类衍生物和34个阿那曲唑类衍生物与芳香化酶的作用模式进行了研究,建立了三维定量构效关系模型,并在分子水平上阐述了其结合机制.运用多元线性回归(MLR)建模,同时采用内部及外部双重验证的办法对所得模型稳定性能进行深入分析和检验.MLR建模的复相关系数(Rcum)、留一法交互校验复相关系数(QCV)和外部样本校验复相关系数(Qext)分别为0.863,0.782,0.796和0.931,0.825和0.641.预测模型具有良好的稳定性和预测能力.采用AutoDock4.2软件对药物与受体之间的结合方式进行了研究.运用这些信息能为进一步设计合成强效芳香化酶抑制剂,或筛选潜在的具有更强抑制活性的天然化合物提供帮助.; 仝建波赵翔钟黎常佳; 关键词：芳香化酶抑制剂定量构效关系三维全息原子场作用矢量多元线性回归

R基团搜索技术用于2-氨基-6-磺酰苯甲腈衍生物的分子设计: 2015年; 艾滋病对人类的健康构成了很大的威胁,因此,抗艾滋病药物的研究设计成为了当今社会的重要任务之一.本文采用基于R基团搜索技术的Topomer CoMFA方法,对60个2-氨基-6-磺酰苯甲腈衍生物分子进行了三维定量构效关系分析.所得优化模型的拟合、交互验证及外部验证的复相关系数分别为0.851、0.601和0.671;并采用Topomer Search技术对ZINC数据库进行R基团的虚拟筛选,最终得到5个Ra基团和2个Rb基团,并设计出了10个新化合物.研究结果表明:所建立的Topomer CoMFA模型具有良好的稳定性和预测能力;基于R基团的Topomer Search技术可以有效地筛选并设计出新的化合物,这为抗艾滋病新药设计提供了依据.; 仝建波白敏赵翔常佳; 关键词：定量构效关系新药设计

分子表面随机采样分析用于HIV整合酶抑制剂的QSAR研究被引量：1: 2014年; 采用分子表面随机采样分析对26个香豆素类衍生物抗艾滋病药物进行定量构效关系研究。运用多元线性回归(multiple linear regression,MLR)建模,同时采用内部及外部双重验证的办法对所得模型稳定性能进行深入分析和检验。MLR建模的复相关系数(_(cum)~2)、留一法(1eave-one-out,LOO)交互校验(cross-validation,CV)复相关系数(Q_(CV)~2)和外部样本校验复相关系数r^2(test)分别为0.936、0.894、0.772。结果表明,RASMS能较好表征香豆素类衍生物抗艾滋病药物分子的结构信息,且所建模型具有良好稳定性和预测能力,可用于研发新型HIV整合酶抑制剂。; 仝建波钟黎赵翔常佳; 关键词：抗艾滋病药物定量构效关系

R基团搜索技术用于HIV-1逆转录酶抑制剂的分子设计被引量：5: 2016年; 本文采用基于R基团搜索技术的Topomer CoMFA方法对41个人类免疫缺陷病毒(HIV-1)逆转录酶抑制剂进行了三维定量构效关系(3D-QSAR)分析。所得优化模型的拟合、交互验证及外部验证的复相关系数分别为0.995、0.859和0.945。采用Topomer Search技术对ZINC数据库进行R基团的虚拟筛选,得到R贡献高的基团,以活性最高的13号分子为模板进行过滤得到1个Ra基团和20个Rb基团。并以此设计得到20个新化合物分子,其中有19个化合物的预测活性值高于13号分子。研究结果表明,所建立的Topomer CoMFA模型具有良好的稳定性和预测能力,基于R基团的Topomer Search技术可以有效筛选并设计出新的HIV-1逆转录酶抑制剂,为抗艾滋病新药设计提供了理论依据。; 仝建波白敏赵翔常佳; 关键词：逆转录酶抑制剂定量构效关系新药设计

基于新型氨基酸描述符SVICE对肽类药物进行QSAR研究被引量：5: 2014年; 采用20种天然氨基酸的47个information indices描述符、33个connectivity indices描述符和44个eigenvalue-based indices描述符分别进行主成分分析,得出一种新的氨基酸描述符-SVICE.将其分别对三肽血管收缩素转化酶(ACE)、抗菌十八肽(AMP)、苦味活性二肽(BTT)序列表征后,建立结构与活性的SMR-MLR模型,并采用内外部双重验证的方法检验模型的稳定性.所建模型相关统计参量如下:复相关系数(Rcum2)、留一法(LOO)交互校验复相关系数(RCV2)和外部样本校验复相关系数(Qext2)分别为0.988,0.964,0.985;0.990,0.970和0.855;0.949,0.887,0.830.结果表明,运用SVICE描述符建立的MLR模型拟合、预测能力均较好,能较好解释肽类药物的活性与结构间的关系从而为新的强活性肽类药物的分子设计和改造提供了指导.; 仝建波常佳赵翔白敏; 关键词：氨基酸定量构效关系多元线性回归

分子表面随机采样分析用于苯乙基噻唑硫脲衍生物抗艾滋病药物的3D-QSAR研究被引量：1: 2014年; 采用分子表面随机采样分析(RASMS)对61个苯乙基噻唑硫脲衍生物抗艾滋病药物进行定量构效关系研究.运用多元线性回归(MLR)建模,同时采用内部及外部双重验证的办法对所得模型稳定性能进行深入分析和检验.MLR建模的复相关系数(Rcum)、留一法交互校验复相关系数(QCV)和外部样本校验复相关系数rm(test)分别为0.919、0.856和0.848.结果表明,RASMS能较好表征噻唑硫脲化合物N-(2-苯乙基)-N`-(2-噻唑基)-硫脲(PETT)及其衍生物抗艾滋逆转录酶抑制剂的分子结构信息,且所建模型具有良好稳定性和预测能力,可用于研发新型抗艾滋病药物.; 仝建波赵翔钟黎常佳李梦龙; 关键词：抗艾滋病药物定量构效关系

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