公共文化服务平台

张秀清: 作品数：11 被引量：110H指数：3; 供职机构：北京华大基因研究中心更多>>; 发文基金：国家自然科学基金国家高技术研究发展计划中国科学院知识创新工程更多>>; 相关领域：医药卫生自动化与计算机技术生物学更多>>

合作作者

VersusSNP:一种单碱基突变的筛选及分类工具: 2010年; 单碱基突变的筛选和分类是SNP分析的基础。为解决手工进行突变位点挖掘工作的困难,编写了VersusSNP软件。它可以解析并过滤序列比对结果,并根据突变类型将位点加以分类,以图形界面呈现给用户。使用VersusSNP,用户可以直观地了解基因组中单碱基突变的情况。其程序及源代码可以从http://sourceforge.net/projects/versussnp下载。; 梁群王琪张秀清汪建; 关键词：点突变同义

一种针对一个或多个目标基因组区域进行边扩增边连接的方法: 本发明涉及一种针对一个或多个目标基因组区域进行边扩增边连接的公用接头设计方法。本发明又涉及一种针对一个或多个目标基因组区域进行边扩增边连接的方法。本发明所述方法适用于针对任意长度的目标基因组区域的边扩增边连接工作，所得到...; 张秀清苏夜阳林琳汪建杨焕明; 文献传递

鼠疫耶尔森菌全基因组DNA芯片的研制及用于比较基因组学分析被引量：22: 2004年; 目的　研制鼠疫耶尔森菌全基因组DNA芯片 ,并将其用于比较基因组分析。方法　挑选出 4 0 0 5条鼠疫耶尔森菌基因 ,PCR扩增各基因 ,以纯化的PCR产物点样制备芯片 ,采用双色荧光杂交策略 ,进行芯片比较基因组杂交。结果　设计了若干质控杂交组合 ,芯片杂交结果与全基因组测序结果完全一致。; 周冬生韩延平戴二黑宋亚军包静月裴德翠李敏崔百忠张秀清童宗中王津郭兆彪祁芝珍金丽霞翟俊辉杜宗敏王效义汪建黄培堂杨瑞馥; 关键词：耶尔森氏菌鼠疫 DNA芯片比较基因组学

鼠疫耶尔森菌基因组进化与生态位适应研究被引量：80: 2004年; 目的　探索鼠疫耶尔森菌基因组进化的基本规律及其与该菌在自然界适应性演化之间的内在联系。方法　对 36株鼠疫耶尔森菌和 7株假结核耶尔森菌进行芯片比较基因组分析 ,鉴定差异区段 (DFR) ,并对 2 6 0株鼠疫耶尔森菌进行PCR验证 ,分析各DFR在这些鼠疫耶尔森菌中的分布 ,同时进行基因组岛分析。结果　在鼠疫耶尔森菌基因组中鉴定出 2 2个DFR ,基于DFR图谱 ,将鼠疫耶尔森菌中国分离株分成 14个基因组型。鼠疫耶尔森菌共有 2 1个基因组岛 ,其中 18个已存在于假结核杆菌中 ,余下 3个为鼠疫耶尔森菌独有。结论　探明了各基因组岛在鼠疫耶尔森菌和假结核耶尔森菌间的差异分布 ,探究了鼠疫耶尔森菌的起源进化 ;建立了鼠疫耶尔森菌基因组分型系统 ;建立了各基因组型别间的系统发育关系 ,初步揭示了鼠疫耶尔森菌基因组的进化规律及其与鼠疫耶尔森菌生态位适应和鼠疫疫源地扩展之间的关系。; 周冬生韩延平宋亚军童宗中裴德翠戴二黑张玲包静月李敏崔百忠张秀清王津郭兆彪祁芝珍金丽霞翟俊辉杜宗敏王效义汪建黄培堂杨瑞馥; 关键词：耶尔森氏菌鼠疫 DNA芯片基因组进化

