吴秋华
- 作品数：5 被引量：20H指数：3
- 供职机构：中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家科技重大专项国家重大科学仪器设备开发专项更多>>
- 相关领域：医药卫生农业科学更多>>
- 中国六省市12例水痘-带状疱疹患者病毒糖蛋白E基因的序列特征分析被引量：4
- 2018年
- 为了解我国流行的水痘-带状疱疹病毒(Varicella-zoster virus,VZV)的主要中和抗原糖蛋白E(Glycoprotein E,gE)的基因特征,选取2007～2015年在北京(1例)、上海(5例)、吉林(2例)、青海(1例)、广东(2例)、四川(1例)等六个省市收集到的VZV疑似感染者的疱疹液或咽拭子标本共12份。提取样本DNA,采用PCR扩增病毒基因组ORF22的特异片段筛选阳性样本并鉴定基因型别。用PCR扩增VZV阳性样本及国产水痘减毒活疫苗(vOka-BK)和进口水痘减毒活疫苗(VarilRix-1)的gE基因序列片段,进行核苷酸序列测定和分析。采用BioEdit、MEGA 5.0软件,将本次所测VZV阳性样本的gE基因序列与GenBank数据库中VZV所有基因型野毒株及疫苗株的gE序列进行对比分析。结果表明,12份VZV标本均为阳性样本,且均为Clade 2基因型。本次所测所有样本仅在115 926位点上存在C119T的碱基突变,并导致第40位氨基酸从苏氨酸突变为异亮氨酸(T40I),但此突变也发生在已报道的所有疫苗株及除了Clade 1外的其它基因型野毒株中,这个突变并没有基因型别以及毒力特异性。对GenBank数据库中VZV毒株的gE进行对比分析,发现除115 926位点外,所有Clade 5型野毒株在116 869位点均存在T→G的同义突变;所有疫苗株中,1 002/2 008株在117 566位上还存在G1759A的碱基突变,从而导致第587位氨基酸从缬氨酸变为蛋氨酸(V587M)。本研究发现VZV的gE基因高度保守、抗原性稳定,丰富了我国VZV gE糖蛋白基因的本底资料,为后续VZV的相关基础研究与疫苗的研发及效果评估提供了基础数据。
- 吴秋华许松涛齐梦缘牟君杰李崇山陈萌周剑慧郑焕英何吉兰许文波
- 关键词：水痘疫苗
- 2017年吉林省水痘-带状疱疹病毒分子特征分析被引量：7
- 2019年
- 目的分析2017年吉林省水痘-带状疱疹病毒(varicella zoster virus,VZV)基因型别,区分疫苗株与野毒株。方法2017年1~3月在吉林省收集到的10份疑似水痘患者的疱疹液或咽拭子样本,采用实时荧光定量PCR方法检测病毒核酸,用普通PCR扩增病毒的ORF22、ORF38和ORF62的特定区域。用ORF22的5个SNPs确定病毒株的基因型别,用ORF38和ORF62的4个SNPs区分疫苗株与野毒株。使用MEGA5和BioEdit软件分析序列结果。结果10份疑似样本均为VZV阳性,Clade 2遗传支。其中JL17-7样本在38 048位发生了C→T的同义突变。ORF22核苷酸的亲缘性关系树分析发现,10份样本均和Clade 2代表株在同一个分支上,与Clade 2代表株的核苷酸与氨基酸同源性分别为99.5%~100%和99.3%~100%。10份样本的ORF38和ORF62的4个特异SNPs均为A-T-T-T,与野毒株一致。结论2017年吉林省流行的VZV均属Clade 2遗传支,且均为野毒株。
- 闵小雨王爽吴秋华从宪玲周剑惠许松涛许文波
- 关键词：水痘-带状疱疹病毒基因型疫苗株野毒株
- 3种核酸提取方法及3种实时荧光定量PCR仪检测结果的比较被引量：1
- 2017年
- 目的 探讨不同核酸提取方法以及不同实时荧光定量PCR仪检测结果之间的差异.方法 随机挑选呼吸道、肠道病毒阳性标本各25份,采用3种方法（方法A、B、C）进行核酸提取,比较不同核酸提取方法之间的差异;随机挑选呼吸道、肠道病毒阳性核酸各25份,在3种实时荧光定量PCR仪（仪器A、B、C）上进行实时荧光定量PCR,比较不同实时荧光定量PCR仪之间的差异.检测结果采用定量资料的随机区组方法分析.结果 3种核酸提取方法检测结果存在差异（x2=42.9162,P〈0.001）,其中方法A、B,方法B、C之间的差异具有统计学意义（Z=7.025,P〈0.001;Z=7.9,P〈0.001）,方法A、C之间的差异无统计学意义（Z=0.837,P=0.3816〉0.05）.3种实时荧光定量PCR仪的检测结果也存在差异（x2=23.773,P〈0.001）,其中仪器A、B,仪器A、C之间的差异有统计学意义（Z=5.70,P〈0.001;Z=6.45,P〈0.001）,仪器B、C之间的差异无统计学意义（Z=0.75,P=0.4533〉0.05）.结论 在相同条件下,用不同的核酸提取方法,以及用不同的实时荧光定量PCR仪检测的结果均有差异,在实际工作中要综合考虑评价检测结果.
