康虹丽
- 作品数：4 被引量：15H指数：2
- 供职机构：内蒙古农业大学生物工程学院更多>>
- 发文基金：中国科学院西部之光基金中央级公益性科研院所基本科研业务费专项更多>>
- 相关领域：生物学农业科学更多>>
- 扁穗冰草PLD基因cDNA序列克隆及生物信息学分析被引量：10
- 2010年
- 利用RT-PCR技术和RACE方法克隆得到扁穗冰草(Agropyron cristatum(L.)Gaertn)PLD基因cDNA的全长,并对该cDNA序列、氨基酸序列的相似性、组成成分、理化性质、疏水性/亲水性、进化树、二级结构、三级结构、无序化特性进行了预测和分析.结果显示:扁穗冰草PLD基因具有2967个核苷酸,含有PLD所特有的HKD基序和C2结构域,属亲水性蛋白,二级结构以无规卷曲为主,蛋白质的三级结构显示两个HKD基序靠近形成具功能的活性位点,蛋白质无序化分析发现无序化区域较少;进化树分析表明与蒙古冰草亲缘关系最近,与草莓亲缘关系最远.为研究扁穗冰草PLD在干旱胁迫信号转导及应答过程的机理奠定基础.
- 史铁伟李勇韩冰康虹丽
- 关键词：扁穗冰草磷脂酶D生物信息学RACE
- 蒙古冰草磷脂酶D基因cDNA3’端的克隆及分析被引量：3
- 2008年
- 目的:采用3’RACE方法对蒙古冰草磷脂酶D(PLD)基因3’端全序列进行了快速扩增和序列分析,为得到全序列及研究该基因的功能奠定基础。方法:实验以蒙古冰草幼叶为材料,利用RT-PCR技术得到PLD基因的部分cDNA序列,根据此序列设计一条特异性上游引物,反转录引物中的部分序列即M13PrimerM4作为下游引物,按3’RACE试剂盒(TaKaRa)操作流程进行PLD基因3’末端的快速扩增,成功获得993bp的3’RACE反应产物,采用DNAStar软件对扩增的PLD基因的3’RACE产物和中间片段进行拼接,最终获得2113bp的PLD基因3’端cDNA序列。结果:通过BLAST技术,发现该片段与许多植物磷脂酶D基因的同源性为47.0%～80.0%。结论:通过同源性比较,成功克隆了PLD基因cDNA3’端序列。
- 康虹丽韩冰李淑芬
- 关键词：CDNA
- 蒙古冰草磷脂酶D基因全长cDNA序列的克隆及生物信息学分析
- 本研究以蒙古冰草/(Agropyron mongolicum keng/)叶片为材料,通过反转录聚合酶链式反应/(RT-PCR/)和快速分离cDNA末端/(RACE/)技术,克隆得到蒙古冰草磷脂酶D/(PLD/)基因的全...
- 康虹丽
- 关键词：蒙古冰草CDNA生物信息学
- 文献传递
- 蒙古冰草PLD基因cDNA克隆及生物信息学分析被引量：2
- 2009年
- 以蒙古冰草（Agropyron mongolicumKeng）叶片为材料。根据已报道的醉酒毒麦PLD基因片段设计特异引物,通过RT-PCR和RACE技术,获得蒙古冰草PLD基因的全长cDNA（GenBank登录号为EU333811）。该基因cDNA全长2 966 bp,包含2 439 bp的完整开放读码框,编码813个氨基酸。BlastP搜索结果显示,该基因推测的氨基酸序列与已克隆的醉酒毒麦、玉米、水稻PLD基因氨基酸序列的一致性为80%-89%。利用生物信息学软件在线分析其序列结构、氨基酸组成及编码氨基酸的性质和结构,结果表明：该基因编码的蛋白为可溶性蛋白,其相对分子量为92 079.2 Da,理论等电点为5.24,无跨膜域、无信号肽;其二级结构主要以无规卷曲为主;三级结构显示紧靠N端处为C2域,在中间和靠近C端处存在PLD的标志序列,即HKD基序。系统进化树显示,蒙古冰草PLD与醉酒毒麦的亲缘关系最近。
- 康虹丽邬佳宾韩冰何江峰
- 关键词：蒙古冰草CDNARACE生物信息学