使用边扩增边连接技术以两步PCR反应制备两个癌症候选基因的重测序DNA文库: 2008年; 近年来应大规模基因组学和遗传学研究发展的需要,能够提供"高通量、低成本、低劳动量"测序服务的新一代大规模并行测序技术应运而生.辅助其应用的生物信息分析软件和实验方法也层出不穷.而在关联研究如癌症研究中有广泛应用的基于PCR的基因组学和遗传学研究方法,却因其研究的目标区域较短,而较少地受益于采用"鸟枪法测序"策略的新一代测序技术.尽管已提出诸如"芯片捕获法"、"目标选择法"等技术克服这一难题,但这些方法对仪器和实验室操作的额外要求限制了它们的应用和推广.本实验提出一种能简便克服这一难题的"边扩增边连接方法"(Ligation by Amplification,LBA):使用一对"公用接头"和两步PCR反应将多个目标区域随机连接起来,其随机连接而成的长链产物可被简易地随机片段化并在新一代测序仪上测序.使用专门设计的、包含公用接头的LBA引物,将人类基因组保守编码序列中两个癌症相关基因:BRCA1和BRCA2的外显子进行扩增,并将所得到的70个扩增产物在一步PCR过程中进行边扩增边连接.所得的长链LBA产物经随机片段化后制备成可被传统Sanger测序法和新一代边合成边测序技术测序的DNA文库,分别在ABI3730xl测序仪和Illumina/Solexa Genome Analyzer测序仪上进行测序.对目标序列的覆盖度、覆盖深度和单核苷酸多态性检测的有效性的生物信息学分析证明:运用本方法可高效地在新一代测序仪上进行基于PCR的重测序和遗传多态性研究,推动各种基于PCR的基因组学和遗传学研究的发展.; 苏夜阳林琳田埂陈晨刘涛许兴亚齐新捧张秀清杨焕明; 关键词：测序技术

一种结合单张芯片序列捕获和高通量测序技术测序外显子组的方法被引量：2: 2011年; 随着高通量测序技术的发展,全外显子测序已经成为一种研究人类疾病的重要方法.本文展示了一种通过Nimblegen2.1M芯片进行外显子DNA序列捕获和高通量测序的方法,包括两步法文库制备.测序的平均覆盖深度达33倍时,95.6%的34M目标区域得到均衡覆盖,特异性达到80%.对比全基因组鸟枪法测序的结果,此方法在检测SNP时的假阳性率为0.97%,假阴性率为6.27%.本方法对于全基因组扩增的DNA也适用.结果显示,全外显子测序技术可以在大规模的群体研究和医学研究中起到重要作用.; 蒋涛杨蕾蒋慧田埂张秀清; 关键词：高通量测序

一种针对一个或多个目标基因组区域进行边扩增边连接的方法: 本发明涉及一种针对一个或多个目标基因组区域进行边扩增边连接的公用接头设计方法。本发明又涉及一种针对一个或多个目标基因组区域进行边扩增边连接的方法。本发明所述方法适用于针对任意长度的目标基因组区域的边扩增边连接工作，所得到...; 张秀清苏夜阳林琳汪建杨焕明

一种针对一个或多个目标基因组区域进行边扩增边连接的方法: 本发明涉及一种针对一个或多个目标基因组区域进行边扩增边连接的公用接头设计方法。本发明又涉及一种针对一个或多个目标基因组区域进行边扩增边连接的方法。本发明所述方法适用于针对任意长度的目标基因组区域的边扩增边连接工作，所得到...; 张秀清苏夜阳林琳汪建杨焕明; 文献传递

鼠疫耶尔森菌DNA标识序列的鉴定及其应用研究被引量：16: 2004年; 目的　确定鼠疫耶尔森菌DNA标识序列 ,以用于鼠疫耶尔森菌的快速检测和鉴定。方法　通过芯片比较基因组杂交和PCR验证 ,鉴定鼠疫耶尔森菌DNA标识序列 ,针对标识序列设计特定的PCR引物。结果　鼠疫耶尔森菌基因组中存在 3个区段 ,共 2 8条基因 ,均是鼠疫耶尔森菌DNA标识序列。针对其中 3条基因设计PCR引物 ,能特异性扩增出鼠疫耶尔森菌 ,与来自其他非鼠疫耶尔森菌的DNA无交叉反应。结论　鼠疫耶尔森菌存在DNA标识序列 ,并能用于鼠疫耶尔森菌的快速检测与鉴定。; 韩延平周冬生宋亚军裴德翠李敏崔百忠包静月张秀清童宗中王津郭兆彪祁芝珍金丽霞翟俊辉杜宗敏王效义汪建黄培堂杨瑞馥; 关键词：耶尔森氏菌鼠疫 DNA芯片

一种针对一个或多个目标基因组区域进行边扩增边连接的方法: 本发明涉及一种针对一个或多个目标基因组区域进行边扩增边连接的公用接头设计方法。本发明又涉及一种针对一个或多个目标基因组区域进行边扩增边连接的方法。本发明所述方法适用于针对任意长度的目标基因组区域的边扩增边连接工作，所得到...; 张秀清苏夜阳林琳汪建杨焕明; 文献传递

张秀清

合作作者

文献类型

领域

主题

机构

作者

传媒

年份

用户反馈

张秀清

合作作者

文献类型

领域

主题

机构

作者

传媒

年份

用户登录

用户反馈