- 吴秋华张勇建田真李红东李政司拨云许文波许松涛
- 关键词：随机区组设计
- 2014年吉林省水痘-带状疱疹病毒基因特征分析被引量：11
- 2016年
- 目的 分析吉林省水痘-带状疱疹病毒（VZV）野毒株的基因型别，区分疫苗株与野毒株。方法 选择2014年1—12月在吉林省收集的13份疑似水痘患者的疱疹液或咽拭子样本。提取样本DNA，采用DNA PCR扩增病毒基因组的15个开放阅读框（ORF），结合单核苷酸多态性（SNP）法确定病毒株的基因型别；用PCR-限制性片段长度多态性聚合酶链反应（PCR-RFLP）方法区分野毒株与VZV减毒活疫苗（v-Oka疫苗株）。整理序列资料，从GenBank数据库下载VZV各基因型参考株的序列资料，采用MEGA5软件进行基因序列对比分析。结果 13份疑似水痘患者的疱疹液或咽拭子样本中，5份来自男性，8份来自女性，患者年龄为（16.69±5.48）岁，范围为11~27岁，出疹后采样日期为0~3 d。13份疑似样本中，8份为VZV阳性。SNP分析显示，8份阳性样本均来自Clade 2遗传支；与v-Oka疫苗株相比，8份样本在SNP18082位点上均发生了T〉C的同义突变。PCR-RFLP方法区分野毒株与疫苗株结果显示，8份临床样本均为野毒株（PstⅠ＋BgⅡ＋SmaⅠ-），无疫苗相关病例。结论 吉林省流行的水痘-带状疱疹病毒均属Clade 2遗传支，且均为野毒株。
- 吴秋华王爽丛宪玲周剑惠崔爱利许文波许松涛
- 关键词：基因型疫苗野毒株
- 中国六省水痘-带状疱疹病毒糖蛋白基因特征分析被引量：2
- 2017年
- 为研究中国水痘-带状疱疹病毒(Varicella Zoster Virus,VZV)gH(Glycoprotein H)、gK(Glycoprotein K)、gI(Glycoprotein I)糖蛋白基因特征,选取2007~2015年在中国六省收集的VZV疑似患者的疱疹液或咽拭子标本,经聚合酶链反应(Polymerase chain reaction,PCR)方法进行阳性鉴定及3个糖蛋白的全基因片段扩增,所得序列与GenBank中已公布的疫苗株及野毒株序列进行比对分析。结果筛选出12份阳性VZV标本,gH、gK、gI与水痘疫苗株核苷酸和氨基酸同源性相比分别为99.8%~100%、99.8%~100%,99.8%~100%、99.6%~100%,99.9%~100%、99.7%~100%;与疫苗株相比在gH、gK、gI糖蛋白基因位点上12份阳性标本分别至少有一个核苷酸差异;与GeneBank中已报告的野毒株相比核苷酸和氨基酸同源性分别为99.6%~100%、99.3%~100%,99.7%~100%、99.3%~100%,99.7%~100%、99.7%~100%。本研究通过分析中国六省VZV糖蛋白gH、gK、gI的基因特征,发现这三个糖蛋白高度保守,抗原性稳定,为了解中国水痘带状疱疹病毒野毒株糖蛋白本底资料,丰富基因数据,从分子水平上为疫苗效果的评估、基因组学的研究提供基础数据。但中国地域辽阔,人口众多,还需每年连续监测并进一步扩大VZV病毒监测的地域。
- 齐梦缘吴秋华杨玉颖李云逸牟君杰李崇山朱贞许文波许松涛许晓光
- 关键词：水痘-带状疱疹病毒水痘疫苗基因特征
