王磊
- 作品数：2 被引量：0H指数：0
- 供职机构：中国科学院微生物研究所更多>>
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- 相关领域：生物学医药卫生理学更多>>
- 地中海富盐菌中非编码RNA的鉴定与分析
- 2017年
- 【目的】通过转录组高通量测序技术(即RNA-seq),结合生物信息学分析和分子生物学方法,在组学水平鉴定极端嗜盐菌中可能的非编码RNA(nc RNA)。【方法】将培养至对数中期的地中海富盐菌在不同盐浓度下处理30分钟,提取RNA,进行链特异的转录组测序和5′端区分的转录组测序,通过生物信息学分析在全基因组范围内鉴定nc RNA,预测其转录边界;然后通过Northern blot和环化RNA反转录聚合酶链式反应(CR-RT-PCR)对部分预测的nc RNA进行实验验证。【结果】比较两种RNA-seq技术在不同培养条件下的RNA测序结果和对转录单元的精细分析,共鉴定到105个高可信度的nc RNA,并发现4个在不同盐度下表达差异较大的nc RNA,通过Northern blot和CR-RT-PCR验证了inc RNA1436和inc RNA1903的表达情况、转录本、转录起始位点及终止位点等。【结论】首次在组学水平鉴定了地中海富盐菌中的nc RNA,不同盐浓度刺激下部分nc RNA的转录差异暗示其有可能参与地中海富盐菌对盐胁迫的适应,高可信度nc RNA的组学发现为今后全面开展嗜盐古菌nc RNA的功能机制研究提供了基础数据及重要的切入点。
- 王磊程飞跃赵大贺杨海波向华
- 关键词：非编码RNA转录组测序
- 嗜盐古菌休眠复制起始位点的激活利用
- 复制起始位点是复制起始蛋白识别DNA,招募复制机器并开始DNA 合成的位点.很多古菌运用多复制起始位点进行染色体复制,但是对于多复制起始位点的利用目前理解的还不够清楚.我们以地中海富盐菌(Haloferax medite...
- 杨海波吴振芳刘景芳刘晓青王磊向华
